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- PDB-6ei9: Crystal structure of E. coli tRNA-dihydrouridine synthase B (DusB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ei9
タイトルCrystal structure of E. coli tRNA-dihydrouridine synthase B (DusB)
要素tRNA-dihydrouridine synthase B
キーワードFLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / TRNA MODIFICATION / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA dihydrouridine synthase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / response to radiation / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA-dihydrouridine synthase B / tRNA-dihydrouridine synthase, TIM-barrel, NifR3 / tRNA-dihydrouridine synthase, putative, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...tRNA-dihydrouridine synthase B / tRNA-dihydrouridine synthase, TIM-barrel, NifR3 / tRNA-dihydrouridine synthase, putative, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / tRNA-dihydrouridine synthase B / tRNA-dihydrouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Hamdane, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2018
タイトル: Unveiling structural and functional divergences of bacterial tRNA dihydrouridine synthases: perspectives on the evolution scenario.
著者: Bou-Nader, C. / Montemont, H. / Guerineau, V. / Jean-Jean, O. / Bregeon, D. / Hamdane, D.
履歴
登録2017年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-dihydrouridine synthase B
B: tRNA-dihydrouridine synthase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,99415
ポリマ-75,8912
非ポリマー2,10413
2,522140
1
A: tRNA-dihydrouridine synthase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8787
ポリマ-37,9451
非ポリマー9336
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA-dihydrouridine synthase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1168
ポリマ-37,9451
非ポリマー1,1717
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.480, 108.480, 70.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA-dihydrouridine synthase B


分子量: 37945.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dusB, Z4620, ECs4132 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABT7, UniProt: P0ABT5*PLUS, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる

-
非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M lithium sulfate 100 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980872 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.51 Å / Num. obs: 26834 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 94.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.05516 / Net I/σ(I): 18.96
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 2675 / CC1/2: 0.43 / Rsym value: 1.753 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BFA
解像度: 2.55→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.404 / SU Rfree Blow DPI: 0.253 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.258
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1342 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 26834 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5077 Å20 Å20 Å2
2---1.5077 Å20 Å2
3---3.0155 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4595 0 129 140 4864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014893HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.236724HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1640SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes710HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4893HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion641SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5589SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 150 4.98 %
Rwork0.262 2861 -
all0.265 3011 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2801-0.97490.59131.9186-0.51711.3678-0.04160.403-0.0749-0.0221-0.0667-0.1540.38330.3090.1083-0.0430.17660.0356-0.12770.0193-0.155421.493432.2128-14.6212
22.97390.1944-0.47032.69861.10793.1568-0.155-0.3297-0.14210.4319-0.05990.14790.8294-0.21770.21490.0058-0.0520.0408-0.34050.0282-0.1761-6.570741.91032.4076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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