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Yorodumi- PDB-6ecl: Crystal Structure of a 1,2,4-Triazole Allosteric RNase H Inhibito... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ecl | ||||||
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Title | Crystal Structure of a 1,2,4-Triazole Allosteric RNase H Inhibitor in Complex with HIV Reverse Transcriptase | ||||||
Components | (Reverse transcriptase/ribonuclease H) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / HIV-1 / REVERSE TRANSCRIPTASE / RNASE H / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.385 Å | ||||||
Authors | Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of a 1,2,4-Triazole Allosteric RNase H Inhibitor in Complex with HIV Reverse Transcriptase Authors: Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ecl.cif.gz | 415 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ecl.ent.gz | 338.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ecl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ecl_validation.pdf.gz | 748.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ecl_full_validation.pdf.gz | 764 KB | Display | |
Data in XML | 6ecl_validation.xml.gz | 36 KB | Display | |
Data in CIF | 6ecl_validation.cif.gz | 49.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/6ecl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4g1qS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 64105.441 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: p66 domain / Mutation: C879S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) Strain: isolate BH10 / Plasmid: pET35a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) RIL / References: UniProt: P03366, exoribonuclease H | ||||
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#2: Protein | Mass: 50096.539 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: p51 domain / Mutation: C879S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) Strain: isolate BH10 / Plasmid: pET35a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) RIL / References: UniProt: P03366, exoribonuclease H | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-T90 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.06 % / Mosaicity: 0.22 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, BIS TRIS PROPANE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2013 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.38→19.77 Å / Num. obs: 49173 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 19.7 / Num. measured all: 181751 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4G1Q Resolution: 2.385→19.768 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.93 Å2 / Biso mean: 69.8504 Å2 / Biso min: 21.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.385→19.768 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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