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- PDB-6eej: Streptomyces bingchenggensis Aldolase-Dehydratase in covalent com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eej
タイトルStreptomyces bingchenggensis Aldolase-Dehydratase in covalent complex with dienone product.
要素Acetoacetate decarboxylase
キーワードLYASE / Secondary metabolism / aldolase / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetoacetate decarboxylase-like / Acetoacetate decarboxylase-like / Acetoacetate decarboxylase / Acetoacetate decarboxylase domain superfamily / Acetoacetate decarboxylase (ADC) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-J6S / : / Acetoacetate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces bingchenggensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.892 Å
データ登録者Mydy, L.S. / Silvaggi, N.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1157392 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Mechanistic Studies of theStreptomyces bingchenggensisAldolase-Dehydratase: Implications for Substrate and Reaction Specificity in the Acetoacetate Decarboxylase-like Superfamily.
著者: Mydy, L.S. / Hoppe, R.W. / Hagemann, T.M. / Schwabacher, A.W. / Silvaggi, N.R.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,99817
ポリマ－112,6234
非ポリマー1,37513
水18,9881054
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19980 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area33460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.050, 123.746, 53.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-656-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Acetoacetate decarboxylase


分子量: 28155.729 Da / 分子数: 4 / 変異: Y252F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces bingchenggensis (strain BCW-1) (バクテリア)
株: BCW-1 / 遺伝子: SBI_00515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D7C0E5
#2: 化合物
ChemComp-J6S / (3E,5E)-6-(4-nitrophenyl)-2-oxohexa-3,5-dienoic acid / 4-nitro-cinnamylidenepyruvate, bound form


分子量: 247.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 3.5-4.0 M potassium formate, 2-5% PEG 2K MME, 100 mM Bis-Tris propane, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.892→48.79 Å / Num. obs: 83236 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 18.48 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 1.892→1.96 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 7582 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.2284 / Rrim(I) all: 0.599 / % possible all: 92.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZBO

4zbo


解像度: 1.892→48.79 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1809 2000 2.42 %Random
Rwork0.1615 ---
obs0.1619 82768 99.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.892→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7898 0 87 1054 9039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60511383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1094840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8921-1.93950.22891260.19885107X-RAY DIFFRACTION89
1.9395-1.99190.20351410.17955692X-RAY DIFFRACTION100
1.9919-2.05050.17551430.17035766X-RAY DIFFRACTION100
2.0505-2.11670.21661430.16065761X-RAY DIFFRACTION100
2.1167-2.19240.20461410.1555739X-RAY DIFFRACTION100
2.1924-2.28010.14881440.15065758X-RAY DIFFRACTION100
2.2801-2.38390.16031420.14615784X-RAY DIFFRACTION100
2.3839-2.50960.17371440.15475781X-RAY DIFFRACTION100
2.5096-2.66680.20541440.16165812X-RAY DIFFRACTION100
2.6668-2.87270.18141430.16085804X-RAY DIFFRACTION100
2.8727-3.16170.18011440.16595823X-RAY DIFFRACTION100
3.1617-3.61910.16341460.15735863X-RAY DIFFRACTION100
3.6191-4.55920.14951460.13575920X-RAY DIFFRACTION100
4.5592-48.81110.2071530.19136158X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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