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- PDB-6ej6: Crystal structure of the N240A mutant of Candida albicans Mep2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ej6
タイトルCrystal structure of the N240A mutant of Candida albicans Mep2
要素Ammonium transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ammonium transporter / Candida albicans / signalling mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / filamentous growth / cellular response to nitrogen starvation / cellular response to starvation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter, conserved site / Ammonium transporters signature. / Ammonium transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者van den Berg, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the N240A mutant of Candida albicans Mep2
著者: van den Berg, B.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonium transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7461
ポリマ－52,7461
非ポリマー00
水5,729318
1
A: Ammonium transporter

A: Ammonium transporter

A: Ammonium transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,2393
ポリマ－158,2393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area13470 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area40540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.623, 104.623, 160.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

21A-803-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ammonium transporter


分子量: 52746.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
遺伝子: MEP2, orf19.5672, CAALFM_C400430WA / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 参照: UniProt: Q59UP8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris pH 8 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→26.8 Å / Num. obs: 77396 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5527 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AF1

5af1


解像度: 1.65→26.8 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 1997 2.58 %
Rwork0.1783 --
obs0.1787 77385 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3481 0 0 318 3799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1194995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6362744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6502-1.69150.24251400.26475337X-RAY DIFFRACTION97
1.6915-1.73720.2481470.2425492X-RAY DIFFRACTION99
1.7372-1.78830.24791390.23285408X-RAY DIFFRACTION99
1.7883-1.8460.24141430.21375416X-RAY DIFFRACTION98
1.846-1.9120.23951410.20295170X-RAY DIFFRACTION94
1.912-1.98850.20581470.1885486X-RAY DIFFRACTION100
1.9885-2.0790.21061440.195489X-RAY DIFFRACTION100
2.079-2.18860.20121460.17585513X-RAY DIFFRACTION100
2.1886-2.32560.1971410.17095449X-RAY DIFFRACTION99
2.3256-2.5050.19941440.17285409X-RAY DIFFRACTION98
2.505-2.75690.18591390.16355071X-RAY DIFFRACTION92
2.7569-3.15530.17351480.16365482X-RAY DIFFRACTION100
3.1553-3.97330.18761450.165455X-RAY DIFFRACTION99
3.9733-26.83250.17431330.17995211X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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