PDB-6ef6: Structure of the microcompartment-associated aminopropanol kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ef6

タイトル

Structure of the microcompartment-associated aminopropanol kinase

要素

Aminoglycoside phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aminopropanol kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Mallette, E. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic characterization of (S)-1-amino-2-propanol kinase from the aminoacetone utilization microcompartment ofMycobacterium smegmatis.
著者: Mallette, E. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2018年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _struct.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ef6.cif.gz	206.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ef6.ent.gz	166.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ef6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ef6_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ef6_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	6ef6_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6ef6_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6ef6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6ef6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ofj-d 5ofl-d 3d0e-2 2ybu-5 3d0e-3 2ybt-4 2ybu-3 4r92-2 6o94-2 6vsn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aminoglycoside phosphotransferase

ヘテロ分子

40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.010, 70.050, 60.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-687- HOH
2	1	A-722- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aminoglycoside phosphotransferase 分子量: 39851.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0270 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP47

#1: タンパク質

Aminoglycoside phosphotransferase

分子量: 39851.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0270 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP47

-
非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-JFN / (2R)-1-methoxypropan-2-amine / jeffamine / (R)-1-メトキシ-2-アミノプロパン分子量: 89.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁NO
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7, 0.5% (v/v) Jeffamine E.D. 2001, 30 mg/ml protein, serial seeding with 1/1000 diluted crushed crystals

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 65639 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 5.8 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 4820 / CC_1/2: 0.747 / R_sym value: 0.517 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.35→39.828 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1675	3282	5 %
R_work	0.1489	-	-
obs	0.1498	65635	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2598	0	21	231	2850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2729
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.164	3723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.518	987
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3702	0.2859	139	0.2653	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3702-1.3916	0.2836	142	0.2457	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3916-1.4144	0.2137	142	0.2273	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4144-1.4388	0.2275	143	0.2087	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4388-1.4649	0.2009	142	0.2067	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4649-1.4931	0.2074	142	0.1958	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4931-1.5236	0.1975	145	0.1824	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5236-1.5567	0.218	141	0.1757	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5567-1.5929	0.1888	141	0.1745	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5929-1.6328	0.1938	143	0.1658	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6328-1.6769	0.1767	143	0.1567	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6769-1.7263	0.169	143	0.1524	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.782	0.1658	142	0.1557	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.782-1.8457	0.1817	143	0.158	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8457-1.9196	0.1772	142	0.1495	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9196-2.0069	0.1635	144	0.1459	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0069-2.1127	0.17	142	0.1349	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1127-2.2451	0.1413	143	0.1302	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2451-2.4184	0.16	142	0.1319	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4184-2.6617	0.15	144	0.1406	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6617-3.0468	0.162	143	0.147	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0468-3.8381	0.159	144	0.1286	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8381-39.8451	0.1566	147	0.1471	2783	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4038	0.4985	0.8505	1.3653	0.0213	3.6038	-0.0005	0.4472	0.1219	-0.2711	0.0045	0.2615	-0.0191	-0.2835	0.0082	0.2325	0.0329	-0.0171	0.3887	0.0536	0.1908	10.9542	21.8488	27.1873
2	0.954	-0.1309	0.1359	0.7697	-0.7521	2.8266	0.0388	0.425	0.1368	-0.2278	0.0344	0.087	0.0064	-0.1012	-0.0605	0.2363	0.0193	-0.0111	0.3265	0.0442	0.183	12.4479	19.0552	29.5887
3	1.6309	-0.3191	-0.378	0.6612	0.202	1.2294	0.1223	0.1856	0.197	-0.1244	-0.0888	-0.1606	-0.1353	0.1081	-0.0522	0.1338	-0.0025	0.0045	0.1501	0.0379	0.1258	18.0034	26.9497	46.9135
4	1.3904	-0.6782	-0.6543	0.9643	0.8846	1.9725	0.0054	0.1236	0.0497	0.0043	-0.0278	-0.0139	0.1597	0.0212	-0.0231	0.1586	-0.0039	0.0004	0.1181	0.0353	0.1376	15.2375	22.7953	50.6827
5	1.7945	-0.7999	-0.1985	2.0976	0.2236	1.0485	0.0035	0.0338	-0.0282	0.039	-0.0213	-0.0116	-0.012	0.0117	0.0098	0.125	-0.0005	-0.004	0.1053	0.0059	0.1176	14.3907	20.0095	54.6787
6	8.0203	-0.024	3.579	2.0125	0.3943	5.4682	-0.0317	0.0421	0.192	0.0059	-0.0741	0.0515	0.055	-0.0767	-0.0382	0.1344	-0.0059	0.0162	0.0787	0.01	0.1321	1.9252	27.2502	59.7445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 178 through 236 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 237 through 301 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 302 through 334 )

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