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万見
- PDB-6ebr: Activation of RR02 bound to BeF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ebr
タイトルActivation of RR02 bound to BeF3
要素DNA-binding response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Response Regulator / YycF / Streptococcus pneumoniae / Receiver Domain / BeF3
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / fatty acid biosynthetic process / negative regulation of DNA-templated transcription / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...: / Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : / Transcriptional regulatory protein WalR
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.816 Å
データ登録者Riboldi-Tunnicliffe, A. / Panjikar, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation of RR02 bound to BeF3
著者: Riboldi-Tunnicliffe, A.
履歴
登録2018年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7223
ポリマ－13,6011
非ポリマー1212
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.705, 93.404, 37.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-395-

HOH

21A-409-

HOH

31A-425-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator / Essential Response Regulator Protein / YycF Homologue


分子量: 13600.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UQ68
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: BeF3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% (vol/vol) polyethylene glycol 300 (PEG-300), 0.1 M acetate buffer in a pH range of 6.0 to 6.5
PH範囲: 5.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→37.3 Å / Num. obs: 12175 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 36.42 Å2 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.81→1.88 Å / Num. unique obs: 11481 / % possible all: 96.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NXT

1nxt


解像度: 1.816→37.353 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 611 5.02 %
Rwork0.1693 --
obs0.1707 12172 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.816→37.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数929 0 5 125 1059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8771269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.831593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8164-1.99910.2431640.20182794X-RAY DIFFRACTION99
1.9991-2.28840.21211620.1682847X-RAY DIFFRACTION100
2.2884-2.8830.18321440.17592917X-RAY DIFFRACTION100
2.883-37.36040.19141410.16013003X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5159-0.9083-0.43253.5647-0.26842.50160.08320.09190.1015-0.12210.0016-0.0708-0.243-0.0308-0.05530.24180.02720.00080.2193-0.0270.153459.717665.60994.1253
21.65130.25760.20354.76851.22811.4203-0.0096-0.0388-0.02520.7670.1204-0.17980.1374-0.0422-0.06030.27040.0288-0.02760.2344-0.00410.120961.570453.5389.688
34.8044-0.6149-0.19812.9051.12134.53680.32790.58340.4392-0.8001-0.17620.20520.0625-0.21350.00590.30920.0239-0.03490.21670.02180.128858.93253.6213-5.2925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 44 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 119 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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