PDB-6eew: Crystal structure of Catharanthus roseus tryptophan decarboxylase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eew

タイトル

Crystal structure of Catharanthus roseus tryptophan decarboxylase in complex with L-tryptophan

要素

Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

キーワード

LYASE / Aromatic Amino Acid Decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-tryptophan decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Catharanthus roseus (ニチニチカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.05002080844 Å

データ登録者

Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for divergent and convergent evolution of catalytic machineries in plant aromatic amino acid decarboxylase proteins.
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.

履歴

登録	2018年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.4	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eew.cif.gz	851.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eew.ent.gz	651.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eew_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eew_full_validation.pdf.gz	525.3 KB	表示
XML形式データ	6eew_validation.xml.gz	71.7 KB	表示
CIF形式データ	6eew_validation.cif.gz	95.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eeiC 6eemC 6eeqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6khp-d 6eei-d 3drd-d 6wnn-d 1ohv-2 3dod-d 1ohw-2 4qme-d 4y0d-2 1ohy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

B: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

C: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

D: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

B: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

D: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.612, 69.607, 133.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.778, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / AADC / DOPA decarboxylase / Tryptophan decarboxylase / L-Tryptophan decarboxylase / CrTDC 分子量: 56509.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ) 遺伝子: TDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P17770, aromatic-L-amino-acid decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.22M calcium chloride and 12% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→133.19 Å / Num. obs: 256582 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.3745259133 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.8 / CC_1/2: 0.855 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.05002080844→133.181944267 Å / SU ML: 0.404291219254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32630353466 / 位相誤差: 37.340059999

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255614270007	3857	1.80470617961 %
R_work	0.22008686338	-	-
obs	0.22074901198	213719	88.1220982493 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.5104999198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05002080844→133.181944267 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14960	0	64	230	15254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00630717021526	15582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845584060002	21211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0526646353332	2401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00549087862293	2665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2453735525	5711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.075	0.470999268658	95	0.454480271042	5656	X-RAY DIFFRACTION	66.7324205152
2.075-2.1013	0.420033007826	116	0.452467005247	7135	X-RAY DIFFRACTION	82.9918736408
2.1013-2.1289	0.478579036457	176	0.449762205481	7872	X-RAY DIFFRACTION	93.5052863948
2.1289-2.1581	0.431758009847	147	0.448212011009	7959	X-RAY DIFFRACTION	93.5055946476
2.1581-2.1889	0.477835061285	119	0.42812909791	8084	X-RAY DIFFRACTION	93.834362846
2.1889-2.2216	0.443922837975	47	0.43624644984	1758	X-RAY DIFFRACTION	81.9337267363
2.2216-2.2563	0.636910114844	88	0.607550722054	4519	X-RAY DIFFRACTION	59.614389234
2.2563-2.2933	0.650815046644	5	0.422874630212	709	X-RAY DIFFRACTION	39.2739273927
2.2933-2.3329	0.40530460415	141	0.359789158917	7558	X-RAY DIFFRACTION	95.9137909555
2.3329-2.3753	0.355489693597	176	0.337113704413	8385	X-RAY DIFFRACTION	98.4249252702
2.3753-2.421	0.316860951156	140	0.340119486523	8366	X-RAY DIFFRACTION	98.414902233
2.421-2.4704	0.314750148523	140	0.336900952737	8361	X-RAY DIFFRACTION	97.7014136306
2.4704-2.5241	0.384701774234	139	0.34223425141	8120	X-RAY DIFFRACTION	96.1914744934
2.5241-2.5829	0.381101965906	165	0.309785717532	8430	X-RAY DIFFRACTION	98.7250172295
2.5829-2.6475	0.336486503296	167	0.30808317394	8337	X-RAY DIFFRACTION	98.7918215613
2.6475-2.719	0.390780908303	147	0.280281785189	8439	X-RAY DIFFRACTION	98.8373431564
2.719-2.7991	0.325112239923	167	0.253024570765	8420	X-RAY DIFFRACTION	98.7919926369
2.7991-2.8894	0.331368080443	155	0.237237484968	8403	X-RAY DIFFRACTION	98.8107608821
2.8894-2.9927	0.268736686957	148	0.233782687797	8383	X-RAY DIFFRACTION	99.0709557543
2.9927-3.1125	0.323083686767	142	0.234891551482	8423	X-RAY DIFFRACTION	98.8231221876
3.1125-3.2542	0.315753519157	161	0.244029039803	8257	X-RAY DIFFRACTION	96.8365351432
3.2542-3.4258	0.310999088304	159	0.221602776739	8383	X-RAY DIFFRACTION	99.1986993381
3.4258-3.6404	0.209386857604	153	0.201140465586	8397	X-RAY DIFFRACTION	98.298459416
3.6404-3.9215	0.205607309884	148	0.178317535237	8332	X-RAY DIFFRACTION	97.7408944214
3.9215-4.3162	0.189503778711	143	0.144976272179	8383	X-RAY DIFFRACTION	98.5323009361
4.3162-4.9408	0.157697860819	152	0.125009718039	8172	X-RAY DIFFRACTION	95.9317736545
4.9408-6.2249	0.169509105769	157	0.16087238587	8359	X-RAY DIFFRACTION	98.5990505963
6.2249-133.4638	0.181123709051	164	0.159617429651	8262	X-RAY DIFFRACTION	97.1408807932

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