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- PDB-6ec0: Crystal structure of the wild-type heterocomplex between coil 1B ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ec0
タイトルCrystal structure of the wild-type heterocomplex between coil 1B domains of human intermediate filament proteins keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10)
要素
  • Keratin 1
  • Keratin, type I cytoskeletal 10
キーワードPROTEIN FIBRIL / keratin / intermediate filament / coiled-coil / skin
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of skin epidermis / keratin filament / Keratinization / positive regulation of epidermis development / intermediate filament organization / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / intermediate filament ...structural constituent of skin epidermis / keratin filament / Keratinization / positive regulation of epidermis development / intermediate filament organization / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / intermediate filament / protein heterotetramerization / epidermis development / keratinocyte differentiation / epithelial cell differentiation / cytoskeleton / protein heterodimerization activity / structural molecule activity / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Keratin type II cytoskeletal 1, tail / Keratin type II cytoskeletal 1 tail / Keratin, type II / Keratin type II head / Keratin type II head / Keratin, type I / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain ...Keratin type II cytoskeletal 1, tail / Keratin type II cytoskeletal 1 tail / Keratin, type II / Keratin type II head / Keratin type II head / Keratin, type I / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / NICKEL (II) ION / Keratin, type II cytoskeletal 1 / Keratin, type I cytoskeletal 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.983 Å
データ登録者Eldirany, S.A. / Lomakin, I.B. / Bunick, C.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)K08-AR070290 米国
Other privateFoundation for Ichthyosis & Related Skin Types 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Human keratin 1/10-1B tetramer structures reveal a knob-pocket mechanism in intermediate filament assembly.
著者: Eldirany, S.A. / Ho, M. / Hinbest, A.J. / Lomakin, I.B. / Bunick, C.G.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Keratin 1
B: Keratin, type I cytoskeletal 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,57110
ポリマ－24,8862
非ポリマー6858
水63135
1
A: Keratin 1
B: Keratin, type I cytoskeletal 10
ヘテロ分子

A: Keratin 1
B: Keratin, type I cytoskeletal 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,14120
ポリマ－49,7714
非ポリマー1,37016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area16120 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.685, 106.685, 70.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Keratin 1


分子量: 12764.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: coil 1B domain of human keratin 1 (KRT1) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6VRG1
#2: タンパク質 Keratin, type I cytoskeletal 10 / Cytokeratin-10 / CK-10 / Keratin-10 / K10


分子量: 12121.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gly-Ser at N-terminus following His-tag cleavageCoil 1B domain of human keratin 10 (KRT10)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT10, KPP / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13645

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非ポリマー , 4種, 43分子

#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.66 % / 解説: thin, rod-shaped needles
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 5 mM cobalt chloride, 5 mM cadmium chloride, 5 mM magnesium chloride, 5 mM nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.983→50 Å / Num. obs: 8681 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 91.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.983-3.0551.1852060.640.4771.2850.942.7
3.05-3.114.51.4622400.5310.6191.5970.92652.1
3.11-3.174.91.2332970.540.5421.3590.8862.5
3.17-3.235.11.2313270.6270.5281.3480.89269.6
3.23-3.35.31.3253830.6080.571.4540.81780.6
3.3-3.385.91.3244390.5480.551.4430.86588.5
3.38-3.466.30.8944400.8190.3660.9720.85695
3.46-3.566.70.6694740.9480.2650.7230.93398.1
3.56-3.666.60.5394670.9640.2160.5840.95599.4
3.66-3.787.30.4194890.9730.1610.4510.95299.6
3.78-3.918.90.3494810.9880.1230.3710.986100
3.91-4.079.60.3394730.9920.1150.3581.018100
4.07-4.26100.2494830.9940.0830.2621.065100
4.26-4.48100.1774850.9980.0590.1871.082100
4.48-4.769.90.154880.9990.0510.1591.142100
4.76-5.139.50.1074920.9980.0370.1141.133100
5.13-5.648.40.1444860.9960.0520.1531.072100
5.64-6.4610.20.1554980.9950.0510.1641.08899.8
6.46-8.139.80.0834970.9980.0280.0881.011100
8.13-508.80.055360.9990.0170.0530.822100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Phase problem initially solved using SAD on an isomorphous crystal whose data was collected at the cadmium edge (8500eV). This structure was used as starting model in MolRep to ...開始モデル: Phase problem initially solved using SAD on an isomorphous crystal whose data was collected at the cadmium edge (8500eV). This structure was used as starting model in MolRep to obtain the higher resolution KRT1/KRT10 1B structure.

解像度: 2.983→46.196 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3001 398 4.73 %random selection
Rwork0.2814 ---
obs0.2822 8417 86.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 278.99 Å2 / Biso mean: 140.6592 Å2 / Biso min: 27.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.983→46.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 7 35 1773
Biso mean--163.86 118.11 -
残基数----210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8962347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.411102
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9832-3.41480.45821090.42421888199763
3.4148-4.30180.39091490.33942990313998
4.3018-46.20150.23971400.23843141328199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12250.5683-1.47730.5125-0.94171.85730.2290.1374-0.3055-0.25020.72140.01630.1102-0.28012.5960.6788-0.5859-0.30071.78410.38741.031256.7008-16.289865.3648
20.3879-0.0448-0.03920.00120.02620.1044-0.28310.26290.5774-0.3373-0.20960.3880.49350.76470.00521.174-0.2135-0.10791.70650.06790.757648.3587-21.020443.3649
30.4732-0.02150.09060.4801-0.67980.9367-0.58450.0940.1696-0.55990.24660.0698-0.76540.35410.00410.9995-0.1488-0.13260.9719-0.02690.806523.4407-28.92271.7834
40.24310.21380.46670.1810.40390.90220.69410.89610.73451.0076-0.7475-0.07351.74731.5939-0.01091.2604-0.1656-0.19711.6429-0.13240.8391-1.598-51.5841-39.0172
50.00020.0095-0.01270.0772-0.10850.14980.322-0.5429-0.19260.62910.7295-0.46350.5114-0.0603-0.00011.09310.0413-0.09551.34470.16561.3436-14.6133-59.1802-57.6145
60.17130.0479-0.01930.0616-0.10260.1925-0.86170.67261.99250.96830.79281.20520.6323-0.2245-0.00152.0388-0.44860.59571.4814-0.16351.802349.4395-9.532463.3701
70.0657-0.0944-0.07820.19410.19020.1009-0.72670.7582-0.06150.07640.55160.1831-0.05141.9533-0.047-0.0861-0.1942-0.41930.988-0.30480.337334.3662-24.294932.2508
80.3522-0.033-0.21970.422-0.14430.2383-0.36230.58970.40480.01610.8838-0.10730.76570.9315-0.00311.0274-0.0196-0.11361.8634-0.05040.679621.4526-39.4975-11.7265
90.6895-1.0836-0.27731.82470.65950.63070.34930.08490.1993-0.9679-1.5704-0.2710.698-0.4965-0.1291.8218-0.7486-0.11232.06570.16160.95696.8669-45.7223-41.3437
100.6689-0.84840.42861.0729-0.54420.27510.3791-0.5572-1.2896-0.559-0.04150.87670.6854-0.10640.12220.8767-0.1796-0.05181.1682-0.54680.7491-6.2505-49.1585-59.3196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 225:232)A225 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 233:255)A233 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 256:299)A256 - 299
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 300:325)A300 - 325
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 326:331)A326 - 331
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 195:201)B195 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 202:243)B202 - 243
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 244:266)B244 - 266
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 267:287)B267 - 287
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 288:296)B288 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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