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- PDB-6eb7: YycF homologue (SP1227) Receiver Domain Activated by BeF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eb7
タイトルYycF homologue (SP1227) Receiver Domain Activated by BeF3
要素DNA-binding response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / BeF3 Activated / YycF Homologue / Response Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / fatty acid biosynthetic process / negative regulation of DNA-templated transcription / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...: / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : / Transcriptional regulatory protein WalR
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Riboldi-Tunnicliffe, A. / Issacs, N.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: YycF homologue (SP1227) Receiver Domain Activated by BeF3
著者: Riboldi-Tunnicliffe, A.
履歴
登録2018年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3753
ポリマ－13,2541
非ポリマー1212
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.563, 93.324, 37.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-372-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator


分子量: 13254.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UQ68
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 36% v/v PEG 300, 5% w/v PEG 1,000 100 mM Sodium Acetate pH 5.5
PH範囲: 6.3 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月6日
放射モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→29.21 Å / Num. obs: 17717 / % possible obs: 96.42 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.06079 / Net I/σ(I): 11.38
反射 シェル解像度: 1.58→1.636 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.665 / Rpim(I) all: 0.6138 / % possible all: 95.65

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.45 Å29.21 Å
Translation4.45 Å29.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→29.21 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 911 5.15 %
Rwork0.1949 16788 -
obs0.196 17699 96.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86 Å2 / Biso mean: 30.9256 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数929 0 5 98 1032
Biso mean--25.15 43.05 -
残基数----116
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.66330.38851390.37472349248897
1.6633-1.76750.33191280.32322390251897
1.7675-1.9040.28561440.2692378252298
1.904-2.09550.24911300.20672406253698
2.0955-2.39860.17821280.17142433256198
2.3986-3.02150.19751230.17662419254297
3.0215-29.21460.17721190.16312413253292
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6028-2.10350.71575.0135-0.49063.42060.27940.571-0.2057-0.15960.0127-0.2742-0.09460.2012-0.31990.27550.03610.00880.2815-0.03080.134260.307563.56164.6232
25.0246-0.24273.51157.1503-1.13612.8662-0.05290.2870.3627-0.2846-0.0645-0.6939-0.67310.2824-0.02930.34250.02150.09330.2981-0.00060.314966.795667.2250.1495
37.64370.9616-1.22852.5237-1.93521.51550.17980.6782-1.2268-0.69930.3464-0.6981.04390.0304-0.38960.59450.0774-0.02550.3802-0.0690.295460.589364.4806-7.6609
42.4598-1.152-0.54592.4536-0.92951.6347-0.0297-0.10220.3080.0682-0.03040.0834-0.07430.01910.05440.36580.0483-0.00030.2497-0.0180.188857.723666.33898.2508
53.4733-1.85844.36037.65790.29997.68190.1110.19390.10060.38720.14960.6899-0.4816-0.2231-0.11010.20520.07280.02320.3388-0.02620.292150.504365.259310.137
67.66442.90863.33122.0032-1.70732.42830.05890.02330.2878-0.14290.07260.92930.317-0.3032-0.37460.3020.06650.00550.26350.00620.118551.309560.24334.2101
70.90471.38711.28462.46392.31112.1993-0.1073-0.29750.091.08740.2555-0.61370.15570.1780.00260.43930.0862-0.07030.3093-0.04020.18464.312359.000513.9613
84.62654.0984-4.09084.1486-4.39254.76660.1385-0.8711-0.35591.0915-0.2840.0030.90560.2499-0.10370.57570.03760.06640.33260.00450.174856.060154.857616.491
95.28791.07160.24892.44940.72321.0934-0.0012-0.14070.04540.63840.06450.23180.0818-0.0907-0.04830.30710.01990.03550.2720.00810.149557.539253.60748.9756
102.93333.01671.65683.27571.09363.3472-0.061-0.0747-0.33240.73870.1431-0.69970.23770.1935-0.14280.50040.0312-0.09010.2891-0.010.206567.364345.439510.8418
114.3417-0.7071-0.45573.77582.044.66930.06530.02890.1728-0.21210.1172-0.2427-0.2130.0587-0.16430.2780.02290.00050.2213-0.02530.140364.083552.88630.2476
124.08931.52911.82367.18182.50285.45030.09960.66290.0737-0.1704-0.29760.63280.2052-0.52210.14220.27310.042-0.13610.3312-0.03120.232952.595351.4909-4.5054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:10)A2 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:19)A11 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 20:24)A20 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 25:39)A25 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 40:44)A40 - 44
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 45:49)A45 - 49
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 50:61)A50 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 62:67)A62 - 67
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 68:81)A68 - 81
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 82:91)A82 - 91
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 92:112)A92 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 113:118)A113 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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