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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ea8
タイトルStructure of VACV poxin in pre-reactive state with nonhydrolyzable 2'3' cGAMP
要素Protein B2
キーワードHYDROLASE / Vaccina virus / nuclease / cGAS / cGAMP / poxvirus / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host innate immune response / nuclease activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Nucleopolyhedrovirus p26 protein / Poxin, virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J2A / Chem-J2B / Poxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Eaglesham, J.B. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Viral and metazoan poxins are cGAMP-specific nucleases that restrict cGAS-STING signalling.
著者: Eaglesham, J.B. / Pan, Y. / Kupper, T.S. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein B2
B: Protein B2
C: Protein B2
D: Protein B2
E: Protein B2
F: Protein B2
G: Protein B2
H: Protein B2
I: Protein B2
J: Protein B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,57213
ポリマ－247,43210
非ポリマー2,1403
水2,810156
1
A: Protein B2
ヘテロ分子

C: Protein B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1933
ポリマ－49,4862
非ポリマー7071
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
B: Protein B2

E: Protein B2


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 49.5 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4862
ポリマ－49,4862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
3
D: Protein B2
G: Protein B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4862
ポリマ－49,4862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
4
F: Protein B2
J: Protein B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1933
ポリマ－49,4862
非ポリマー7071
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
5
H: Protein B2
ヘテロ分子

I: Protein B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2133
ポリマ－49,4862
非ポリマー7271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y+1/2,-z-11
Buried area1020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.428, 92.330, 257.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein B2


分子量: 24743.227 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR184, B2R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01225
#2: 化合物 ChemComp-J2A / (2S,5R,7R,8R,10R,12aR,14R,15R,15aS,16R)-7-(2-amino-6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-14-(6-amino-9H-purin-9-yl)-15,16-dihydroxy-2,10-disulfanyloctahydro-2H,10H,12H-5,8-methano-2lambda~5~,10lambda~5~-furo[3,2-l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecine-2,10-dione / nonhydrolyzable phosphorothioate analog of 2'3' cyclic GMP-AMP


分子量: 706.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O11P2S2
#3: 化合物 ChemComp-J2B / O-[(1R,2R,3R)-5-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-2-(2-amino-6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydro furan-3-yl]oxy}(sulfanyl)phosphoryl]oxy}-1-(6-amino-9H-purin-9-yl)-1,2-dihydroxypentan-3-yl] dihydrogen (R)-phosphorothioate / cleaved nonhydrolyzable phosphorothioate analog of 2'3' cyclic GMP-AMP


