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- PDB-6eev: Structure of class II HMG-CoA reductase from Delftia acidovorans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eev
タイトルStructure of class II HMG-CoA reductase from Delftia acidovorans with mevalonate bound
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mevalonate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / ergosterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / (R)-MEVALONATE / 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Delftia acidovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Ragwan, E.R. / Arai, E. / Kung, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM116029 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: New Crystallographic Snapshots of Large Domain Movements in Bacterial 3-Hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A Reductase.
著者: Ragwan, E.R. / Arai, E. / Kung, Y.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4038
ポリマ－45,1911
非ポリマー1,2127
水7,332407
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,80616
ポリマ－90,3822
非ポリマー2,42414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area12610 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.370, 100.370, 75.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-770-

HOH

21A-828-

HOH

31A-971-

HOH

41A-976-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase


分子量: 45190.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Delftia acidovorans (バクテリア)
遺伝子: Daci_0287 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9BQX8, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 412分子

#3: 化合物 ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE


分子量: 147.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 600 mM lithium sulfate, 19% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→57.125 Å / Num. obs: 70102 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→57.125 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1646 3540 5.05 %
Rwork0.1351 --
obs0.1366 70070 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→57.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2733 0 77 407 3217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8213905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.91046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.51040.26321210.21312715X-RAY DIFFRACTION100
1.5104-1.5320.21511480.19472716X-RAY DIFFRACTION99
1.532-1.55490.20541490.17692660X-RAY DIFFRACTION99
1.5549-1.57920.21291430.16422495X-RAY DIFFRACTION93
1.5792-1.60510.20551710.17052620X-RAY DIFFRACTION99
1.6051-1.63280.25631360.15972729X-RAY DIFFRACTION100
1.6328-1.66240.18181510.14932690X-RAY DIFFRACTION100
1.6624-1.69440.20671570.14562731X-RAY DIFFRACTION100
1.6944-1.7290.2011040.14362738X-RAY DIFFRACTION99
1.729-1.76660.1841370.14042706X-RAY DIFFRACTION99
1.7666-1.80770.18661380.13032693X-RAY DIFFRACTION99
1.8077-1.85290.15911430.12652628X-RAY DIFFRACTION96
1.8529-1.9030.16571080.12232555X-RAY DIFFRACTION93
1.903-1.9590.17031560.13482698X-RAY DIFFRACTION99
1.959-2.02230.16161810.132668X-RAY DIFFRACTION99
2.0223-2.09450.17531610.12732693X-RAY DIFFRACTION99
2.0945-2.17840.15881410.12082685X-RAY DIFFRACTION99
2.1784-2.27750.15921460.12132688X-RAY DIFFRACTION99
2.2775-2.39760.15791220.11952492X-RAY DIFFRACTION90
2.3976-2.54780.14531410.12692670X-RAY DIFFRACTION97
2.5478-2.74460.16431240.13922723X-RAY DIFFRACTION98
2.7446-3.02070.1651500.13632669X-RAY DIFFRACTION97
3.0207-3.45780.1602980.13932579X-RAY DIFFRACTION91
3.4578-4.35620.12381470.1152658X-RAY DIFFRACTION95
4.3562-57.16690.15871670.1432631X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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