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万見
- PDB-6en3: Crystal structure of full length EndoS from Streptococcus pyogene... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6en3
タイトルCrystal structure of full length EndoS from Streptococcus pyogenes in complex with G2 oligosaccharide.
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2,Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
キーワードHYDROLASE / endoglycosidase/immunoglobulin/carbohydrate/endo-beta-N-acetylglucos aminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / actin filament organization / toxin activity / carbohydrate metabolic process ...CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / actin filament organization / toxin activity / carbohydrate metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2, Ig-like domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat ...: / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2, Ig-like domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Leucine-rich repeat domain superfamily / Glycosidases / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2 / Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å
データ登録者Trastoy, B. / Klontz, E.H. / Orwenyo, J. / Marina, A. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the recognition of complex-type N-glycans by Endoglycosidase S.
著者: Trastoy, B. / Klontz, E. / Orwenyo, J. / Marina, A. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2,Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,8974
ポリマ－133,3601
非ポリマー1,5373
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area45210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.640, 90.080, 104.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2,Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin / MARTX


分子量: 133360.219 Da / 分子数: 1 / 変異: D233A, L235E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌), (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: endoS, M1GAS476_1618, rtxA, rtx, VC_1451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: J7M8R4, UniProt: Q9KS12, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D- ...参照: UniProt: J7M8R4, UniProt: Q9KS12, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1438.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-1-4-3-1-4/a4-b1_b3-c1_b6-f1_c2-d1_d4-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Sodium HEPES/MOPS pH 7.5, 100 mM aminoacids (L-Na-Glutamate, alanine (racemic), glycine, lysine HCL (racemic), serine (racemic)), 20% (w/v) PEG 500 MME and 10% (w/v) PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.04 Å / Num. obs: 118762 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.007 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / CC1/2: 0.852 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NUZ

4nuz


解像度: 2.903→45.04 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.63 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 2900 5.02 %
Rwork0.2093 --
obs0.2109 57811 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.903→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7344 0 100 7 7451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57810276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5582895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.903-2.95060.3861260.37292398X-RAY DIFFRACTION91
2.9506-3.00140.37841380.36172622X-RAY DIFFRACTION100
3.0014-3.0560.39531400.3312643X-RAY DIFFRACTION99
3.056-3.11480.43041410.32872674X-RAY DIFFRACTION99
3.1148-3.17830.33811360.31072549X-RAY DIFFRACTION100
3.1783-3.24740.30261410.29962692X-RAY DIFFRACTION100
3.2474-3.32290.34781370.29562616X-RAY DIFFRACTION99
3.3229-3.4060.32791390.27372644X-RAY DIFFRACTION100
3.406-3.49810.25971390.24722668X-RAY DIFFRACTION100
3.4981-3.60090.24431400.2382640X-RAY DIFFRACTION100
3.6009-3.71710.25561390.21852668X-RAY DIFFRACTION100
3.7171-3.84990.27091380.22642604X-RAY DIFFRACTION99
3.8499-4.0040.24591400.212568X-RAY DIFFRACTION99
4.004-4.18610.22211400.18772653X-RAY DIFFRACTION99
4.1861-4.40660.21081380.17012616X-RAY DIFFRACTION99
4.4066-4.68240.16411360.16162543X-RAY DIFFRACTION96
4.6824-5.04350.19911370.1632580X-RAY DIFFRACTION98
5.0435-5.55020.20461350.17232622X-RAY DIFFRACTION98
5.5502-6.35140.24331430.18492623X-RAY DIFFRACTION100
6.3514-7.99480.20211360.18012656X-RAY DIFFRACTION100
7.9948-45.04540.16931410.14862632X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67950.1702-0.21781.6381-0.29863.51750.06940.00410.1717-0.0275-0.08650.3164-0.1379-0.3652-0.00060.45270.0180.02220.4601-0.04820.602369.6943155.0581274.2416
20.1362-0.32030.04430.445-1.02971.6550.06090.11260.0517-0.0399-0.1703-0.0219-0.00050.401400.5892-0.0170.02370.64880.01470.60587.7916164.329242.3533
33.46151.43020.39130.83220.59611.48340.3231-0.267-0.47560.273-0.3373-0.08740.4798-0.33050.00030.7867-0.0891-0.01320.6062-0.00530.622842.0122161.193209.4609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 346 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 347 through 687 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 688 through 987 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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