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万見
- PDB-6ei3: Crystal structure of auto inhibited POT family peptide transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ei3
タイトルCrystal structure of auto inhibited POT family peptide transporter
要素Proton-dependent oligopeptide transporter family protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / POT family / Peptide transport / Major Facilitator Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / Oligopeptide transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Newstead, S. / Brinth, A. / Vogeley, L. / Caffrey, M.
資金援助 英国, アイルランド, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/Z 英国
Science Foundation Ireland12/IA/1255 アイルランド
National Institutes of HealthR01GM053148 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Proton movement and coupling in the POT family of peptide transporters.
著者: Parker, J.L. / Li, C. / Brinth, A. / Wang, Z. / Vogeley, L. / Solcan, N. / Ledderboge-Vucinic, G. / Swanson, J.M.J. / Caffrey, M. / Voth, G.A. / Newstead, S.
履歴
登録2017年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-dependent oligopeptide transporter family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,97618
ポリマ－56,6301
非ポリマー5,34617
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.060, 65.230, 70.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-891-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proton-dependent oligopeptide transporter family protein


分子量: 56630.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
遺伝子: XCCB100_2892 / プラスミド: pWaldo-GFPd / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8PAS2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM TrisHCl, 120 mM ammonium tartrate, 20 %(v/v) PEG 400, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.65 Å / Num. obs: 36377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 36.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.154.60.6861230126550.7820.3540.7742.599.9
9.39-24.658.50.03235514160.9990.0120.03451.994.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4APS

4aps


解像度: 2.1→24.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9515 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9406 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 1816 4.99 %RANDOM
Rwork0.1792 ---
obs0.1809 36377 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 138.73 Å2 / Biso mean: 45.29 Å2 / Biso min: 19.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9554 Å20 Å21.2052 Å2
2--3.4976 Å20 Å2
3----0.5422 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.235 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3986 0 346 288 4620
Biso mean--81.19 55.92 -
残基数----511
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1620SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes654HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4459HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5389SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4459HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5971HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.04
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 155 5.29 %
Rwork0.2101 2774 -
all0.2131 2929 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.114-0.0648-0.24841.3674-0.00460.70790.0636-0.1047-0.03560.0232-0.1223-0.1482-0.03560.11540.0587-0.139-0.0169-0.0234-0.03910.0385-0.1238140.124629.7394154.6612
21.5018-0.0007-0.35741.1189-0.02821.29610.00490.00660.05560.02290.0228-0.003-0.0647-0.0171-0.02770.0472-0.0601-0.1414-0.06940.0161-0.0664129.73133.9371154.4479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|16-529}A16 - 529
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|601-617 }A601 - 617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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