PDB-6eie: Ras guanine nucleotide exchange factor SOS2 (Rem-cdc25), with sur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eie

タイトル

Ras guanine nucleotide exchange factor SOS2 (Rem-cdc25), with surface mutations

要素

Son of sevenless homolog 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Guanine exchange factor / GEF / SOS2

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Hillig, R.C. / Moosmayer, D. / Mastouri, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Discovery of potent SOS1 inhibitors that block RAS activation via disruption of the RAS-SOS1 interaction.
著者: Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Werbeck, N.D. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. / Mastouri, J. / Petersen, K. / ...

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eie.cif.gz	205.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eie.ent.gz	164.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eie_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eie_full_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示
XML形式データ	6eie_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	6eie_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ovdC 5oveC 5ovfC 5ovgC 5ovhC 5oviC 6eplC 6epmC 6epnC 6epoC 6eppC 1nvuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ovd-d 4zdm-1 6al2-1 6al2-2 7avv-d 5lmb-d 5ovi-d 5t04-d 4riy-2 2ii0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (23) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Son of sevenless homolog 2

57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.970, 53.970, 183.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Son of sevenless homolog 2 / SOS-2 分子量: 57370.676 Da / 分子数: 1 変異: P564Q, E707Y, Q768H, F769I, K947T, K949R, K949H, C1019P 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07890
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein 10.3 mg/ml in 25 mM Tris HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM DTT. Reservoir 0,1 M Natriumacetat, 20% w/v PEG 3350. Cryo buffer was reservoir supplemented with 15% glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→46.54 Å / Num. obs: 13644 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 69.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.72→2.88 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 1867 / CC_1/2: 0.761 / R_sym value: 0.539 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS	VERSION Oct 15, 2015	データ削減
XDS	VERSION Oct 15, 2015	データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NVU

1nvu

解像度: 2.72→46.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 51.288 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.433 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28526	683	5 %	RANDOM
R_work	0.21836	-	-	-
obs	0.22171	12960	96.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.06 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	12.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.72→46.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3793	0	0	8	3801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.244	1.97	5265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	8593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.278	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.999	23.673	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.663	15	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.263	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.792	3.714	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.793	3.714	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.737	8.342	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.736	8.342	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.554	3.966	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.553	3.966	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.562	8.743	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.026	44.17	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.026	44.174	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.72→2.791 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	41	-
R_work	0.362	766	-
obs	-	-	79.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0355	0.3771	-0.8723	3.1804	0.5119	1.6715	0.2257	0.066	0.0446	0.1248	-0.2295	-0.3577	-0.3926	-0.185	0.0037	0.6814	-0	-0.0729	0.5537	0.028	0.0518	22.625	18.193	30.254
2	1.8034	1.5052	0.301	2.9225	1.4696	0.9638	0.0314	-0.3582	0.2883	0.1318	-0.1322	0.331	0.1663	0.1302	0.1008	0.556	0.0069	0.0055	0.5468	-0.1126	0.0601	3.139	-14.015	8.332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	561 - 742
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	754 - 1040

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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