PDB-6e8k: Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327) bound to the human interleu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8k

タイトル

Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327) bound to the human interleukin-2 receptor beta pTyr387 peptide

要素

LeSH (Llo2327)
interleukin-2 receptor beta pTyr387 peptide

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Src homology 2 domain

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / immunoglobulin mediated immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella longbeachae serogroup 1

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Kaneko, T. / Li, S.S.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Identification and characterization of a large family of superbinding bacterial SH2 domains.
著者: Kaneko, T. / Stogios, P.J. / Ruan, X. / Voss, C. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Chung, A. / Liu, X. / Li, L. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. / Li, S.S.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8k.cif.gz	101 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8k.ent.gz	63.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8hSC 6e8iC 6e8mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e8i-d 2oxg-2 6e8h-d 2wdu-2 6e8m-d 3qaw-d 2wwk-d 6bn0-1 6knw-d 6y2h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2)

登録構造単位

A: LeSH (Llo2327)

B: interleukin-2 receptor beta pTyr387 peptide

21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.450, 64.240, 67.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	LeSH (Llo2327) 分子量: 19771.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella longbeachae serogroup 1 (strain NSW150) (バクテリア) 株: NSW150 / 遺伝子: LLO_2327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3HJY4
#2: タンパク質・ペプチド	interleukin-2 receptor beta pTyr387 peptide / Interleukin-2 receptor subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta / ...Interleukin-2 receptor subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta / Interleukin-15 receptor subunit beta / p70-75 / p75 分子量: 1720.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14784
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG3000, sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 114 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34.7 Å / Num. obs: 19223 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2448 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6E8H

6e8h

解像度: 1.71→25.92 Å / SU ML: 0.2141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7717

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	1757	5.02 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1894	34992	94.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→25.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1331	0	0	148	1479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8118	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0586	198
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.1459	838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.76	0.3841	128	0.3257	2373	X-RAY DIFFRACTION	86.9
1.76-1.81	0.3104	119	0.2694	2453	X-RAY DIFFRACTION	91.01
1.81-1.86	0.2607	141	0.2646	2450	X-RAY DIFFRACTION	91.68
1.86-1.93	0.2416	149	0.2276	2473	X-RAY DIFFRACTION	91.84
1.93-2.01	0.2329	151	0.2024	2475	X-RAY DIFFRACTION	93.05
2.01-2.1	0.2275	118	0.1886	2543	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1-2.21	0.2454	113	0.1902	2559	X-RAY DIFFRACTION	94.79
2.21-2.35	0.1915	110	0.1999	2612	X-RAY DIFFRACTION	96.29
2.35-2.53	0.2594	172	0.1975	2621	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.53-2.79	0.2053	168	0.1934	2616	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.79-3.19	0.2466	131	0.1911	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.19-4.01	0.1524	161	0.1565	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-25.92	0.1919	96	0.1734	2681	X-RAY DIFFRACTION	98.23

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.65284061678	0.757541069719	-0.724233069607	3.06372433788	0.294910429681	2.9932646531	0.0505456822945	-0.0872373880632	0.10342667611	0.106778460108	-0.00579638570111	0.111429848974	0.00912012407273	-0.00894802644292	-0.0301939084931	0.127952300459	0.013263202232	-0.0190933154788	0.113569818885	-0.00776768390177	0.126534477378	5.47311281477	28.7629738617	12.6686208641
2	1.0176234661	1.70519936872	-0.450607225	7.19796565286	-5.20198001965	6.7809100207	0.318263222025	-0.762277253827	-0.259339160292	1.46320080738	0.240806649168	1.07665503372	-0.601063593625	-0.153130163342	-0.599177198703	0.446621413192	0.0673950871848	0.132624249268	0.458905495175	0.104179154578	0.435127987192	13.4151226554	9.63139560368	15.3751757237
3	3.32430465381	0.397138717182	0.110962104836	8.11559451893	-6.15861406223	7.08018355318	-0.063165017086	-0.128847303274	-0.235470507375	0.275978789021	-0.149392687927	-0.913042815706	-0.175448573624	0.162520879462	0.188894807469	0.159193857183	0.048353063807	0.0240504873231	0.24397706335	-0.034263925892	0.222895593403	20.8965288979	15.9908451028	6.48600708788
4	0.484818900698	0.119444244656	0.201264607164	0.856233356506	0.526877520566	1.12672032141	0.376116987168	1.37515533748	1.17119982974	-0.460615135301	-0.825006633983	-0.763616422681	-0.909091353692	1.43563686822	0.363474432016	0.991878283469	-0.0477191877783	0.386949877253	1.25173007088	0.194173376699	0.787452683929	17.7898910391	40.6379064292	-3.95680556369
5	1.85402724502	0.864778899894	-0.759295998199	6.47607270897	3.48801228786	7.46993918981	0.0401479668328	0.20557398512	0.265096283771	-0.187855560833	0.268248895178	-0.166025305658	-0.516969400022	0.127739200531	-0.224862996838	0.189680252234	0.0450476923991	-0.0199573051784	0.169131741698	0.0325069883788	0.219171527266	6.48213809444	36.3549062107	5.89874694509
6	3.90475690401	3.10169439383	1.57196443848	3.14022130931	1.79548896045	3.0465514121	-0.63254485287	-0.79955159461	-1.60307605409	1.55636992631	0.874054383858	0.0125420886178	1.50733123532	0.268284177226	-0.166956149198	0.504762362479	0.114789456724	0.101182976575	0.296983622566	0.0478938337125	0.486887898332	10.8857513393	20.002291377	14.0632146575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 167 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 386 through 388 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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