PDB-6ej3: BACE1 compound 23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ej3

タイトル

BACE1 compound 23

要素

Beta-secretase 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / BACE1 / protease / Alzheimer

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Johansson, P.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Toward beta-Secretase-1 Inhibitors with Improved Isoform Selectivity.
著者: Johansson, P. / Kaspersson, K. / Gurrell, I.K. / Back, E. / Eketjall, S. / Scott, C.W. / Cebers, G. / Thorne, P. / McKenzie, M.J. / Beaton, H. / Davey, P. / Kolmodin, K. / Holenz, J. / ...

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ej3.cif.gz	169.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ej3.ent.gz	131.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ej3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ej3_validation.pdf.gz	719.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ej3_full_validation.pdf.gz	722.5 KB	表示
XML形式データ	6ej3_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6ej3_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/6ej3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/6ej3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ej2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t1w-d 1ym4-3 2f3f-3 4l7h-d 5qcx-3 4lxm-2 2zjj-d 3rth-d 5qcp-3 5i3y-d 3rsx-d 4k9h-3 5tol-d 5qdd-1 5qd5-3 3k5d-2 6uwv-2 2xfj-d 4xeo-2 3dv5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.889, 102.889, 170.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-783- HOH

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 55815.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-B7T / (1r,4r)-4-methoxy-6'-(5-methyl-3-pyridinyl)-3'H-dispiro[cyclohexane-1,2'-indene-1',4''-[1,3]oxazol]-2''-amine 分子量: 377.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₃H₂₇N₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 11% PEG 6k, 100mM NaOAc pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→47.84 Å / Num. obs: 40169 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.1 % / B_iso Wilson estimate: 44.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / R_merge(I) obs: 4.35 / R_pim(I) all: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
BUSTER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house structure

解像度: 1.94→47.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.131 / SU R_free Blow DPI: 0.12 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.117

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	2004	5.02 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	39951	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.88 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→47.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2901	0	28	185	3114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.012	3014	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.19	4104	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		999	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		68	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		444	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3014	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.17
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.78
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		384	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3409	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	127	4.57 %
R_work	0.2284	2654	-
all	0.2285	2781	-
obs	-	-	96.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.4979 Å / Origin y: -42.0101 Å / Origin z: 0.5109 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2597 Å²	-0.0084 Å²	-0.0331 Å²	-	-0.2491 Å²	-0.018 Å²	-	-	-0.2425 Å²
L	2.5247 °²	-1.3631 °²	1.1183 °²	-	0.8844 °²	-0.5748 °²	-	-	1.218 °²
S	-0.0114 Å °	0.048 Å °	-0.278 Å °	-0.001 Å °	0.0429 Å °	0.1655 Å °	-0.0609 Å °	0.0629 Å °	-0.0315 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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