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- PDB-6ea4: ERAP2 bound to Aryl Sulfonamide Uncompetitive Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ea4
タイトルERAP2 bound to Aryl Sulfonamide Uncompetitive Inhibitor
要素Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Immunity / Aminopeptidase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / peptide catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptide binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / peptide catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptide binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / endopeptidase activity / adaptive immune response / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase ...Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chem-J2G / LYSINE / TRIETHYLENE GLYCOL / Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Maben, Z. / Stern, L.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI153828 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human ER aminopeptidase 1 bound to aryl sulfonamide inhibitor.
著者: Maben, Z. / Stern, L.J.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_name_com.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02022年6月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / cell / chem_comp / database_2 / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / symmetry
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _cell.volume ..._audit_author.identifier_ORCID / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id / _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_CC_star / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand geometry
詳細: An alternate conformation for the bound phenylsulfamoyl benzoic acid inhibitor was included at partial occupancy, with piperidine and trifluoromethylphenyl rings flipped.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,81231
ポリマ－210,2322
非ポリマー8,58029
水3,765209
1
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,96617
ポリマ－105,1161
非ポリマー4,85016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,84614
ポリマ－105,1161
非ポリマー3,73013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.233, 135.453, 127.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 54 through 134 or (resid 135...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 54 through 135 or (resid 136...
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2chain "G"
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3chain "F"
d_3ens_3chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROPHEA2 - 124
d_12ens_1GLYPHEA126 - 361
d_13ens_1ASPILEA363 - 427
d_14ens_1TYRASNA429 - 449
d_15ens_1VALTRPA454 - 497
d_16ens_1ALATHRA499 - 514
d_17ens_1ASNASPA518 - 533
d_18ens_1THRHISA538 - 628
d_19ens_1METALAA630 - 783
d_110ens_1ARGARGA785 - 815
d_111ens_1ILEARGA817 - 881
d_112ens_1ZNZNA
d_113ens_1MESMESA
d_114ens_1LYSLYSA4
d_115ens_1NAGNAGA
d_116ens_1NAGNAGA
d_117ens_1NAGNAGA
d_21ens_1PROPHEB1 - 123
d_22ens_1GLYPHEB125 - 360
d_23ens_1ASPILEB362 - 426
d_24ens_1TYRTRPB428 - 492
d_25ens_1ALAHISB494 - 616
d_26ens_1METALAB618 - 771
d_27ens_1ARGARGB773 - 803
d_28ens_1ILEARGB805 - 869
d_29ens_1ZNZNB
d_210ens_1MESMESB
d_211ens_1LYSLYSB4
d_212ens_1NAGNAGB
d_213ens_1NAGNAGB
d_214ens_1NAGNAGB
d_11ens_2NAGNAGC
d_12ens_2NAGNAGC
d_13ens_2BMABMAC
d_14ens_2MANMANC
d_15ens_2MANMANC
d_21ens_2NAGNAGD
d_22ens_2NAGNAGD
d_23ens_2BMABMAD
d_24ens_2MANMAND
d_25ens_2MANMAND
d_31ens_2NAGNAGE
d_32ens_2NAGNAGE
d_33ens_2BMABMAE
d_34ens_2MANMANE
d_35ens_2MANMANE
d_11ens_3NAGNAGF
d_12ens_3NAGNAGF
d_21ens_3NAGNAGG
d_22ens_3NAGNAGG
d_31ens_3NAGNAGH
d_32ens_3NAGNAGH

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 / Leukocyte-derived arginine aminopeptidase / L-RAP


分子量: 105116.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERAP2, LRAP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q6P179, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ

-
糖 , 4種, 14分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 224分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / Leukocyte-derived arginine aminopeptidase / L-RAP


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-J2G / 4-methoxy-3-{[2-(piperidin-1-yl)-4-(trifluoromethyl)phenyl]sulfamoyl}benzoic acid


分子量: 458.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H21F3N2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#11: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#12: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 61 mM MES, 39 mM imidazole, 20 mM sodium-L-glutamate, 20 mM D-L-alanine, 20 mM glycine, 20 mM D-L-lysine, 20 mM D-L-serine (Morpheus H2)
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月29日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→29.895 Å / Num. obs: 90906 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 54.25 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08731 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.451-2.583.81.0440.8135960.6871.3551.04499.7
2.58-2.743.80.6521.2128250.4350.8560.65299.6
2.74-2.933.80.3852120800.2550.5040.38599.9
2.93-3.163.80.2133.7112980.1420.280.213100
3.16-3.473.80.112795960.0760.1490.11292.3
3.47-3.873.80.05713.484760.0390.0770.05790.2
3.87-4.473.80.0381878300.0260.0520.03894.1
4.47-5.483.70.0332070020.0230.0450.03399.7
5.48-7.753.80.02922.454570.0210.0410.02999.8
7.75-29.8953.60.02129.227460.0160.0310.02190.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSMarch 30, 2013データ削減
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE6

3se6


解像度: 2.45→29.29 Å / SU ML: 0.3079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.8038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
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溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14209 0 560 209 14978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
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X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48720683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03962359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00312537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.76875691
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
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ens_3d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.476509092896
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 53:271 )A53 - 271
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15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 693:744 )B693 - 744
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 745:830 )B745 - 830
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 831:891 )B831 - 891
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 892:961 )B892 - 961
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 1004:1007 )B1004 - 1007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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