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万見
- PDB-6ekb: Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ekb
タイトルCrystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana
要素DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein
キーワードCHAPERONE / zinc finger / assembly chaperone / Rubisco
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / protein folding chaperone complex / chloroplast stroma / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / chloroplast / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Aigner, H. / Wilson, R.H. / Bracher, A. / Calisse, L. / Bhat, J.Y. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Plant RuBisCo assembly in E. coli with five chloroplast chaperones including BSD2.
著者: Aigner, H. / Wilson, R.H. / Bracher, A. / Calisse, L. / Bhat, J.Y. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5524
ポリマ－8,3551
非ポリマー1963
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area4330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.708, 55.708, 48.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-315-

HOH

21A-325-

HOH

31A-329-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein / Uncharacterized protein At3g47650 / Uncharacterized protein F1P2.200


分子量: 8355.468 Da / 分子数: 1 / 変異: K56M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F1P2.200, At3g47650 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SN73
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % PEG 10,000, 8 % ethylene glycol and 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.2826 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→47.85 Å / Num. obs: 6226 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 48.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.91-1.9547.44.8523790.7420.6994.90495
8.95-47.8537.60.0468810.0070.04699.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.28データスケーリング
SHELXDE位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.1962 / WRfactor Rwork: 0.1763 / FOM work R set: 0.7757 / SU B: 7.811 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.1343 / SU Rfree: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 277 4.8 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1901 5503 91.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.81 Å2 / Biso mean: 46.177 Å2 / Biso min: 28.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0 Å2
2---0.44 Å2-0 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数432 0 3 29 464
Biso mean--48.76 46.41 -
残基数----62
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.019437
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.934583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0513933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.199561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.97526.11118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.531570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg0.113151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02104
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 20 -
Rwork0.392 314 -
all-334 -
obs--73.57 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.4639 Å / Origin y: 22.425 Å / Origin z: 1.0937 Å
111213212223313233
T0.0589 Å20.0216 Å20.0143 Å2-0.0754 Å20.0241 Å2--0.0444 Å2
L2.9729 °23.124 °21.2653 °2-6.705 °21.9861 °2--0.9311 °2
S-0.2147 Å °0.1699 Å °0.1353 Å °-0.4466 Å °0.2182 Å °0.1753 Å °-0.2204 Å °-0.0414 Å °-0.0035 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A68 - 129
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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