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- PDB-6e94: Crystal Structure of ZBTB38 C-terminal Zinc Fingers 6-9 K1055R in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+94
タイトルCrystal Structure of ZBTB38 C-terminal Zinc Fingers 6-9 K1055R in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*(DCM)P*GP*GP*(DCM)P*GP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*(DCM)P*GP*CP*(DCM)P*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 38
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ZBTB38 methylated DNA Zinc Finger / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-CpG binding / regulation of DNA replication / chromosome / blood microparticle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription ...methyl-CpG binding / regulation of DNA replication / chromosome / blood microparticle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 38
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.594 Å
データ登録者Hudson, N.O. / Whitby, F.G. / Buck-Koehntop, B.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1715379 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into methylated DNA recognition by the C-terminal zinc fingers of the DNA reader protein ZBTB38.
著者: Hudson, N.O. / Whitby, F.G. / Buck-Koehntop, B.A.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 38
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*(DCM)P*GP*CP*(DCM)P*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*(DCM)P*GP*GP*(DCM)P*GP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6167
ポリマ－25,3553
非ポリマー2624
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.804, 77.270, 103.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-130-

HOH

21D-138-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 38


分子量: 14263.491 Da / 分子数: 1 / 変異: K1055R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB38 / プラスミド: pET-21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8NAP3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*GP*(DCM)P*GP*CP*(DCM)P*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 5576.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*(DCM)P*GP*GP*(DCM)P*GP*CP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 5514.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.25M ammonium Chloride MES (pH:6.0) 19% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 277.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→38.8 Å / Num. obs: 37856 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.61 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.594→35.402 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 7161 9.98 %
Rwork0.1939 --
obs0.1963 37492 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.594→35.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 736 4 202 1877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0162549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.209909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5941-1.61230.40971490.38031321X-RAY DIFFRACTION61
1.6123-1.63120.32592410.31442188X-RAY DIFFRACTION99
1.6312-1.65110.28442370.25962165X-RAY DIFFRACTION99
1.6511-1.6720.27632430.25162182X-RAY DIFFRACTION99
1.672-1.6940.24462510.22992228X-RAY DIFFRACTION99
1.694-1.71720.28532400.24442169X-RAY DIFFRACTION100
1.7172-1.74180.28162400.24762197X-RAY DIFFRACTION99
1.7418-1.76780.2432430.20912160X-RAY DIFFRACTION100
1.7678-1.79540.21572490.20462225X-RAY DIFFRACTION99
1.7954-1.82480.20272410.21832175X-RAY DIFFRACTION100
1.8248-1.85630.22362370.20922203X-RAY DIFFRACTION100
1.8563-1.890.2692440.25412187X-RAY DIFFRACTION99
1.89-1.92640.32762270.32092089X-RAY DIFFRACTION94
1.9264-1.96570.26072490.23772160X-RAY DIFFRACTION98
1.9657-2.00840.24552460.21172172X-RAY DIFFRACTION100
2.0084-2.05520.25512400.21972208X-RAY DIFFRACTION100
2.0552-2.10650.29772260.24112086X-RAY DIFFRACTION94
2.1065-2.16350.25242430.19942200X-RAY DIFFRACTION100
2.1635-2.22710.2372470.19882161X-RAY DIFFRACTION100
2.2271-2.2990.27662280.22522118X-RAY DIFFRACTION96
2.299-2.38120.22822490.19052221X-RAY DIFFRACTION100
2.3812-2.47650.21172420.19322186X-RAY DIFFRACTION100
2.4765-2.58920.22852480.18812198X-RAY DIFFRACTION100
2.5892-2.72560.2182430.20282178X-RAY DIFFRACTION99
2.7256-2.89630.24552490.19742210X-RAY DIFFRACTION100
2.8963-3.11980.27822470.19782189X-RAY DIFFRACTION100
3.1198-3.43360.19842380.18372191X-RAY DIFFRACTION99
3.4336-3.92980.17142400.15952205X-RAY DIFFRACTION100
3.9298-4.9490.13982440.14052191X-RAY DIFFRACTION100
4.949-35.41070.15992400.13912210X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.6447 Å / Origin y: -20.0975 Å / Origin z: -14.0457 Å
111213212223313233
T0.1387 Å2-0.0295 Å20.0034 Å2-0.1381 Å20.0105 Å2--0.1397 Å2
L0.408 °2-0.0589 °20.4373 °2-0.3427 °20.1759 °2--0.8392 °2
S-0.0762 Å °0.0464 Å °0.0203 Å °-0.0232 Å °0.0024 Å °0.0075 Å °-0.0452 Å °0.1044 Å °-0.002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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