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- PDB-6elu: Structure of Serum Resistance Associated protein from T. b. rhode... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6elu
タイトルStructure of Serum Resistance Associated protein from T. b. rhodesiense
要素
  • G10_3 Light chain
  • G10_3 heavy chain
  • Serum resistance associated; VSG protein
キーワードANTITOXIN / Tryanosome / innate immune evasion / sleeping sickness / apolipoprotein LI / SRA / trypanolytic factor.
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serum resistance associated; VSG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zoll, S. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/P001424/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: The structure of serum resistance-associated protein and its implications for human African trypanosomiasis.
著者: Zoll, S. / Lane-Serff, H. / Mehmood, S. / Schneider, J. / Robinson, C.V. / Carrington, M. / Higgins, M.K.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum resistance associated; VSG protein
B: G10_3 heavy chain
C: G10_3 Light chain
D: Serum resistance associated; VSG protein
E: G10_3 heavy chain
F: G10_3 Light chain
G: Serum resistance associated; VSG protein
H: G10_3 heavy chain
I: G10_3 Light chain
J: Serum resistance associated; VSG protein
K: G10_3 heavy chain
L: G10_3 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,14812
ポリマ－292,14812
非ポリマー00
水10,449580
1
A: Serum resistance associated; VSG protein
B: G10_3 heavy chain
C: G10_3 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0373
ポリマ－73,0373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Serum resistance associated; VSG protein
E: G10_3 heavy chain
F: G10_3 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0373
ポリマ－73,0373
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Serum resistance associated; VSG protein
H: G10_3 heavy chain
I: G10_3 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0373
ポリマ－73,0373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Serum resistance associated; VSG protein
K: G10_3 heavy chain
L: G10_3 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0373
ポリマ－73,0373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.600, 103.550, 150.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Serum resistance associated; VSG protein


分子量: 24399.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
遺伝子: SRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 shuffle / 参照: UniProt: Q8T309
#2: 抗体
G10_3 heavy chain


分子量: 24693.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体
G10_3 Light chain


分子量: 23944.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 20 mM sodium potassium tartrate tetrahydrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM tris(base)/Bicine pH 8.5, 20% ...詳細: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 20 mM sodium potassium tartrate tetrahydrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM tris(base)/Bicine pH 8.5, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10 % (w/v) PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.431 Å / Num. obs: 310049 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 9.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48.431 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 7914 5 %
Rwork0.1905 --
obs0.192 158272 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18573 0 0 580 19153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00225843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.60811433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32610.36962610.34444974X-RAY DIFFRACTION100
2.3261-2.35350.34042650.32575030X-RAY DIFFRACTION100
2.3535-2.38220.32112610.31584961X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.41240.34922640.30235018X-RAY DIFFRACTION100
2.4124-2.44410.33082610.29634946X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.47760.32452620.28354982X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.5130.28412640.27555023X-RAY DIFFRACTION100
2.513-2.55050.30922630.27114989X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.59030.29492630.26214995X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.63280.30852610.25734968X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.67820.29132620.2544983X-RAY DIFFRACTION100
2.6782-2.72690.28722680.24215073X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.77930.25482600.22474949X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.8360.26052630.21755002X-RAY DIFFRACTION100
2.836-2.89770.25612640.2195020X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-2.96510.2722630.22014995X-RAY DIFFRACTION100
2.9651-3.03920.27832640.22195014X-RAY DIFFRACTION100
3.0392-3.12140.27462630.22944993X-RAY DIFFRACTION100
