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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ecg | ||||||
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タイトル | Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-methionine | ||||||
![]() | (Tyrosine phenol- ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phillips, R.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Wild-Type and F448A Mutant Citrobacter freundii Tyrosine Phenol-Lyase Complexed with a Substrate and Inhibitors: Implications for the Reaction Mechanism. 著者: Phillips, R.S. / Craig, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 430.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 352.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 918.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 929 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Tyrosine phenol- ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 51301.461 Da / 分子数: 1 / 変異: F448A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tpl / プラスミド: pLATE11-tpl / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51529.578 Da / 分子数: 1 / 変異: F448A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tpl / プラスミド: pLATE11-tpl / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 654分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PM9.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PM9.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PM9 / ( | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | ChemComp-P33 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8.0, 0.2 M KCl, 1 mM DTT, 0.5 mM pyridoxal-5'-phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→45.95 Å / Num. obs: 53790 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 42.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1189 / Rpim(I) all: 0.05322 / Rrim(I) all: 0.1307 / Net I/σ(I): 7.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.351 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 5280 / CC1/2: 0.239 / Rpim(I) all: 1.495 / Rrim(I) all: 3.751 / % possible all: 99.91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2VLH 解像度: 2.27→45.95 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→45.95 Å
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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