PDB-6e91: CA IX mimic Complexed with Steroidal Sulfamate Compound STX 2484

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+91

タイトル

CA IX mimic Complexed with Steroidal Sulfamate Compound STX 2484

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / Carbonic Anhydrase Steroid Sulfamate Cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Andring, J.T. / Mckenna, R.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: 3,17 beta-Bis-sulfamoyloxy-2-methoxyestra-1,3,5(10)-triene and Nonsteroidal Sulfamate Derivatives Inhibit Carbonic Anhydrase IX: Structure-Activity Optimization for Isoform Selectivity.
著者: Andring, J.T. / Dohle, W. / Tu, C. / Potter, B.V.L. / McKenna, R.

履歴

登録	2018年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e91.cif.gz	126.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e91.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8pC 6e8xC 6e92C 3ks3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jss-d 5ti0-d 4ruy-d 2h4n-d 6cjv-d 7k6k-d 3m1q-d 7joc-d 5llh-d 6oto-d 3ryz-d 5wlr-d 1xq0-d 3m1j-d 3t85-d 4q7p-d 4q7w-d 6t4p-d 5wlu-d 3t5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.487, 41.743, 72.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-J04 / 7-methoxy-6-(sulfamoyloxy)-2-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)methyl]isoquinolin-2-ium 分子量: 435.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₂O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6M NaCitrate 50mM Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 31904 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.926 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	6.1	0.579	1080	0.814	0.25	0.632	0.885	94.7
1.83-1.86	6.2	0.478	1121	0.873	0.205	0.521	0.878	96
1.86-1.9	6.2	0.409	1093	0.915	0.176	0.446	0.903	96.2
1.9-1.94	6.2	0.351	1097	0.931	0.151	0.382	0.919	95.2
1.94-1.98	6.1	0.289	1126	0.951	0.124	0.315	0.962	98
1.98-2.03	6.2	0.258	1089	0.957	0.111	0.281	0.934	95.4
2.03-2.08	6.2	0.231	1153	0.963	0.099	0.252	0.95	98.5
2.08-2.13	6.2	0.185	1094	0.979	0.079	0.201	0.935	95.7
2.13-2.2	6.2	0.17	1145	0.981	0.073	0.186	0.952	98.8
2.2-2.27	6.2	0.15	1109	0.984	0.064	0.163	0.951	97.1
2.27-2.35	6.2	0.133	1128	0.988	0.057	0.144	0.919	97.7
2.35-2.44	6.2	0.128	1139	0.987	0.055	0.139	0.974	98.9
2.44-2.55	6.2	0.113	1129	0.991	0.048	0.123	0.95	98.2
2.55-2.69	6.2	0.102	1153	0.993	0.044	0.111	0.918	98.4
2.69-2.86	6.2	0.083	1141	0.995	0.036	0.09	0.913	99.1
2.86-3.07	6.3	0.071	1151	0.996	0.03	0.077	0.898	99.3
3.07-3.38	6.3	0.058	1164	0.996	0.025	0.064	0.887	99.6
3.38-3.87	6.2	0.051	1177	0.997	0.022	0.056	0.904	99.7
3.87-4.86	6.2	0.047	1172	0.998	0.02	0.051	0.915	100
4.86-20	6	0.048	1221	0.995	0.021	0.053	0.965	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10pre_2097	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ks3

3ks3

解像度: 1.8→18.911 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	1593	4.99 %
R_work	0.1402	-	-
obs	0.1419	31904	70.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.5 Å² / B_iso mean: 24.1425 Å² / B_iso min: 6.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→18.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	31	115	2188
B_iso mean	-	-	23.66	33.67	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.426	3027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.629	2237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7988-1.8568	0.2846	98	0.1921	1859	1957	47
1.8568-1.9231	0.2144	105	0.1794	1887	1992	49
1.9231-2	0.1985	104	0.1655	1944	2048	50
2-2.0909	0.1932	103	0.1601	1950	2053	51
2.0909-2.201	0.1953	102	0.1601	2111	2213	54
2.201-2.3387	0.1814	136	0.1506	2511	2647	65
2.3387-2.5189	0.2012	152	0.1518	3009	3161	77
2.5189-2.7716	0.2146	177	0.1626	3494	3671	90
2.7716-3.1711	0.1771	211	0.1596	3803	4014	99
3.1711-3.989	0.1547	203	0.1205	3864	4067	99
3.989-18.9123	0.1395	202	0.112	3879	4081	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.202 Å / Origin y: -1.4373 Å / Origin z: 16.1303 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0769 Å²	-0.0014 Å²	0.0013 Å²	-	0.073 Å²	0.0009 Å²	-	-	0.0821 Å²
L	0.7559 °²	-0.0048 °²	-0.0071 °²	-	0.615 °²	-0.0161 °²	-	-	0.7682 °²
S	-0.0115 Å °	-0.0103 Å °	0.0247 Å °	-0.0263 Å °	0.0179 Å °	-0.0091 Å °	0.0176 Å °	0.0025 Å °	0.0165 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	133
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)