3.1214-3.21320.26462630.21734997X-RAY DIFFRACTION100
3.2132-3.31690.25982620.20634983X-RAY DIFFRACTION100
3.3169-3.43540.23672650.20035038X-RAY DIFFRACTION100
3.4354-3.5730.22662660.18845048X-RAY DIFFRACTION100
3.573-3.73550.20892630.1774995X-RAY DIFFRACTION100
3.7355-3.93240.20352630.15985003X-RAY DIFFRACTION100
3.9324-4.17860.16142650.1555038X-RAY DIFFRACTION100
4.1786-4.5010.16182660.13625043X-RAY DIFFRACTION100
4.501-4.95360.17632650.12935043X-RAY DIFFRACTION100
4.9536-5.66940.17032650.14315029X-RAY DIFFRACTION100
5.6694-7.13920.16862670.16735076X-RAY DIFFRACTION100
7.1392-48.44180.17412720.16645150X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02830.00330.03560.00760.036-0.01210.18740.01170.08480.11640.10640.0161-0.12240.049100.4485-0.1083-0.04030.9371-0.32131.0115133.741333.3475122.6668
2-0.0040.00440.0120.0022-0.0009-0.00670.1080.02340.05040.00650.04040.0035-0.0328-0.027500.8806-0.05910.00110.9326-0.17990.9479125.486840.274116.2138
30.01150.01110.00670.00720.00480.00150.0805-0.00980.03380.01550.0364-0.0292-0.01920.056300.5417-0.0654-0.07060.8073-0.16570.7739134.310311.8073105.5124
40.01130.03830.04070.0355-0.03240.0248-0.0849-0.14510.06530.11630.1683-0.14340.3670.123900.43370.054-0.05660.2415-0.03450.3635115.0412-7.691101.8223
5-0.04440.0259-0.02270.0521-0.0008-0.00230.25950.2132-0.10450.1227-0.0047-0.09710.07250.0462-00.5672-0.14740.0263-1.2782-0.06570.27597.8784-20.659776.5779
6-0.0095-0.00770.00390.0264-0.00320.00360.0395-0.11330.0817-0.0972-0.0677-0.0184-0.02710.0325-00.5645-0.03190.06260.2863-0.06410.4746110.299115.394992.2454
70.0094-0.00480.01310.0068-0.01520.01110.1244-0.03420.0616-0.19220.0455-0.0151-0.06440.1351-00.4701-0.14970.10120.1364-0.13670.3849114.92618.876986.5998
80.0188-0.06930.00650.03580.00910.02140.014-0.24540.00060.02180.1054-0.02870.0102-0.007100.425-0.22250.0604-0.4273-0.02190.279998.7826-4.479582.6496
9-0.0007-0.0257-0.00470.031-0.0211-0.01180.03530.02970.05590.1335-0.00760.0332-0.0498-0.4585-00.3627-0.25190.2145-1.02710.41740.154985.3223-10.03273.4512
100.0122-0.00260.0133-0.00340.00740.00020.0992-0.02480.13990.0032-0.0020.05780.0520.0374-00.9013-0.1365-0.38751.0321-0.09260.907175.94256.619360.9951
110.0037-00.0106-00.00390.00550.0466-0.02270.07230.0031-0.02910.06870.11310.036400.887-0.1772-0.26481.0579-0.18160.9258170.873811.434872.0715
120.00040.00040-0.0019-0.0002-0.0002-0.0056-0.00270.0003-0.0078-0.0010.02110.0135-0.012401.43870.05380.00191.4059-0.01181.3888174.3926-10.900263.7689
130.00530.00160.0037-0.00210.00390.0004-0.02640.0048-0.0224-0.0147-0.03770.00360.04030.0002-00.7715-0.1755-0.24080.9005-0.10780.883161.11489.999168.2979
140.00020.00020.00020.00010.00020.0031-0.0029-0.00390.0036-0.0021-0.00130.0041-0.0011-0.003-01.20610.02250.01751.2404-0.05611.1964143.547321.04979.9459
150.00130.00060.004-0.001-0.00010.00050.02410.0137-0.00050.02810.0146-0.05660.00970.0186-00.706-0.1475-0.18070.8108-0.08440.8309153.422417.609164.205
160.03350.0265-0.00220.0394-0.06150.03620.13330.04110.2384-0.0576-0.0849-0.2403-0.0351-0.0152-00.3573-0.0330.02010.2816-0.05060.3695133.267417.67249.518
17-0.00230.00720.00040.0010.00550.0025-0.0065-0.0085-0.0431-0.0045-0.01430.0662-0.0133-0.0265-00.37140.0009-0.00540.15290.04930.381192.29662.992547.1065
180.0278-0.0070.02010.0303-0.01040.0096-0.01690.09890.01650.01760.03670.1105-0.09790.054100.36710.07710.03450.16190.04070.2294103.04989.823447.4272
190.0035-0.00280.00830.0025-0.00320.0053-0.0707-0.0032-0.03680.1062-0.0823-0.03310.10230.0306-00.40110.0605-0.06050.4590.00770.4621138.1132-5.218559.7912
200.00180.005200.0098-0.00320.00640.0213-0.0540.01390.0822-0.04030.0058-0.02870.097-00.31760.0081-0.090.38410.00360.2915133.22641.459364.6994
210.0013-0.00870.00110.02960.0040.00460.02670.01370.00640.14550.0592-0.03660.16780.1455-00.25810.0398-0.0490.2386-0.03570.2449127.6227-2.496959.2305
220.0046-0.0257-0.00360.04710.02230.0344-0.11450.29570.0160.0829-0.04530.0257-0.0343-0.1265-00.32380.18680.0060.155-0.08760.2115100.6817-5.874942.8945
230.008-0.00170.0129-0.0003-0.00180.01160.1759-0.01280.04050.1336-0.06420.02140.01970.043100.73050.1256-0.18011.10.07860.8163135.8328-41.178363.7673
240.00050.00130.0004-0.00060.001-0.0003-0.0058-0.0075-0.00780.017-0.0033-0.00580.00160.0027-01.3439-0.04980.08361.41630.00851.4277125.5524-27.974376.2601
250.00840.00050.0101-0.0055-0.00010.00410.018-0.02670.0215-0.014-0.0041-0.10120.0072-0.00700.56050.0963-0.11960.76270.01520.5655135.4012-37.1347.0464
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270.02150.00830.01910.0626-0.01260.0259-0.21390.09290.0294-0.0240.1973-0.03620.30960.10700.31850.18240.03830.3211-0.07890.2775112.496-46.831925.2559
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350.0003-0.00130.00040.0027-0.0020.0025-0.0381-0.0009-0.00090.0388-0.0166-0.05560.0159-0.049100.247-0.01230.0090.3359-0.00190.25294.756-23.071714.2181
