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- PDB-6eji: Structure of a glycosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eji
タイトルStructure of a glycosyltransferase
要素WlaC protein
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase Family 4 / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / WlaC protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ramirez, A.S. / Boilevin, J. / Mehdipour, A.R. / Hummer, G. / Darbre, T. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the molecular ruler mechanism of a bacterial glycosyltransferase.
著者: Ramirez, A.S. / Boilevin, J. / Mehdipour, A.R. / Hummer, G. / Darbre, T. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WlaC protein
B: WlaC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,18615
ポリマ－86,5112
非ポリマー1,67513
水3,657203
1
A: WlaC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1118
ポリマ－43,2551
非ポリマー8557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WlaC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0757
ポリマ－43,2551
非ポリマー8206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.620, 127.030, 71.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WlaC protein / Glycosyltransferase


分子量: 43255.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: wlaC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O86151

-
非ポリマー , 6種, 216分子

#2: 化合物 ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, potassium iodide, mops

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.95 Å / Num. obs: 179312 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.39
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Rmerge(I) obs: 1.234 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.942 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 2388 4.98 %
Rwork0.1956 --
obs0.197 47980 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5828 0 99 203 6130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7928140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0193650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34690.32671350.30072619X-RAY DIFFRACTION98
2.3469-2.3980.30451240.27122735X-RAY DIFFRACTION98
2.398-2.45370.29951290.26692654X-RAY DIFFRACTION98
2.4537-2.5150.3081220.26392641X-RAY DIFFRACTION97
2.515-2.5830.29981290.23922636X-RAY DIFFRACTION97
2.583-2.6590.24611520.22052696X-RAY DIFFRACTION99
2.659-2.74470.26181420.21442697X-RAY DIFFRACTION100
2.7447-2.84280.21951650.20262705X-RAY DIFFRACTION100
2.8428-2.95650.26781570.20212737X-RAY DIFFRACTION100
2.9565-3.09090.25391510.20572675X-RAY DIFFRACTION100
3.0909-3.25370.20611440.20382744X-RAY DIFFRACTION99
3.2537-3.45730.24321450.19172657X-RAY DIFFRACTION99
3.4573-3.72380.20041330.17242646X-RAY DIFFRACTION96
3.7238-4.09760.19891490.16612668X-RAY DIFFRACTION98
4.0976-4.68860.18241440.15892694X-RAY DIFFRACTION99
4.6886-5.89980.19091340.17142685X-RAY DIFFRACTION97
5.8998-29.94430.18981330.18962703X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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