PDB-6eau: Crystallographic structure of the octapeptide derived from the BT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eau

タイトル

Crystallographic structure of the octapeptide derived from the BTCI inhibitor bound to beta-trypsin in space group P 21 21 21.

要素

CYS-THR-LYS-SER-ILE-PRO-PRO-CYS
Cationic trypsin

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / Inhibitor Complex / BTCI / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Vigna unguiculata (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Fernandes, J.C. / Valadares, N.F. / Freitas, S.M. / Barbosa, J.A.R.G.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic structure of the octapeptide derived from the BTCI inhibitor bound to beta-trypsin in space group P 21 21 21.
著者: Fenandes, J.F. / Valadares, N.F. / Freitas, S.M. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2018年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eau.cif.gz	148.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eau.ent.gz	118 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eau_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eau_full_validation.pdf.gz	445 KB	表示
XML形式データ	6eau_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6eau_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ru4S 2g81 6e5m 6eat 6eaw 6eax S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a83-d 1y3w-d 4hgc-d 6dzf-d 3a84-d 1g3e-d 5xw1-d 1eb2-d 1y5b-d 1k1l-d 5xwj-1 6u22-d 6e5m-d 1o2v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

I: CYS-THR-LYS-SER-ILE-PRO-PRO-CYS

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The assembly has been confirmed by enzymatic activity assays

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.817, 61.569, 66.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド	CYS-THR-LYS-SER-ILE-PRO-PRO-CYS 分子量: 849.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vigna unguiculata (マメ科) / 参照: UniProt: P17734*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0,1M HEPES sodium 2 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.20009 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.20009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→30.78 Å / Num. obs: 79894 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 11.83 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 36.38
反射シェル	解像度: 1.18→1.222 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. unique obs: 6997 / CC_1/2: 0.932 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RU4

3ru4

解像度: 1.18→30.78 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1605	2008	2.51 %
R_work	0.1424	-	-
obs	0.1429	79855	97.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→30.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1686	0	36	387	2109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.024	1821
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.427	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.522	668
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	276
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	316

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1803-1.2098	0.2721	124	0.2524	4800	X-RAY DIFFRACTION	85
1.2098-1.2425	0.223	140	0.2098	5124	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2425-1.279	0.2267	133	0.2008	5289	X-RAY DIFFRACTION	94
1.279-1.3203	0.1829	131	0.1667	5496	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3203-1.3675	0.1791	152	0.1627	5565	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3675-1.4223	0.1923	145	0.1547	5640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4223-1.487	0.1726	147	0.145	5669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.487-1.5654	0.157	143	0.1397	5652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5654-1.6635	0.1395	144	0.1374	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6635-1.7919	0.1441	153	0.134	5678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7919-1.9722	0.144	142	0.1321	5703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9722-2.2575	0.1526	146	0.1287	5746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2575-2.8439	0.1625	153	0.1387	5789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8439-30.795	0.1531	155	0.1368	5998	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9408	-0.2695	0.3366	1.3336	-0.149	1.3903	0.0048	-0.0537	-0.052	0.0502	0.041	-0.0426	0.0172	-0.014	-0.0492	0.085	-0.0005	-0.0069	0.0888	0.0029	0.0972	24.8174	-67.6648	81.0984
2	1.2592	-1.3185	0.4982	4.5896	0.0719	2.0192	-0.0749	-0.0056	-0.0163	0.0304	0.0485	-0.0211	-0.1586	0.0582	0.0305	0.0439	-0.033	0.0102	0.0829	0.0017	0.0839	28.7887	-59.7744	77.6769
3	2.3112	0.6239	0.3597	2.3331	-0.5364	1.9054	0.0288	0.0447	-0.0067	-0.0063	0.0862	0.1979	-0.0908	-0.2831	-0.1012	0.074	0.0206	-0.02	0.102	0.004	0.0992	15.3814	-65.3418	71.8216
4	1.4823	-0.1896	1.0473	1.2583	-0.2776	1.8693	-0.1003	-0.0194	0.0777	-0.0717	0.0367	0.0759	-0.2957	-0.209	0.0349	0.1274	0.0291	-0.018	0.1028	-0.0037	0.0806	14.9269	-57.6377	67.7942
5	6.0275	0.6837	1.7132	1.1249	0.4328	2.0426	-0.1981	0.0434	0.1747	-0.1637	0.1308	-0.0314	-0.3494	-0.0193	0.06	0.1546	0.0071	0.0047	0.0585	-0.001	0.0795	24.0312	-54.7555	71.5109
6	2.6031	-0.0175	-0.1769	7.7113	-5.1966	3.6223	-0.1445	-0.7525	0.2323	1.2237	-0.0847	0.3873	-0.7881	-0.7606	0.1511	0.3245	0.0794	0.0226	0.3055	-0.0304	0.1768	13.3007	-56.7065	82.4682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 215 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 216 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'I' and (resid 1 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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