PDB-6ejh: Crystal structure of the G343C mutant of Candida albicans Mep2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ejh

タイトル

Crystal structure of the G343C mutant of Candida albicans Mep2

要素

Ammonium transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ammonium transporter / Candida albicans / signalling mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / filamentous growth / cellular response to nitrogen starvation / cellular response to starvation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

van den Berg, B. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the G343C mutant of Candida albicans Mep2
著者: van den Berg, B.

履歴

登録	2017年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ejh.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ejh.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ejh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ejh_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ejh_full_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示
XML形式データ	6ejh_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	6ejh_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/6ejh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/6ejh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5af1S 6ej6 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5af1-2 5aez-1 6ej6-1 5af1-1 5aex-1 5aex-2 5n4l-2 5n0k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ammonium transporter

52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ammonium transporter

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
159 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.700, 104.700, 160.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-605- HOH
2	1	A-694- HOH

#1: タンパク質	Ammonium transporter 分子量: 52835.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: MEP2, orf19.5672, CAALFM_C400430WA / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 参照: UniProt: Q59UP8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris pH 8 28% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→53.4 Å / Num. obs: 70763 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5289 / CC_1/2: 0.691 / R_pim(I) all: 0.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5AF1

5af1

解像度: 1.71→53.4 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 17.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	3666	5.18 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.1725	70757	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→53.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3486	0	0	196	3682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	5012
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.755	2756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.7325	0.2567	160	0.2319	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7325-1.7562	0.2678	150	0.217	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7562-1.7813	0.221	129	0.2049	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7813-1.8079	0.2154	130	0.1867	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8079-1.8362	0.1808	120	0.1775	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8362-1.8663	0.2128	145	0.1734	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8663-1.8985	0.2174	138	0.1698	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8985-1.933	0.1877	130	0.1717	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.933-1.9702	0.1933	155	0.1625	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9702-2.0104	0.1919	171	0.1628	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0104-2.0541	0.1771	143	0.1615	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0541-2.1019	0.1976	118	0.159	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1019-2.1544	0.1843	167	0.1559	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.2127	0.1781	160	0.15	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2127-2.2778	0.1812	126	0.1525	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2778-2.3513	0.1937	135	0.1551	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3513-2.4354	0.1826	139	0.1603	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4354-2.5329	0.1692	110	0.1624	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5329-2.6482	0.1968	141	0.1613	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6482-2.7878	0.1977	142	0.1682	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7878-2.9624	0.2141	142	0.1674	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9624-3.1911	0.2023	148	0.168	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1911-3.5122	0.173	138	0.1664	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5122-4.0203	0.1751	140	0.172	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0203-5.0645	0.1746	144	0.174	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0645-53.4294	0.2104	145	0.1977	2550	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6306	-0.9008	0.3536	1.2837	-0.4449	1.0544	-0.13	0.5238	0.4027	-0.6327	0.074	-0.164	-0.2312	0.0879	-0.0233	0.4689	-0.0244	0.0302	0.3596	0.1228	0.289	-48.6144	48.6548	-44.5308
2	0.9895	0.0062	0.4583	0.8881	0.015	0.9337	-0.0065	0.0647	0.2026	-0.0195	0.0221	-0.1466	-0.2285	0.2816	-0.0041	0.1965	-0.0595	0.0211	0.2124	-0.0072	0.2427	-38.0255	44.2191	-19.7413
3	0.6888	0.408	0.1312	1.1412	0.5427	0.7858	0.0579	-0.2247	0.0465	0.3019	0.0769	-0.261	-0.013	0.3161	-0.0277	0.2401	-0.044	-0.0922	0.4256	-0.0468	0.2744	-27.6754	36.9335	-1.2037
4	0.9412	0.0472	0.0531	0.9045	0.0793	0.2349	0.027	-0.1017	-0.0846	0.0811	-0.0009	-0.1852	0.1076	0.2287	-0.025	0.1851	0.0356	-0.0225	0.2677	-0.0177	0.2499	-33.7419	23.6486	-14.3964
5	0.9884	0.1776	0.1053	0.9611	-0.0339	0.8715	0.0724	0.045	-0.0414	-0.0294	0.0307	-0.4409	0.0121	0.4635	-0.0754	0.1752	-0.0245	0.0103	0.4003	-0.041	0.3298	-23.6706	34.2809	-20.5662
6	2.2916	0.3369	1.1429	0.6067	-0.3718	1.0973	0.2028	-1.0131	0.2857	0.5376	-0.0552	-0.1392	-0.3065	-0.1209	-0.0992	0.676	-0.1469	-0.0221	0.6897	-0.214	0.4609	-40.7004	51.9218	9.043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 221 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 222 through 330 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 331 through 408 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 409 through 455 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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