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- PDB-6eli: Structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with ril... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eli
タイトルStructure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with rilpivirine and an RNase H inhibitor XZ462
要素
  • Gag-Pol polyprotein
  • reverse transcriptase
キーワードHYDROLASE / P51/P66 / HETERO DIMER / NNRTI / ribonuclease H INHIBITOR / NONNUCLEOSIDE INHIBITOR / AIDS / HIV / R278474 / DIARYLPYRIMIDINE / DAPY / DNA RECOMBINATION / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / MULTIFUNCTIONAL / ENZYME / TRANSFERASE / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BA5 / Chem-T27 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Das, K. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Developing and Evaluating Inhibitors against the RNase H Active Site of HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Boyer, P.L. / Smith, S.J. / Zhao, X.Z. / Das, K. / Gruber, K. / Arnold, E. / Burke, T.R. / Hughes, S.H.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reverse transcriptase
B: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0499
ポリマ－114,1452
非ポリマー9047
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area47050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.120, 72.920, 109.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-803-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 reverse transcriptase / Pr160Gag-Pol


分子量: 64105.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: PRT52A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366
#2: タンパク質 Gag-Pol polyprotein / Pr160Gag-Pol


分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: PRT52A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

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非ポリマー , 6種, 378分子

#3: 化合物 ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略)


分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18N6 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BA5 / methyl 4-azanyl-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxylate / XZ462


分子量: 235.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, IMIDAZOLE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→70.71 Å / Num. obs: 63950 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4480 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.429 / Rrim(I) all: 0.99 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q


解像度: 2.2→53.555 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 1932 3.02 %
Rwork0.1837 --
obs0.1848 63981 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→53.555 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7955 0 61 371 8387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84211225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7724966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.33821090.25154426X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.3160.26341320.23094398X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.38420.25761410.22134395X-RAY DIFFRACTION100
2.3842-2.46110.27331470.2164446X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.54910.26351300.20884413X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.65110.23421450.20224375X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.77180.24321250.19524440X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.91790.25661470.19344434X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.10070.26111310.20044420X-RAY DIFFRACTION100
3.1007-3.34010.20941440.19764448X-RAY DIFFRACTION100
3.3401-3.67610.21511580.1834414X-RAY DIFFRACTION100
3.6761-4.20790.20931390.15814448X-RAY DIFFRACTION100
4.2079-5.30080.17021290.1564504X-RAY DIFFRACTION100
5.3008-53.57070.20791550.17634488X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7427-0.2243-0.73821.79180.40272.33810.1898-0.1133-0.11970.5972-0.20550.25420.3343-0.1667-0.01540.7275-0.08870.09040.45210.02450.362142.6755-17.076868.8975
24.04660.7701-0.20871.0826-0.39811.3890.3636-0.5902-0.38260.3668-0.11840.8427-0.2151-0.7405-0.13890.723-0.03910.06810.79640.10370.976921.1679-24.056630.5424
31.9148-0.54281.42732.6222-1.5863.1830.1537-0.1555-0.28860.06990.19030.42720.0544-0.1533-0.28360.29750.0040.0010.242-0.02160.350136.9259-12.980915.479
43.5531-0.21880.02831.71450.01331.4987-0.1007-0.3113-0.5090.09320.0341-0.01160.0977-0.04860.030.15530.0090.03810.32710.05450.285812.88459.2225.8751
53.2548-0.22971.00563.8505-0.31612.6238-0.097-0.04090.22770.3925-0.135-0.1217-0.32680.41240.13620.3728-0.041-0.03890.32330.04460.226855.90651.504636.7975
61.7133-0.20330.80842.3482-0.70961.836-0.19170.01790.60520.7774-0.0905-0.2166-0.60260.47630.09060.7082-0.2056-0.17060.50140.02670.508859.913513.185136.8368
71.37160.06850.59462.2897-0.0273.2686-0.13340.13260.40720.22390.1-0.0361-0.46560.1830.02090.2936-0.04080.02190.29140.03170.328828.312829.37754.5141
82.5549-0.35281.55974.1864-0.54222.0986-0.00860.16760.09880.1949-0.1645-0.0487-0.13080.13370.14090.279-0.0140.03420.2265-0.01760.239742.67512.399717.9492
90.59650.36930.75980.28160.531.01640.2454-0.2937-0.22560.36660.02460.11030.2867-0.1949-0.21390.682-0.0033-0.01330.45260.03560.412950.0402-20.621246.0776
101.14190.043-0.9590.4019-0.83152.40770.1336-0.31110.12320.7285-0.03430.33910.35440.1097-0.05530.9003-0.05990.18620.59690.01390.420444.4588-14.157872.7561
111.62930.30310.98881.10280.23393.02010.3977-0.1707-0.71480.28390.1638-0.16110.65040.0212-0.49180.57010.0224-0.15490.41710.02650.53354.4857-27.956244.1765
121.09510.7788-0.41182.00990.53794.114-0.27330.83830.0713-0.46870.2333-0.78030.23391.3180.14980.7128-0.3121-0.1351.040.25210.921667.358119.743322.5566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 243 through 318 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 319 through 422 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 423 through 554 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 83 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 84 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 240 through 325 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 326 through 428 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 85 through 121 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 122 through 153 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 154 through 242 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 175 through 239 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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