PDB-6eeo: Bioreductive 4-hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides selec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eeo

タイトル

Bioreductive 4-hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides selectively target the tumor-associated carbonic anhydrase isoforms IX and XII and show hypoxia-enhanced cytotoxicity against human cancer cell lines.

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE inhibitor / Hypoxia / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase XII / inhibition / anti-proliferative. / LYASE / LYASE-LYASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.719 Å

データ登録者

Singh, S. / McKenna, R. / Supuran, C.T. / Nocentini, A. / Lomelino, C. / Lucarini, E. / Bartolucci, G. / Mannelli, L.D.C. / Ghelardini, C. / Gratteri, P.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: 4-Hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides Selectively Target the Tumor-Associated Carbonic Anhydrase Isoforms IX and XII Showing Hypoxia-Enhanced Antiproliferative Profiles.
著者: Nocentini, A. / Trallori, E. / Singh, S. / Lomelino, C.L. / Bartolucci, G. / Di Cesare Mannelli, L. / Ghelardini, C. / McKenna, R. / Gratteri, P. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2018年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eeo.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eeo.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eeo_validation.pdf.gz	716.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eeo_full_validation.pdf.gz	720.5 KB	表示
XML形式データ	6eeo_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	6eeo_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6eeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ebeC 6eczC 6edaC 6eeaC 6eehC 3ks3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cai-d 1okl-d 4yxu-d 3dd0-d 4e3h-d 3mzc-d 4bf6-d 6bc9-d 4cnr-4 1bnw-d 5ty9-d 3t84-d 5jdv-d 4iwz-d 3hkt-d 1ttm-d 5t72-d 6e8p-d 3ryv-d 5doh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.590, 41.940, 72.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-J6V / 3-{[(4-fluoro-3-methylphenyl)carbamoyl]amino}-4-hydroxy-5-nitrobenzene-1-sulfonamide 分子量: 384.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃FN₄O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→20 Å / Num. obs: 26523 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.926 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 100622

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.72-1.75	2.6	0.401	1157	0.759	0.302	0.506	0.746	86.2
1.75-1.78	3.1	0.375	1276	0.828	0.251	0.455	0.796	97.4
1.78-1.82	3.7	0.328	1336	0.892	0.195	0.383	0.844	100
1.82-1.85	3.8	0.261	1312	0.911	0.154	0.304	0.846	99.9
1.85-1.89	3.8	0.224	1308	0.938	0.134	0.262	0.902	100
1.89-1.94	3.8	0.189	1361	0.958	0.111	0.22	0.915	100
1.94-1.99	3.8	0.153	1308	0.966	0.091	0.178	0.919	100
1.99-2.04	3.9	0.139	1340	0.973	0.081	0.161	1.003	100
2.04-2.1	3.8	0.117	1311	0.98	0.069	0.137	1.008	100
2.1-2.17	3.9	0.1	1328	0.987	0.058	0.116	1.022	100
2.17-2.24	3.9	0.093	1349	0.985	0.055	0.109	1.032	100
2.24-2.33	3.9	0.081	1327	0.991	0.047	0.094	0.986	100
2.33-2.44	3.9	0.074	1328	0.992	0.043	0.085	0.946	100
2.44-2.57	3.9	0.068	1331	0.992	0.039	0.079	0.957	100
2.57-2.73	4	0.059	1351	0.995	0.034	0.068	0.865	100
2.73-2.94	4	0.055	1334	0.995	0.032	0.064	0.932	100
2.94-3.23	4	0.048	1357	0.995	0.028	0.055	0.852	100
3.23-3.7	4	0.046	1340	0.995	0.026	0.053	0.888	100
3.7-4.65	4	0.046	1375	0.991	0.027	0.053	0.921	100
4.65-20	3.9	0.049	1394	0.994	0.029	0.057	1.003	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2097	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3

解像度: 1.719→18.968 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	1331	5.03 %
R_work	0.1729	25151	-
obs	0.1745	26482	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.4 Å² / B_iso mean: 24.4039 Å² / B_iso min: 8.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.719→18.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	27	24	2093
B_iso mean	-	-	46.44	31.02	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.596	2961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8	2198

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7191-1.7805	0.2668	127	0.2301	2251	2378	90
1.7805-1.8518	0.2221	128	0.1832	2533	2661	100
1.8518-1.936	0.2346	135	0.1821	2520	2655	100
1.936-2.0379	0.1989	126	0.1609	2529	2655	100
2.0379-2.1654	0.1922	127	0.1679	2522	2649	100
2.1654-2.3324	0.2226	141	0.1832	2528	2669	100
2.3324-2.5666	0.2263	130	0.1958	2535	2665	100
2.5666-2.9368	0.2173	142	0.2045	2545	2687	100
2.9368-3.6955	0.2283	132	0.18	2560	2692	100
3.6955-18.9692	0.1659	143	0.1349	2628	2771	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.4498 Å / Origin y: -1.6901 Å / Origin z: 16.1694 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1018 Å²	-0.0012 Å²	-0.0017 Å²	-	0.0998 Å²	0.0056 Å²	-	-	0.108 Å²
L	0.9474 °²	-0.035 °²	0.0357 °²	-	0.6612 °²	-0.0689 °²	-	-	0.8644 °²
S	-0.0197 Å °	-0.0044 Å °	0.0374 Å °	-0.0277 Å °	0.0092 Å °	-0.0123 Å °	0.0113 Å °	-0.0049 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	3 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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