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- PDB-6eei: Crystal structure of Arabidopsis thaliana phenylacetaldehyde synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eei
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana phenylacetaldehyde synthase in complex with L-phenylalanine
要素Tyrosine decarboxylase 1
キーワードLYASE / Aromatic Amino Acid Decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylacetaldehyde synthase / phenylacetaldehyde synthase activity / 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase / 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase activity / L-phenylalanine catabolic process / response to wounding / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Phenylacetaldehyde synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.99001351967 Å
データ登録者Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for divergent and convergent evolution of catalytic machineries in plant aromatic amino acid decarboxylase proteins.
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structural basis for independent origins of new catalytic machineries in plant AAAD proteins
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.-C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine decarboxylase 1
B: Tyrosine decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9456
ポリマ－109,4232
非ポリマー5234
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12360 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.064, 106.791, 115.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine decarboxylase 1 / AtPAAS / Phenylacetaldehyde synthase


分子量: 54711.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ELI5, At2g20340, F11A3.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RY79, tyrosine decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H11NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 M ammonium sulfate 0.8M HEPES:NaOH pH 7.5 and 20%w/v PEG 3350
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→115.9 Å / Num. obs: 66877 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 40.1542302008 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 10.3 % / Num. unique obs: 4433 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.99001351967→78.5366849823 Å / SU ML: 0.264262343819 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32626612636 / 位相誤差: 30.8936469732
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239853424294 3228 5.06551588858 %
Rwork0.204506729291 --
obs0.206283584534 63725 94.9291662322 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.0972270522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99001351967→78.5366849823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7363 0 34 202 7599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00467165538347628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70423243522810379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04651628913781170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004447377961061322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.43662859192756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.01970.4831126582691500.4137516091712642X-RAY DIFFRACTION96.8099861304
2.0197-2.05130.351709048359930.3585182654061583X-RAY DIFFRACTION57.8329882678
2.0513-2.08490.4416783322521140.3893984073282471X-RAY DIFFRACTION90.9890883492
2.0849-2.12090.3463469061861460.3151721522532626X-RAY DIFFRACTION95.4874267999
2.1209-2.15940.3012166755211590.2918747911142706X-RAY DIFFRACTION99.4791666667
2.1594-2.2010.2987149257371710.2724498263842698X-RAY DIFFRACTION99.2733564014
2.201-2.24590.4403920485821120.3989258302881958X-RAY DIFFRACTION71.9499478624
2.2459-2.29470.5083325440081080.3651936999722060X-RAY DIFFRACTION74.7328507411
2.2947-2.34810.2756186329631490.2363637342272710X-RAY DIFFRACTION99.6861924686
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2.4068-2.47190.2542517216031310.2241412707022753X-RAY DIFFRACTION99.8960859023
2.4719-2.54470.2227874361581420.2237429102952754X-RAY DIFFRACTION99.89651604
2.5447-2.62680.2683556489091230.2249223884652768X-RAY DIFFRACTION99.8618307427
2.6268-2.72070.2896707266461300.2357418867312764X-RAY DIFFRACTION99.8275267334
2.7207-2.82960.2899396478461530.2379656064912747X-RAY DIFFRACTION99.896658629
2.8296-2.95840.2909002681131600.2254050485312759X-RAY DIFFRACTION99.9657534247
2.9584-3.11440.2613978456111530.2336507209752779X-RAY DIFFRACTION100
3.1144-3.30950.2589540216371490.2260123847542777X-RAY DIFFRACTION99.9316939891
3.3095-3.56510.2166667713691540.21623749562774X-RAY DIFFRACTION99.5579734784
3.5651-3.92380.236243851530.1845697983342739X-RAY DIFFRACTION98.16700611
3.9238-4.49160.1798446997861760.1520206995452783X-RAY DIFFRACTION99.8650016875
4.4916-5.65870.1841607241861290.1492113829712867X-RAY DIFFRACTION99.7336884154
5.6587-78.59790.1767348452421390.1609281872842993X-RAY DIFFRACTION99.7452229299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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