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万見
- PDB-6eat: Crystallographic structure of the cyclic nonapeptide derived from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eat
タイトルCrystallographic structure of the cyclic nonapeptide derived from the BTCI inhibitor bound to beta-trypsin in space group P 21 21 21.
要素
  • 9MER-PEPTIDE
  • Cationic trypsin
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Inhibitor Complex / BTCI / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Horsegram inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Vigna unguiculata (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.149 Å
データ登録者Fernandes, J.C. / Valadares, N.F. / Freitas, S.M. / Barbosa, J.A.R.G.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309054/2014-1 ブラジル
引用ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2019
タイトル: Crystallographic structure of a complex between trypsin and a nonapeptide derived from a Bowman-Birk inhibitor found in Vigna unguiculata seeds.
著者: Fernandes, J.P.C. / Mehdad, A. / Valadares, N.F. / Mourao, C.B.F. / Ventura, M.M. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
I: 9MER-PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,49415
ポリマ－24,3012
非ポリマー1,19313
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The assembly has been confirmed by enzymatic activity assays
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.834, 61.569, 67.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド 9MER-PEPTIDE


分子量: 977.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vigna unguiculata (マメ科) / 参照: UniProt: Q9S9E3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes sodium 1 M Monohydrate lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.20011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.20011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.149→29.917 Å / Num. obs: 83153 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 30.21
反射 シェル解像度: 1.149→1.19 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 6078 / CC1/2: 0.651 / % possible all: 69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RU4

3ru4


解像度: 1.149→29.917 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1545 2002 2.41 %
Rwork0.1439 --
obs0.1441 83128 93.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.149→29.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 61 369 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0241876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4532580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.59696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1493-1.17810.4808900.46063932X-RAY DIFFRACTION64
1.1781-1.20990.29541270.27275090X-RAY DIFFRACTION83
1.2099-1.24550.23261290.21935176X-RAY DIFFRACTION85
1.2455-1.28570.23451370.23095495X-RAY DIFFRACTION90
1.2857-1.33170.16611350.16225695X-RAY DIFFRACTION93
1.3317-1.3850.17761550.15536003X-RAY DIFFRACTION98
1.385-1.4480.15671470.14486113X-RAY DIFFRACTION99
1.448-1.52440.15791500.1416133X-RAY DIFFRACTION100
1.5244-1.61990.15181590.13666152X-RAY DIFFRACTION100
1.6199-1.74490.13721470.13646142X-RAY DIFFRACTION100
1.7449-1.92050.16031540.13256223X-RAY DIFFRACTION100
1.9205-2.19830.13451540.12826201X-RAY DIFFRACTION100
2.1983-2.76930.14931580.13196264X-RAY DIFFRACTION100
2.7693-29.92710.13671600.13396507X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7878-0.2751-0.30791.25390.15311.13760.0091-0.0380.03430.06770.03610.0571-0.01820.0039-0.0450.0938-0.00030.00690.09870.00140.10335.096667.6534148.2681
21.4056-1.6736-0.38595.18090.00721.6435-0.0764-0.00490.03660.0510.04980.03130.117-0.05080.0330.0407-0.0297-0.00940.0847-0.00190.08811.057859.8883144.7556
30.8516-0.1857-0.81031.38660.32031.8434-0.04280.0001-0.0205-0.05180.0346-0.07570.18070.1556-0.00540.09220.01490.01220.09950.00340.080414.892560.2557136.2183
46.75330.9678-1.9151.0508-0.45642.0603-0.17390.07-0.124-0.11790.12620.01770.28840.0130.04890.13740.0073-0.00390.05350.00170.07376.458554.752138.5186
58.4548-0.67282.0476.1045-4.01125.8413-0.0103-0.301-0.14060.2276-0.2477-0.3170.25780.77130.21860.13840.0379-0.00960.18830.01950.096416.736756.3181149.8307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 245 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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