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- PDB-6eki: Structure of a hyperthermostable carbonic anhydrase identified fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eki
タイトルStructure of a hyperthermostable carbonic anhydrase identified from an active hydrothermal vent chimney
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / carbonic anhydrase / thermostability / metagenomics
機能・相同性Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Persephonella marina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.555 Å
データ登録者Fredslund, F. / Poulsen, J.-C.N. / Lo Leggio, L.
引用ジャーナル: Enzyme Microb. Technol. / 年: 2018
タイトル: Structure of a hyperthermostable carbonic anhydrase identified from an active hydrothermal vent chimney.
著者: Fredslund, F. / Borchert, M.S. / Poulsen, J.N. / Mortensen, S.B. / Perner, M. / Streit, W.R. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
D: Carbonic anhydrase
E: Carbonic anhydrase
F: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,68512
ポリマ－154,2936
非ポリマー3926
水1,36976
1
D: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5624
ポリマ－51,4312
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
2
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

D: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5624
ポリマ－51,4312
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
3
B: Carbonic anhydrase
F: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5624
ポリマ－51,4312
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
4
C: Carbonic anhydrase
E: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5624
ポリマ－51,4312
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.317, 71.276, 103.344
Angle α, β, γ (deg.)88.380, 82.840, 84.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA4 - 253
211chain BB2 - 253
311chain CC3 - 253
411chain DD6 - 253
511chain EE1 - 253
611chain FF5 - 253

-
要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase


分子量: 25715.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Persephonella marina (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% w/v Ethylene glycol , 10% w/v PEG 8000 , 0.1 M Citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.069 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.555→45.7 Å / Num. obs: 40713 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.19 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 11.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.555-2.710.4491.8764920.8140.60794.8
2.71-2.90.2822.9662060.9130.38196.5
2.9-3.130.1744.757530.9570.23596.7
3.13-3.420.0948.5852860.9840.12696.7
3.42-3.830.05713.4148640.9930.07797.2
3.83-4.410.03719.1441950.9970.05196
4.41-5.390.02824.3536110.9980.03896.9
5.39-7.570.03323.0127640.9970.04596.2
7.570.0232.7415420.9990.02794.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.38 Å19.96 Å
Translation3.38 Å19.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C3T

4c3t


解像度: 2.555→39.986 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 2350 5.77 %
Rwork0.1638 --
obs0.1679 40699 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 177.5 Å2 / Biso mean: 54.2283 Å2 / Biso min: 17.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.555→39.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10734 0 0 76 10810
Biso mean---38.94 -
残基数----1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01611016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.58214826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1244200
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8255X-RAY DIFFRACTION13.593TORSIONAL
12B8255X-RAY DIFFRACTION13.593TORSIONAL
13C8255X-RAY DIFFRACTION13.593TORSIONAL
14D8255X-RAY DIFFRACTION13.593TORSIONAL
15E8255X-RAY DIFFRACTION13.593TORSIONAL
16F8255X-RAY DIFFRACTION13.593TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5552-2.60730.37061300.28952131226191
2.6073-2.6640.36531370.26392241237897
2.664-2.7260.3521430.24342312245597
2.726-2.79410.28061370.22442250238797
2.7941-2.86970.33911380.22372271240996
2.8697-2.95410.33751410.23652259240097
2.9541-3.04940.31271370.23332245238296
3.0494-3.15840.32991420.21172276241897
3.1584-3.28480.26291420.18762276241897
3.2848-3.43420.29341370.17222260239797
3.4342-3.61510.2351360.16582270240697
3.6151-3.84140.22841390.15632308244797
3.8414-4.13780.21171370.14372229236696
4.1378-4.55360.16091380.1142259239796
4.5536-5.21130.15731400.10472268240897
5.2113-6.5610.1851370.12992254239196
6.561-39.99050.1731390.12872240237996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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