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万見
- PDB-6eb4: OhrB (Organic Hydroperoxide Resistance protein) from Chromobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eb4
タイトルOhrB (Organic Hydroperoxide Resistance protein) from Chromobacterium violaceum
要素Organic hydroperoxide resistance protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ohr / thiol-proxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta ...Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Organic hydroperoxide resistance protein / Organic hydroperoxide resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Domingos, R.M. / Teixeira, R.D. / Alegria, T.G.P. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Netto, L.E.S.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)FAPESP: 2013/07937-8 ブラジル
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Substrate and product-assisted catalysis: molecular aspects behind structural switches along Organic Hydroperoxide Resistance Protein catalytic cycle
著者: Domingos, R.M. / Teixeira, R.D. / Zeida, A. / Agudelo, W.A. / Alegria, T.G.P. / da Silva Neto, J.F. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Farah, C.S. / Estrin, D.A. / Netto, L.E.S.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Organic hydroperoxide resistance protein
B: Organic hydroperoxide resistance protein
C: Organic hydroperoxide resistance protein
D: Organic hydroperoxide resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8368
ポリマ－67,4124
非ポリマー4244
水2,864159
1
A: Organic hydroperoxide resistance protein
B: Organic hydroperoxide resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9184
ポリマ－33,7062
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
2
C: Organic hydroperoxide resistance protein
D: Organic hydroperoxide resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9184
ポリマ－33,7062
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.269, 87.269, 178.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA2 - 14022 - 160
21LEULEUBB2 - 14022 - 160
12LEULEUAA2 - 14022 - 160
22LEULEUCC2 - 14022 - 160
13LEULEUAA2 - 14022 - 160
23LEULEUDD2 - 14022 - 160
14ALAALABB2 - 14122 - 161
24ALAALACC2 - 14122 - 161
15ALAALABB2 - 14122 - 161
25ALAALADD2 - 14122 - 161
16ALAALACC2 - 14122 - 161
26ALAALADD2 - 14122 - 161

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Organic hydroperoxide resistance protein


分子量: 16852.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: CBW21_15220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A202B6V5, UniProt: Q7NV52*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Purified protein at 10mg/ml diluted in 5mM Tris-Hcl pH 7.4 Crystallisation condition: Magnesium Clhoride 200mM, BIS-TRIS 100mM pH 5.5, PEG 3,350 25%w/v

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.45866 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.8 Å / Num. obs: 43780 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 2.61 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3282 / CC1/2: 0.37 / Rpim(I) all: 1.16 / Rrim(I) all: 2.46 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N2F

1n2f


解像度: 2.1→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 11.009 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22033 2294 5.2 %RANDOM
Rwork0.19188 ---
obs0.19338 41419 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å2-0 Å2
3----3.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4088 0 28 159 4275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0134167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.6415624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4041.5729181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3515557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46421.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30615679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8051536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1813.5012240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1793.5012239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3195.2422793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3185.2432794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8463.8851927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8463.8851928
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2885.662832
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.25542.0624383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.23241.8464350
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A36580.12
12B36580.12
21A38220.08
22C38220.08
31A36840.12
32D36840.12
41B36530.12
42C36530.12
51B37430.11
52D37430.11
61C37070.12
62D37070.12
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 146 -
Rwork0.347 2805 -
obs--89.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00940.8748-0.21653.8723-0.55112.17120.0918-0.01460.31070.16090.0334-0.09-0.17410.1496-0.12520.0916-0.04690.03410.0303-0.02390.0555114.3432111.75460.6233
23.80811.4158-0.48022.5390.23453.69470.1637-0.3710.09440.2692-0.045-0.0433-0.10580.1399-0.11870.1033-0.04820.03720.0639-0.03590.0283109.1863105.242610.2945
32.32081.0535-0.09934.9685-0.21272.15-0.05690.0015-0.0765-0.42480.25040.39660.34760.0209-0.19350.1596-0.0716-0.09240.0550.04250.070191.113478.238-12.7857
42.6151.30180.48786.1052-0.86113.2666-0.09140.2677-0.0624-1.09450.28020.03050.30560.0433-0.18890.3198-0.108-0.05540.07740.01940.025595.282685.2343-22.634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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