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万見
- PDB-6ebe: Bioreductive 4-hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides selec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ebe
タイトルBioreductive 4-hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides selectively target the tumor-associated carbonic anhydrase isoforms IX and XII and show hypoxia-enhanced cytotoxicity against human cancer cell lines.
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE/LYASE inhibitor / Hypoxia / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase XII / inhibition / anti-proliferative. / LYASE-LYASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / angiotensin-activated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J3V / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Singh, S. / McKenna, R. / Supuran, C.T. / Nocentini, A. / Lomelino, C. / Lucarini, E. / Bartolucci, G. / Mannelli, L.D.C. / Ghelardini, C. / Gratteri, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: 4-Hydroxy-3-nitro-5-ureido-benzenesulfonamides Selectively Target the Tumor-Associated Carbonic Anhydrase Isoforms IX and XII Showing Hypoxia-Enhanced Antiproliferative Profiles.
著者: Nocentini, A. / Trallori, E. / Singh, S. / Lomelino, C.L. / Bartolucci, G. / Di Cesare Mannelli, L. / Ghelardini, C. / McKenna, R. / Gratteri, P. / Supuran, C.T.
履歴
登録2018年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4183
ポリマ－28,9331
非ポリマー4862
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.861, 41.811, 72.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 28932.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-J3V / 4-hydroxy-3-nitro-5-({[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}amino)benzene-1-sulfonamide


分子量: 420.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11F3N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate, 50 mM Tris-HCl, pH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 18329 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 20.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 44675
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.88-1.912.30.5929160.6250.4470.7470.8990.8
1.91-1.952.30.569330.6480.4290.710.87189.5
1.95-1.982.30.4259280.7260.3190.5350.84891.9
1.98-2.032.40.3859140.7780.2910.4860.89290.8
2.03-2.072.30.369530.7880.2750.4560.92291.6
2.07-2.122.40.3029070.8590.2240.3790.95990.7
2.12-2.172.40.2429430.9010.1790.3030.90691.1
2.17-2.232.40.2249110.9110.1660.2810.94790
2.23-2.292.40.1989370.9310.1460.2470.90991.1
2.29-2.372.40.1829250.930.1350.2280.93490.1
2.37-2.452.40.179320.9450.1240.2120.99690.4
2.45-2.552.40.1619320.9570.1180.2011.00490.7
2.55-2.672.40.1379210.9690.0990.170.94189.7
2.67-2.812.50.1139250.9750.0820.140.94589.7
2.81-2.982.50.0959140.9840.0680.1170.97488.1
2.98-3.212.50.0729060.9880.0510.0890.9188.1
3.21-3.542.60.0549050.9940.0380.0660.88386.8
3.54-4.052.60.0418830.9960.0280.050.88585.7
4.05-5.12.60.038840.9980.0210.0370.80783.7
5.1-502.70.0288600.9970.0190.0340.68178.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10pre_2097精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3


解像度: 1.88→32.383 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 900 4.95 %
Rwork0.1682 --
obs0.171 18182 88.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.56 Å2 / Biso mean: 23.9742 Å2 / Biso min: 7.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→32.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 29 41 2119
Biso mean--46.33 25.7 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2952908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4751714
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8795-1.99720.29481530.22222784293786
1.9972-2.15140.26951500.19282931308191
2.1514-2.36790.23921550.17962944309991
2.3679-2.71030.24721490.18852944309390
2.7103-3.41420.22081490.17292888303788
3.4142-32.38830.19111440.13352791293583
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.7954 Å / Origin y: -1.75 Å / Origin z: 16.1507 Å
111213212223313233
T0.0921 Å20.0034 Å2-0.0008 Å2-0.0941 Å20.0024 Å2--0.095 Å2
L0.6411 °2-0.0417 °20.0134 °2-0.5989 °2-0.0686 °2--0.4964 °2
S-0.0023 Å °-0.0107 Å °0.023 Å °-0.0113 Å °-0.001 Å °-0.0135 Å °0.035 Å °-0.013 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 261
2X-RAY DIFFRACTION1allB262
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 40
4X-RAY DIFFRACTION1allC44 - 50
5X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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