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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eo2 | ||||||||||||
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タイトル | Conformational dynamism for DNA interaction in Salmonella typhimurium RcsB response regulator. S207C crossed | ||||||||||||
![]() | Transcriptional regulatory protein RcsB | ||||||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Transcriptional factor | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Casino, P. / Marina, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational dynamism for DNA interaction in the Salmonella RcsB response regulator. 著者: Casino, P. / Miguel-Romero, L. / Huesa, J. / Garcia, P. / Garcia-Del Portillo, F. / Marina, A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23101.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Some side chains could not be traced, thus, they remain at Ala at residues: M1, E28, E139, K140, I141, S142, D148, K149, R150, K180, V208. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rcsB, STM2270 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30 % polyacrylate 2100, 0.1 M sodium malonate and 0.1 M Hepes pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→80.6 Å / Num. obs: 195331 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 31.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 1.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 17096 / Num. unique all: 958 / CC1/2: 0.826 / % possible all: 81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.071 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→80.5 Å
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拘束条件 |
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