PDB-6emt: Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6emt

タイトル

Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococcus kodakaraensis.

要素

tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Trm10 / Dual specificity enzymes / SPOUT / MTases

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity /

tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.794 Å

データ登録者

Singh, R.K. / Versees, W.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical analysis of the dual-specificity Trm10 enzyme fromThermococcus kodakaraensisprompts reconsideration of its catalytic mechanism.
著者: Singh, R.K. / Feller, A. / Roovers, M. / Van Elder, D. / Wauters, L. / Droogmans, L. / Versees, W.

履歴

登録	2017年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6emt.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6emt.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6emt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6emsSC 6emuC 6emvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jmt-1 5xoz-2 2l7w-d 1jfx-d 6sz2-2 1qsr-d 1fn8-d 3pl1-d 2n0t-d 7ayl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.262, 62.262, 203.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH

#1: タンパク質	tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase / tRNA(m1G9/m1A9)-methyltransferase / tRNA(m1G9/m1A9)MTase 分子量: 22422.598 Da / 分子数: 1 / 変異: C120A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: TK0422 / プラスミド: Pet 28b 詳細 (発現宿主): bacterial expression with T7lac promoter 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q5JD38, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 20 % PEG 3350, 8% v/v Tascimate / PH範囲: 5.0-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.794→47.645 Å / Num. obs: 22813 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 37.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.5407666018 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.09092 / R_pim(I) all: 0.0149 / R_rim(I) all: 0.092179 / Net I/σ(I): 30.85
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 36.5 % / R_merge(I) obs: 2.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 2160 / CC_1/2: 0.763 / R_pim(I) all: 0.3871 / R_rim(I) all: 2.394 / % possible all: 97.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS	2015-10-15	データ削減
XDS	2015-10-15	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SPOUT domain of PDB ID 6EMS

6ems

解像度: 1.794→47.645 Å / SU ML: 0.211230852015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3634 / 位相誤差: 20.7317183315

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2062	1140	4.99846538343 %	RANDOM
R_work	0.1914	-	-	-
obs	0.1921	22807	99.7637898605 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.0339235129 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.794→47.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1347	0	52	113	1512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00300662997119	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.515417634352	1907
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444691270129	202
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00236177992714	245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5365816251	834

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.794-1.8757	0.301541540378	135	0.311546780782	2585	X-RAY DIFFRACTION	98.1949458484
1.8757-1.9746	0.288849245734	138	0.247608740337	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.9277456647
1.9746-2.0983	0.246318030837	140	0.216221935613	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0983-2.2603	0.212691798256	141	0.21650310107	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2603-2.4877	0.214587721692	141	0.200080451995	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.9645892351
2.4877-2.8477	0.231871802437	144	0.206577124645	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8477-3.5876	0.196313834701	144	0.181010843211	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5876-47.6613	0.183704076772	157	0.171338883312	2968	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.84355248786	-1.14543608223	2.52988680057	2.34214363047	-1.71716194584	5.12609663106	-0.324250378772	-0.70243737866	0.321035911874	0.199086568478	0.320284150405	0.434812713003	0.389057188922	-0.567704975261	-0.104807432379	0.343213008031	0.0970313372275	-0.0358332887595	0.371490170016	-0.0485014158338	0.343607825556	-8.01861809717	-23.254115189	15.3542973666
2	5.5101384809	0.804960944392	-2.48046250576	3.38623476426	-2.24640985616	6.1570125444	-0.188330861864	0.185133154363	0.0548193250596	-0.319930619052	0.031797749551	-0.127265127845	0.316523393857	0.186282678595	0.165153448674	0.216980339172	0.024431443392	-0.0591727598643	0.178144733143	-0.0255399808811	0.229492803758	2.92193931799	-28.0231610638	8.37214356051
3	3.10918903294	-1.84717095163	-1.50790556255	4.33429838005	-2.48856010218	9.12847806826	-0.15933663545	0.102934540784	-0.1809335222	-0.601930087339	0.15393019852	0.276029691427	0.519537777482	-0.354165263431	0.254514471094	0.274918029938	-0.0457543237915	-0.0915064367472	0.281060690835	-0.0372403445058	0.287637097933	-4.65472915571	-29.572742404	5.89706933273
4	5.59673035463	-1.82138950196	2.50698817347	7.05597422644	-1.10413302843	4.79485872946	-0.105946468349	-0.036166709084	0.0960812100246	-0.198536500155	0.00977139951628	0.368323498893	-0.173630066451	-0.409946315866	0.0416618689472	0.233636903593	0.023094730334	-0.0527247247245	0.235560450524	0.0174896729539	0.215944461936	-9.45812718601	-23.8552483612	8.06584197345
5	3.94053802847	4.44642277941	-2.25912942069	8.00670087142	-0.119833392608	3.50285446669	-0.00386793848062	-0.212799779713	1.22830278455	0.163816683696	-0.204500214652	0.426460027452	-1.25754518701	-0.410571530661	0.073282178152	0.612028329439	0.095898609637	-0.190565604429	0.462777115708	-0.0528699832609	0.454467657168	-1.8541612725	-11.1576033288	20.6224930595
6	2.84263724393	-3.77869458133	2.23437866358	5.78088470379	-1.25916137226	5.61273283543	-0.0777989955005	0.0199391503406	0.604353563649	-0.294839071431	-0.265122919491	-0.527918954051	-1.01584441129	0.195606693296	0.379417958167	0.421238706632	0.0152873542682	-0.106521674836	0.257577878249	0.0253958651667	0.340469671357	0.462857198776	-15.9907879533	8.92789453541
7	3.57296881927	0.652629439465	2.94262511667	2.37592361805	0.569511154576	5.91615248699	-0.26832936264	0.0510698950863	0.659286077774	-0.273538520047	-0.0214004594815	-0.204283189332	-0.867277159746	0.182298246041	0.256329656567	0.416545626687	0.00370069605174	-0.112744783104	0.196541824946	-0.0101959642541	0.418390761757	1.96534166974	-15.4637286169	17.0305964575
8	2.19271201824	-0.0910880993351	2.12319592162	3.71569603672	-0.913200286902	2.92525462988	-0.081815919995	-0.270474753047	0.142903571142	-0.0702705332656	0.103585772489	-0.0121929955957	0.506616480725	-0.201930862651	0.00424693720323	0.412889614782	0.00953783953499	-0.10868726195	0.431020328452	-0.104481763924	0.34302561312	5.65014339874	-21.325492094	29.2164515823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 97 through 104 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 105 through 133 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 134 through 151 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 152 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 197 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 217 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 218 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 272 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)