分子量: 726.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H28N10O12P2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaOAc pH 4.8, 10-11% PEG-20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.483 Å / Num. obs: 84690 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4369 / CC1/2: 0.348 / Rpim(I) all: 0.844 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→49.483 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1974 2.34 %10
Rwork0.2177 ---
obs0.2185 84267 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15319 0 136 156 15611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51321506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6159240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032715
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6003-2.66530.39081410.37185676X-RAY DIFFRACTION96
2.6653-2.73740.40151340.34125915X-RAY DIFFRACTION99
2.7374-2.81790.32131430.30995873X-RAY DIFFRACTION99
2.8179-2.90890.30061430.29485753X-RAY DIFFRACTION98
2.9089-3.01280.31331420.30355856X-RAY DIFFRACTION98
3.0128-3.13340.31591410.27515963X-RAY DIFFRACTION99
3.1334-3.2760.34591390.25415856X-RAY DIFFRACTION99
3.276-3.44870.27831420.23295915X-RAY DIFFRACTION99
3.4487-3.66470.23781380.22425929X-RAY DIFFRACTION99
3.6647-3.94760.23841470.21655909X-RAY DIFFRACTION99
3.9476-4.34460.23741330.19265775X-RAY DIFFRACTION97
4.3446-4.97280.21341450.15965966X-RAY DIFFRACTION99
4.9728-6.26320.22061480.19035946X-RAY DIFFRACTION99
6.2632-49.49150.21151380.18955961X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9786-1.10911.61492.53080.14114.71120.509-0.2185-0.499-0.2518-0.29860.01370.3346-0.5096-0.29810.5101-0.0259-0.00980.33940.03310.53027.8426-5.5469-19.8395
24.5256-0.23382.89283.9229-1.9316.55130.2938-0.7245-0.17970.1424-0.03820.09650.0315-0.695-0.140.50230.02290.01490.5305-0.03020.57313.982-1.0018-16.3431
33.52220.69341.72842.6734-0.80414.0777-0.1902-0.4020.8082-0.0679-0.01770.6203-0.5416-0.6820.08140.50740.15330.01060.4706-0.16630.7959-6.014315.3332-28.1116
45.6669-1.42610.97212.7645-0.37042.29160.0741-0.3623-0.17490.0850.29810.02540.2575-0.3654-0.39380.4764-0.0256-0.00720.5976-0.02980.5516-23.58824.948-42.5879
57.71581.3711.78911.96990.32772.66510.21160.5227-0.4621-0.144-0.01170.03550.3134-0.1018-0.12040.45270.0533-0.00990.4483-0.08090.5199-13.21683.2761-45.7746
64.99071.08311.46170.6412-0.63592.50680.41541.1872-0.56010.3828-0.3703-0.7360.40920.8539-0.1750.52080.15980.02920.7398-0.08670.817811.89556.1724-42.4464
75.07630.29140.3041.60490.37782.60020.41670.1807-0.40160.1168-0.2499-0.2090.51250.4131-0.30570.47140.0946-0.02630.4844-0.03530.62121.31014.3338-41.0613
85.6326-1.53310.9842.06810.34933.73460.54080.32840.33450.1488-0.2898-0.0126-0.1884-0.1139-0.58760.6418-0.01440.03350.5179-0.04040.66956.433858.0108-25.443
95.75631.33061.87692.08350.7574.02170.6538-0.0279-1.012-0.26630.10130.20190.9852-0.3325-0.50920.82940.0135-0.29160.4824-0.05980.949312.438544.8799-24.1274
100.9642-1.23331.07715.2066-0.01022.28330.00980.6706-1.5689-0.38260.03380.49121.6809-1.67860.09861.1255-0.1116-0.41980.8091-0.14091.29122.461642.347-28.8849
112.6738-1.00210.54542.4487-0.68531.47551.35920.5039-1.9202-0.3423-0.54270.35991.0842-0.04280.64740.97350.0981-0.33580.6319-0.25241.070910.382444.2589-30.0317
123.71720.39811.18771.27840.31932.73110.41770.4222-0.8791-0.0957-0.1698-0.36290.62780.6844-0.25680.71220.1766-0.13140.4875-0.13240.86825.888549.8441-25.2313
133.49162.73550.3391.9114-0.57181.93120.87711.5902-1.2440.5174-0.5429-1.12190.87471.4867-0.28840.74380.3043-0.15911.0347-0.11361.010542.04250.792-23.6916
144.06350.73810.81842.0277-0.09653.75450.79610.701-0.80220.0616-0.333-0.28160.87580.8309-0.36660.68310.2102-0.060.5305-0.06370.683831.390448.9685-22.1744
153.2986-0.84110.88242.5852-1.27593.7596-0.07670.9394-0.3255-0.15520.06340.23450.5684-0.27930.0150.5955-0.0933-0.06130.8956-0.10360.672924.48412.7174-64.5156
160.61661.7145-1.01464.4468-2.41037.71820.24120.6567-0.0219-0.02370.13550.5902-0.93870.2891-0.2520.49720.17920.03310.9637-0.02280.721516.886517.755-58.3194
174.1970.6765-0.94422.57310.13354.08060.0070.76880.1717-0.27720.03220.0707-0.1661-0.0026-0.04710.544-0.054-0.0440.941-0.00170.594425.859312.2359-66.2999
181.0312-0.62290.10980.23460.43472.4708-0.06831.12910.7903-0.72520.0576-0.4478-1.16870.6483-0.09391.247-0.16220.0751.56370.35331.008131.542423.7227-89.3638
190.6623-0.5068-0.79491.03190.27742.3449-0.01421.2020.7295-0.74780.1484-0.2406-0.6246-0.2513-0.07410.842-0.10050.04541.30070.18920.786627.498819.2847-83.7998
203.00891.0269-0.28833.0303-0.84243.7120.48061.2663-1.0337-0.4788-0.0931-0.16161.38930.2104-0.30881.02310.1767-0.281.0958-0.22030.9701-5.391746.7415-45.9483
214.70130.0708-0.13064.282-0.07476.60640.47890.6612-0.1327-0.4105-0.29770.1350.30420.2131-0.28650.78670.1973-0.10111.0167-0.09340.7167-5.502957.5574-44.3974
225.46120.56940.90430.55020.02270.57080.33261.3987-0.4097-0.8484-0.4299-0.16760.65380.24670.19861.09790.2334-0.02191.37690.00760.7653-3.020253.6328-55.9501
231.96380.3648-0.12930.855-1.4162.034-0.16141.05690.3219-0.642-0.1448-0.4041-0.12311.2889-0.03721.01170.19880.11541.91180.08140.830.839464.4702-69.3194
241.6363-0.3958-0.14624.0425-0.46790.75080.48570.54570.2644-0.9528-0.4692-0.8871-0.052-1.26980.25811.2655-0.022-0.09991.8710.35830.844914.101324.1314-102.7024
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512.58710.4116-1.04152.64671.06740.80050.1866-0.2743-0.29370.59160.0576-0.43820.72880.2305-0.13591.70750.0435-0.43871.6280.07510.9272-10.150821.0648-155.8906
523.55770.3263-1.67233.9147-0.76833.06680.15830.240.08220.5870.0136-0.11330.9355-0.3171-0.22481.5517-0.0623-0.33051.55570.14020.8057-15.244922.0096-153.0351
530.2210.09960.75040.3565-0.85020.90730.1767-0.6526-0.59440.97640.02340.49430.6857-0.8986-0.22062.4727-0.335-0.27951.82260.3721.0902-17.22399.3216-132.1905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 194 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 49 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 50 through 133 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 134 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 164 through 194 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 0 through 29 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 30 through 70 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 71 through 87 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 88 through 98 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 99 through 133 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 134 through 163 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 164 through 194 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 0 through 37 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 38 through 49 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 50 through 117 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 118 through 163 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 164 through 194 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 1 through 37 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 38 through 98 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 99 through 117 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 118 through 194 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 24 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 25 through 37 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 38 through 49 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 50 through 98 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 99 through 117 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 118 through 137 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 138 through 150 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 151 through 163 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 164 through 194 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 0 through 9 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 10 through 24 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 25 through 37 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 38 through 66 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 67 through 98 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 99 through 117 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 118 through 147 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 148 through 194 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'J' and (resid 1 through 37 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'J' and (resid 38 through 66 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'J' and (resid 67 through 124 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'J' and (resid 125 through 164 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'J' and (resid 165 through 194 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'C' and (resid 0 through 29 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'C' and (resid 30 through 70 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'C' and (resid 71 through 137 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'C' and (resid 138 through 163 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'C' and (resid 164 through 194 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'I' and (resid 1 through 59 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'I' and (resid 60 through 124 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'I' and (resid 125 through 194 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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