360.0055-0.00940.00620.0030.00410.00180.01160.0558-0.04460.00150.01430.1074-0.0636-0.1023-00.18180.0254-0.02520.4137-0.00470.325279.9067-22.21873.7265
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390.0058-0.00690.00430.0008-0.00490.0048-0.07680.0667-0.09110.1791-0.1504-0.0441-0.04980.071600.26540.1301-0.08020.5749-0.04080.499155.7661-11.134122.9548
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410.0034-0.00490.00310.0031-0.0038-0.0028-0.01240.03950.0391-0.0204-0.0412-0.02810.0107-0.003700.3782-0.0550.04720.57940.20810.729895.29675.79911.2991
420.014-0.01080.01120.01620.01060.00730.05790.01690.0810.07740.02870.0735-0.06090.035600.25780.04050.07130.36370.15670.4804106.54258.14726.6985
430.0034-0.0032-0.00270.00120.00190.00320.04780.0039-0.0333-0.05430.05540.0416-0.02320.046400.2959-0.02950.0540.5443-0.04120.4099131.5475-15.1316-1.5838
440.00770.00630.00080.00370.0060.0069-0.00030.1096-0.0122-0.02750.11830.0319-0.05280.0697-00.17990.05470.02030.4646-0.0940.2891138.2433-11.89067.0593
450.03710.090.00110.0631-0.00120.0635-0.12090.2379-0.0179-0.09360.2126-0.02170.0020.112200.21640.00390.00110.4228-0.02550.3416125.6606-9.79224.3585
46-0.0226-0.018-0.01030.01930.0339-0.0002-0.10890.1920.181-0.13370.15390.00570.18390.03730-0.20160.127-0.48580.52530.46550.0109103.55151.2112-9.3137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 159 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 160 through 183 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 184 through 254 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 128 through 222 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 36 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 37 through 94 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 95 through 132 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 133 through 217 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 46 through 80 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 81 through 115 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 116 through 175 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 176 through 205 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 206 through 213 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 214 through 252 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1 through 127 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 128 through 142 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 143 through 222 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1 through 36 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 37 through 79 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 80 through 117 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 118 through 217 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 46 through 120 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 121 through 174 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 175 through 213 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 214 through 252 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1 through 127 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 128 through 142 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 143 through 222 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 1 through 25 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resid 26 through 79 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resid 80 through 105 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 106 through 132 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 133 through 159 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 160 through 178 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'I' and (resid 179 through 217 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'J' and (resid 45 through 119 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'J' and (resid 120 through 183 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'J' and (resid 184 through 252 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'K' and (resid 1 through 127 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'K' and (resid 128 through 142 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'K' and (resid 143 through 222 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'L' and (resid 1 through 18 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'L' and (resid 19 through 52 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'L' and (resid 53 through 132 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'L' and (resid 133 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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