PDB-6eid: Crystal structure of wild-type Channelrhodopsin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eid

タイトル

Crystal structure of wild-type Channelrhodopsin 2

要素

Archaeal-type opsin 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Retinal protein / Ion transport

機能・相同性

Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / endoplasmic reticulum / plasma membrane / Chem-EDT / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Archaeal-type opsin 2

機能・相同性情報

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Borshchevskiy, V. / Kovalev, K. / Volkov, O. / Polovinkin, V. / Marin, E. / Balandin, T. / Astashkin, R. / Bamann, C. / Bueldt, G. / Willlbold, D. ...

資金援助

フランス,

ロシア,

ドイツ, 7件

組織	認可番号	国
French National Research Agency	ANR-15-CE11-0029- 02	フランス
Russian Science Foundation	16-15-00242	ロシア
French infrastructure for integrated structural biology	ANR-10-INSB-05- 02	フランス
GRAL	ANR-10-LABX- 49-01	フランス
German Research Foundation	CEA(IBS)-HGF(FZJ) STC 5.1	ドイツ
German Research Foundation	SFB 807	ドイツ
ERA.Net RUS Plus	ID 323	ロシア

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural insights into ion conduction by channelrhodopsin 2.
著者: Volkov, O. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Borshchevskiy, V. / Bamann, C. / Astashkin, R. / Marin, E. / Popov, A. / Balandin, T. / Willbold, D. / Buldt, G. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eid.cif.gz	123.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eid.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eid_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eid_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6eid_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6eid_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eigC 3ug9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qb0-4 3qb0-1 4f48-d 4mpn-d 3dpn-2 3qb0-3 3qb0-2 6eig-2 5xv6-d 3nrg-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (4) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (4)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Archaeal-type opsin 2

B: Archaeal-type opsin 2

ヘテロ分子

75.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Archaeal-type opsin 2

ヘテロ分子

A: Archaeal-type opsin 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Archaeal-type opsin 2

ヘテロ分子

B: Archaeal-type opsin 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.780, 135.770, 78.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.950, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Archaeal-type opsin 2 / Chlamyopsin 4 light-gated ion channel / Retinal binding protein / Sensory opsin B 分子量: 35198.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: cop4, acop2, COP4, CSOB, CHLREDRAFT_182032 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: Q8RUT8
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA 分子量: 292.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₈
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: sodium potassium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 26159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.6 % / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.39→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.182 / R_pim(I) all: 0.523

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0158	精密化
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		data processing
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UG9

3ug9

解像度: 2.39→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 0.009 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.222

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2193	1281	5 %	RANDOM
R_work	0.2088	-	-	-
obs	0.2094	24535	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.39 Å² / B_iso mean: 67.203 Å² / B_iso min: 38.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.32 Å²	0 Å²	-0.5 Å²
2-	-	-2.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.39→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3919	0	238	50	4207
B_iso mean	-	-	84.76	61.82	-
残基数	-	-	-	-	498

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.451 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	100	-
R_work	0.455	1774	-
all	-	1874	-
obs	-	-	99.79 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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