PDB-6e8m: Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327) bound to the human DnaJ-A1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8m

タイトル

Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327) bound to the human DnaJ-A1 pTyr381 peptide

要素

DnaJ-A1 pTyr381 peptide
LeSH (Llo2327)

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Src homology 2 domain

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein transport / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / C3HC4-type RING finger domain binding / negative regulation of JUN kinase activity / flagellated sperm motility / Tat protein binding / protein localization to mitochondrion / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / low-density lipoprotein particle receptor binding / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella longbeachae serogroup 1

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Kaneko, T. / Li, S.S.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Identification and characterization of a large family of superbinding bacterial SH2 domains.
著者: Kaneko, T. / Stogios, P.J. / Ruan, X. / Voss, C. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Chung, A. / Liu, X. / Li, L. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. / Li, S.S.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8m.cif.gz	100.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8m.ent.gz	63.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8hSC 6e8iC 6e8kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e8i-d 6n6k-2 6e8h-d 6e8k-d 4zo0-2 6n6i-2 5kwq-1 6n6j-2 2m8t-d 5kwq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LeSH (Llo2327)

B: DnaJ-A1 pTyr381 peptide

21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.900, 64.710, 67.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	LeSH (Llo2327) 分子量: 19771.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella longbeachae serogroup 1 (strain NSW150) (バクテリア) 株: NSW150 / 遺伝子: LLO_2327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3HJY4
#2: タンパク質・ペプチド	DnaJ-A1 pTyr381 peptide / DnaJ homolog subfamily A member 1 / DnaJ protein homolog 2 / HSDJ / Heat shock 40 kDa protein 4 / ...DnaJ homolog subfamily A member 1 / DnaJ protein homolog 2 / HSDJ / Heat shock 40 kDa protein 4 / Heat shock protein J2 / HSJ-2 / Human DnaJ protein 2 / hDj-2 分子量: 1698.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31689
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG3000, malic acid, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 114 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→33.92 Å / Num. obs: 22071 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 22.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 3192 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6E8H

6e8h

解像度: 1.61→24.21 Å / SU ML: 0.1863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8337

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	2092	5.08 %
R_work	0.1986	-	-
obs	0.1992	41196	91.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→24.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1323	0	0	146	1469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	1354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8425	1821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	197
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	227
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.3918	831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.65	0.3307	156	0.2887	2747	X-RAY DIFFRACTION	96.22
1.65-1.69	0.2735	148	0.2444	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.3046	168	0.2518	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.78	0.2342	147	0.223	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.84	0.2137	147	0.2059	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.91	0.2475	134	0.2315	2152	X-RAY DIFFRACTION	76.15
1.91-1.98	0.3828	101	0.2644	1487	X-RAY DIFFRACTION	53.22
1.98-2.07	0.2032	156	0.198	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.18	0.2096	94	0.1825	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.32	0.2244	104	0.2373	2336	X-RAY DIFFRACTION	81.25
2.32-2.5	0.1952	161	0.2063	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.75	0.2079	170	0.2003	2608	X-RAY DIFFRACTION	91.83
2.75-3.15	0.2373	158	0.1983	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.96	0.1654	142	0.1775	2534	X-RAY DIFFRACTION	88.76
3.96-24.22	0.1782	106	0.1722	2848	X-RAY DIFFRACTION	98.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.04654650918	1.04142645049	-1.35882618191	2.89793395203	0.982847994669	3.03908634352	0.0124891499677	-0.111351270375	0.300067585806	0.0183978389287	-0.0276156972763	0.00175145240687	-0.518864907756	-0.133910477564	-0.118288016696	0.201806823829	-0.000683957884073	0.0170905406021	0.170241807589	-0.0353193313617	0.195501810756	8.98570549624	39.6982492911	13.720770055
2	6.23008938616	-0.152557708607	2.23947464387	3.31268542058	0.305667133251	7.2753705708	0.137317147023	-0.730652203468	0.0724856626619	0.432963870586	-0.0357955028412	0.104893161087	0.198707767576	-0.468555839079	-0.040859893065	0.255125936686	-0.038061802045	-0.0102032372846	0.215836430137	-0.00454537052611	0.143007034141	2.16707064795	30.6727436315	22.6846570834
3	3.78841584169	0.126846979688	-0.779829678737	2.9117260854	0.62005654665	3.12818198497	0.028372144994	0.0361321786848	0.154244150685	0.0880262690583	0.0562081380629	0.131724065459	0.127086579721	-0.131588574438	-0.0302801495272	0.0989826033527	-0.00151871889922	-0.0101208151539	0.0960619339184	0.00399881940318	0.0814257121069	4.04771905349	28.6963099071	13.0728059377
4	2.5816129078	0.353628914933	-1.18239861049	2.3463616545	0.254441249342	3.15031454871	-0.0691388594411	0.0955958042412	-0.0347880899157	-0.0655795024277	0.070470060249	0.116626370426	0.25418445556	-0.0763533825294	0.0280684153326	0.137124587209	-0.00507209974294	-0.0198342807879	0.115837837299	-0.00189171882749	0.137627665572	6.70898372013	24.287394483	8.5733320889
5	1.43329131798	-0.440596791917	1.19343797075	8.11627111216	-6.06917802728	6.77107480918	0.078045727632	-0.768995308312	-0.685852980074	1.06366005736	0.273364342276	0.600120693959	0.156775886641	-0.120551608098	-0.664439444419	0.461556212557	0.0630988070686	0.092136839311	0.438267325739	0.124821529897	0.421529380427	13.3602688553	9.72628816585	15.32329943
6	2.9009320655	-1.47628258173	1.42205482442	2.9940994168	-3.71932674219	5.77248855709	-0.0182763865751	-0.139846379432	-0.149345457254	0.115001152337	-0.114517617103	-0.731117200945	0.0544429502782	0.116099130394	0.0847106187561	0.212506030338	0.0379248444856	0.0360262910078	0.24969463387	-0.0393772500061	0.205839668017	21.0789766016	16.7384778401	6.27888554633
7	0.148500123229	0.00762874299075	0.202201899152	0.0840236013358	0.140963941749	0.458676500272	-0.338068676087	0.480141502965	0.718832518195	-1.0677052883	0.643097859943	-1.19043207003	-1.7948257107	1.55678995779	-0.579821941292	0.7845565657	-0.0197951399967	0.0467320094867	0.88580643416	-0.156929031134	0.62997168563	15.9954021833	41.1446155993	-1.87956895313
8	2.45637383526	0.7891758285	-0.586823906793	4.96890230602	2.77320263022	5.89681294171	0.0742838833819	0.272310237339	0.195739665192	-0.164815407544	0.22048167359	-0.100707526966	-0.356255494721	0.0226175141206	-0.273941593818	0.179683719201	0.0443214812667	-0.00359045185013	0.176761429851	0.0514003552669	0.190301125422	6.36349122224	36.3761671802	6.2672226582
9	1.99992644658	1.99966912459	-7.31318056224	1.99990333705	2.00018683085	2.00017402001	-0.786623387504	-0.721811126357	-0.874411602035	2.28500302274	1.26527914686	2.04039548921	-0.291590359182	-0.107225750338	-0.515567616111	0.603923037847	-0.079891760372	-0.152149384803	0.495725418722	0.45132555971	0.369578762019	7.8373263083	18.7616031508	15.868284444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 82 through 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 95 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 131 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 132 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 380 through 380 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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