PDB-6eki: Structure of a hyperthermostable carbonic anhydrase identified fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eki

タイトル

Structure of a hyperthermostable carbonic anhydrase identified from an active hydrothermal vent chimney

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / thermostability / metagenomics

機能・相同性

Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Persephonella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.555 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Poulsen, J.-C.N. / Lo Leggio, L.

引用

ジャーナル: Enzyme Microb. Technol. / 年: 2018
タイトル: Structure of a hyperthermostable carbonic anhydrase identified from an active hydrothermal vent chimney.
著者: Fredslund, F. / Borchert, M.S. / Poulsen, J.N. / Mortensen, S.B. / Perner, M. / Streit, W.R. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2017年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eki.cif.gz	499.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eki.ent.gz	418.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eki_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eki_full_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示
XML形式データ	6eki_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	6eki_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/6eki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/6eki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c3tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vbl-d 4xz5-2 3vsz-5 4x5s-d 6fb8-d 1htd-d 4yzd-3 6im1-1 1bp7-1 3vsz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase

B: Carbonic anhydrase

C: Carbonic anhydrase

D: Carbonic anhydrase

E: Carbonic anhydrase

F: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

D: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Carbonic anhydrase

F: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
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4

C: Carbonic anhydrase

E: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.317, 71.276, 103.344
Angle α, β, γ (deg.)	88.380, 82.840, 84.220
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	4 - 253
2	1	1	chain B	B	2 - 253
3	1	1	chain C	C	3 - 253
4	1	1	chain D	D	6 - 253
5	1	1	chain E	E	1 - 253
6	1	1	chain F	F	5 - 253

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 分子量: 25715.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Persephonella marina (バクテリア) 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% w/v Ethylene glycol , 10% w/v PEG 8000 , 0.1 M Citric acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I911-3 / 波長: 1.069 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.069 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.555→45.7 Å / Num. obs: 40713 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.19 % / B_iso Wilson estimate: 41 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.974 / Net I/σ(I): 11.06

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.555-2.71		0.449	1.87	6492	0.814	0.607	94.8
2.71-2.9		0.282	2.96	6206	0.913	0.381	96.5
2.9-3.13		0.174	4.7	5753	0.957	0.235	96.7
3.13-3.42		0.094	8.58	5286	0.984	0.126	96.7
3.42-3.83		0.057	13.41	4864	0.993	0.077	97.2
3.83-4.41		0.037	19.14	4195	0.997	0.051	96
4.41-5.39		0.028	24.35	3611	0.998	0.038	96.9
5.39-7.57		0.033	23.01	2764	0.997	0.045	96.2
	7.57	0.02	32.74	1542	0.999	0.027	94.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.38 Å	19.96 Å
Translation	3.38 Å	19.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4C3T

4c3t

解像度: 2.555→39.986 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	2350	5.77 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1679	40699	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.5 Å² / B_iso mean: 54.2283 Å² / B_iso min: 17.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.555→39.986 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10734	0	0	76	10810
B_iso mean	-	-	-	38.94	-
残基数	-	-	-	-	1338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	11016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.582	14826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.124	4200

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	8255	X-RAY DIFFRACTION	13.593	TORSIONAL
1	2	B	8255	X-RAY DIFFRACTION	13.593	TORSIONAL
1	3	C	8255	X-RAY DIFFRACTION	13.593	TORSIONAL
1	4	D	8255	X-RAY DIFFRACTION	13.593	TORSIONAL
1	5	E	8255	X-RAY DIFFRACTION	13.593	TORSIONAL
1	6	F	8255	X-RAY DIFFRACTION	13.593	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5552-2.6073	0.3706	130	0.2895	2131	2261	91
2.6073-2.664	0.3653	137	0.2639	2241	2378	97
2.664-2.726	0.352	143	0.2434	2312	2455	97
2.726-2.7941	0.2806	137	0.2244	2250	2387	97
2.7941-2.8697	0.3391	138	0.2237	2271	2409	96
2.8697-2.9541	0.3375	141	0.2365	2259	2400	97
2.9541-3.0494	0.3127	137	0.2333	2245	2382	96
3.0494-3.1584	0.3299	142	0.2117	2276	2418	97
3.1584-3.2848	0.2629	142	0.1876	2276	2418	97
3.2848-3.4342	0.2934	137	0.1722	2260	2397	97
3.4342-3.6151	0.235	136	0.1658	2270	2406	97
3.6151-3.8414	0.2284	139	0.1563	2308	2447	97
3.8414-4.1378	0.2117	137	0.1437	2229	2366	96
4.1378-4.5536	0.1609	138	0.114	2259	2397	96
4.5536-5.2113	0.1573	140	0.1047	2268	2408	97
5.2113-6.561	0.185	137	0.1299	2254	2391	96
6.561-39.9905	0.173	139	0.1287	2240	2379	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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