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- PDB-6ebx: STRUCTURE DETERMINATION OF A DIMERIC FORM OF ERABUTOXIN B, CRYSTA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ebx
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF A DIMERIC FORM OF ERABUTOXIN B, CRYSTALLIZED FROM THIOCYANATE SOLUTION
要素ERABUTOXIN B
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Erabutoxin b
類似検索 - 構成要素
生物種Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Prange, T. / Saludjian, P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure determination of a dimeric form of erabutoxin-b, crystallized from a thiocyanate solution.
著者: Saludjian, P. / Prange, T. / Navaza, J. / Menez, R. / Guilloteau, J.P. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization of Basic Proteins by Ion Pairing
著者: Ries-Kautt, M. / Ducruix, A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Relative Effectiveness of Various Ions on the Solubility and Crystal Growth of Lysozyme
著者: Ries-Kautt, M. / Ducruix, A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: Refinement at 1.4 Angstrom Resolution of a Model of Erabutoxin B: Treatment of Ordered Solvent and Discrete Disorder
著者: Smith, J.L. / Hendrickson, P.W.R.Corfield.W.A. / Low, B.W.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: Erabutoxin B. Initial Protein Refinement and Sequence Analysis at 0.140-Nm Resolution
著者: Bourne, P.E. / Sato, A. / Corfield, P.W.R. / Rosen, L.S. / Birken, S. / Low, B.W.
#5: ジャーナル: Handb.Exp.Pharmacol. / 年: 1979
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Postsynaptic Snake Neurotoxins. Consideration of Structure and Function
著者: Low, B.W.
履歴
登録1991年5月31日処理サイト: BNL
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE TWO MOLECULES ARE ASSOCIATED VIA 1) AN INTERMOLECULAR ANTI-PARALLEL BETA SHEET ...SHEET THE TWO MOLECULES ARE ASSOCIATED VIA 1) AN INTERMOLECULAR ANTI-PARALLEL BETA SHEET ASSOCIATION AROUND THE TWO-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC AXIS AND 2) VIA INTERLEAVING OF FINGERS TWO AND THREE WITH MUTUAL TRP-29/PHE-32 STACKING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERABUTOXIN B
B: ERABUTOXIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8143
ポリマ－13,7562
非ポリマー581
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.360, 40.890, 55.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ERABUTOXIN B


分子量: 6877.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
参照: UniProt: Q90VW1
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化詳細: CRYSTALLIZATION TOOK PLACE FROM KSCN SOLUTION (O.3M) AT PH 5.5 BY THE HANGING DROP METHOD AT ROOM TEMPERATURE. CRYSTALS APPEARED IN TWO WEEKS AS ELONGATED RODS.
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13 mMprotein1drop
20.15 MKSCN1drop
350 mMacetate1drop
40.3 MKSCN1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 11227 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.82 Å / Num. possible: 64 / Num. unique obs: 1577

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化最高解像度: 1.7 Å
詳細: SHIFTS FROM ENTRY *2EBX* IN POSITIONS OF NON-DISORDERED PROTEIN ATOMS ARE SMALL. THE RMS DEVIATION IS 0.5 ANGSTROMS FOR MAIN CHAIN ATOMS AND 0.9 FOR THE SIDE CHAIN ATOMS.
Rfactor反射数
Rwork0.194 -
obs-10913
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 3 97 1056
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'X-PLOR, PROLSQ' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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