[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6emt: Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6emt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococcus kodakaraensis. | ||||||
Components | tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Trm10 / Dual specificity enzymes / SPOUT / MTases | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.794 Å | ||||||
Authors | Singh, R.K. / Versees, W. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
| ||||||
Citation | Journal: RNA / Year: 2018 Title: Structural and biochemical analysis of the dual-specificity Trm10 enzyme fromThermococcus kodakaraensisprompts reconsideration of its catalytic mechanism. Authors: Singh, R.K. / Feller, A. / Roovers, M. / Van Elder, D. / Wauters, L. / Droogmans, L. / Versees, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6emt.cif.gz | 104.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6emt.ent.gz | 67.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6emt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6emt_validation.pdf.gz | 462.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6emt_full_validation.pdf.gz | 464 KB | Display | |
Data in XML | 6emt_validation.xml.gz | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6emt_validation.cif.gz | 13.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6emsSC 6emuC 6emvC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 22422.598 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C120A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis (archaea) / Gene: TK0422 / Plasmid: Pet 28b Details (production host): bacterial expression with T7lac promoter Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta References: UniProt: Q5JD38, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.73 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 / Details: 20 % PEG 3350, 8% v/v Tascimate / PH range: 5.0-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.9801 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.794→47.645 Å / Num. obs: 22813 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 37.9 % / Biso Wilson estimate: 34.5407666018 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09092 / Rpim(I) all: 0.0149 / Rrim(I) all: 0.092179 / Net I/σ(I): 30.85 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 36.5 % / Rmerge(I) obs: 2.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.3871 / Rrim(I) all: 2.394 / % possible all: 97.87 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: SPOUT domain of PDB ID 6EMS Resolution: 1.794→47.645 Å / SU ML: 0.211230852015 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.3634 / Phase error: 20.7317183315
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.0339235129 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.794→47.645 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|