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- PDB-6enh: Crystal structure of the 43K ATPase domain of Thermus thermophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6enh
タイトルCrystal structure of the 43K ATPase domain of Thermus thermophilus gyrase B in complex with an aminocoumarin
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / TOPOISOMERASE / GYRASE B-AMINOCOUMARIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coumermycin A1 / IMIDAZOLE / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Vanden Broeck, A. / McEwen, A.G. / Lamour, V.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for DNA Gyrase Interaction with Coumermycin A1.
著者: Vanden Broeck, A. / McEwen, A.G. / Chebaro, Y. / Potier, N. / Lamour, V.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2494
ポリマ－43,0011
非ポリマー1,2483
水1,62190
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子

A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4988
ポリマ－86,0022
非ポリマー2,4966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)166.370, 37.850, 66.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 43000.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: 43K ATPASE DOMAIN
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: gyrB, TTHA1586 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHZ4, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-BHW / Coumermycin A1


分子量: 1110.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H59N5O20
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 47% MPD, 0.1M Imidazole pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976252 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月5日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→23.85 Å / Num. obs: 28248 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.73 % / Biso Wilson estimate: 60.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rrim(I) all: 0.025 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 18.97 / Num. measured all: 77129
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.94-2.062.6910.8171.0245530.6091.01296.6
2.06-2.22.6290.4132.0943160.8490.51396.8
2.2-2.372.7290.1964.4540030.960.24296.8
2.37-2.62.7510.1078.2736870.9860.13296.9
2.6-2.92.7990.05316.0133540.9960.06596.4
2.9-3.352.8020.02830.5529130.9990.03595.1
3.35-4.12.8060.01652.824490.9990.01993.7
4.1-5.792.7250.01265.95189510.01592.3
5.79-23.852.6680.01571.2510780.9990.01890.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KIJ

1kij


解像度: 1.94→23.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9536 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 1410 5 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.199 28205 96.08 %-
原子変位パラメータBiso max: 198.85 Å2 / Biso mean: 79.85 Å2 / Biso min: 45.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.541 Å20 Å2-3.9026 Å2
2---0.2346 Å20 Å2
3----5.3064 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.301 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→23.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2828 0 90 90 3008
Biso mean--81.72 74.4 -
残基数----366
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1044SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes500HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2977HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion368SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3285SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2977HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4036HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.95
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3096 150 4.97 %
Rwork0.2534 2868 -
all0.2563 3018 -
obs--98.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.74521.88890.35876.25393.28983.5357-0.1292-0.14180.45010.2061-0.0341-0.0945-0.05090.00750.1633-0.21340.0289-0.1158-0.2573-0.06160.1067-31.6608-3.415652.8281
23.49381.09260.74691.7763-0.19135.54010.07330.3224-0.34170.05810.0437-0.35640.45860.6989-0.1169-0.18610.0562-0.01750.019-0.0067-0.0508-31.5649-20.495639.3335
35.96073.2951-1.19112.1494-0.98973.32250.01660.32240.48520.2692-0.0626-0.4808-0.39660.69890.046-0.1755-0.0548-0.08620.03410.07470.1933-20.5498-9.203645.2794
47.6813-0.35721.57381.70420.19384.44360.16910.3224-0.46380.3582-0.0945-0.4480.47470.6989-0.0746-0.15440.0812-0.0921-0.05040.04110.0266-21.6846-20.594148.12
52.77560.8620.51173.09990.06213.41310.09140.5454-0.41620.08180.12070.12030.66290.0941-0.2122-0.05820.0328-0.06830.0544-0.0958-0.0595-38.9157-26.536736.7393
67.05260.96972.92097.6351.30351.7603-0.01040.22780.13290.14250.1942-0.3706-0.08250.664-0.1838-0.1035-0.10310.0950.2911-0.0384-0.2558-44.4631-20.354516.097
7-1.1977-0.36951.49873.21090.23354.25660.0699-0.5030.17930.47130.26340.295-0.40350.3693-0.3333-0.1624-0.10450.10150.304-0.1559-0.2484-48.4772-13.427623.7171
89.5001-1.6225-1.01580.3371-3.56255.11160.23130.53330.6653-0.4251-0.1999-0.3623-0.36640.1268-0.03140.0961-0.18750.1734-0.08820.0692-0.2305-49.3483-9.89395.7802
94.1425-2.3468-2.70522.5959-1.67313.15440.1361-0.32250.2614-0.1657-0.04850.144-0.37540.3477-0.0877-0.0718-0.13890.0497-0.0049-0.0627-0.2178-49.8063-10.072313.7355
104.18452.72664.4534.4318-0.0552.71580.00680.30110.4914-0.2027-0.3472-0.5921-0.02840.62710.3403-0.1529-0.19520.15790.3040.09-0.0675-41.3483-8.289812.8685
114.598-0.09351.79933.02661.5750.7038-0.17050.2270.1729-0.6135-0.14050.3111-0.08460.40240.31090.12910.1511-0.04820.0182-0.0569-0.2262-64.4488-15.9742.8479
12-0.19551.53342.739102.65652.35230.05660.0061-0.03580.0040.1202-0.01640.01550.0146-0.1767-0.37430.02320.03880.304-0.08480.0029-11.6137-13.996231.3008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|6 - A|28 }A6 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|73 }A29 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|74 - A|124 }A74 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|125 - A|176 }A125 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|177 - A|217 }A177 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|218 - A|258 }A218 - 258
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|259 - A|274 }A259 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|275 - A|303 }A275 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|304 - A|329 }A304 - 329
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|330 - A|362 }A330 - 362
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|363 - A|390 }A363 - 390
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|401 - A|401 }A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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