PDB-6e8h: Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e8h

タイトル

Legionella Longbeachae LeSH (Llo2327)

要素

LeSH (Llo2327)

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Src homology 2 domain

機能・相同性

SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / SH2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella longbeachae serogroup 1

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Kaneko, T. / Li, S.S.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Identification and characterization of a large family of superbinding bacterial SH2 domains.
著者: Kaneko, T. / Stogios, P.J. / Ruan, X. / Voss, C. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Chung, A. / Liu, X. / Li, L. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. / Li, S.S.

履歴

登録	2018年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e8h.cif.gz	100.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e8h.ent.gz	63.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e8h_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e8h_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	6e8h_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	6e8h_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8iC 6e8kC 6e8mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e8i-d 6bn0-1 4zo0-2 6bn0-2 6e8k-d 2oxg-2 6e8m-d 2m8t-d 2wdu-2 3fsh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LeSH (Llo2327)

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.260, 66.510, 68.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	LeSH (Llo2327) 分子量: 19771.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella longbeachae serogroup 1 (strain NSW150) (バクテリア) 株: NSW150 / 遺伝子: LLO_2327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3HJY4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Tris, PEG3000, sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 114 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→19.63 Å / Num. obs: 22693 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 55.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 68.2
反射シェル	解像度: 1.66→1.76 Å / 冗長度: 50.5 % / R_merge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 16.9 / Num. unique obs: 2832 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.68→19.63 Å / SU ML: 0.1958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0777

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	2157	5.11 %
R_work	0.2119	-	-
obs	0.2137	42244	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→19.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1310	0	1	243	1554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	1341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8005	1803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0592	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	227
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.61	827

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.71	0.2784	135	0.2618	2549	X-RAY DIFFRACTION	95.24
1.71-1.76	0.2824	146	0.2492	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.2357	158	0.2462	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.86	0.3032	139	0.2357	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.86-1.92	0.2667	162	0.2383	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.92-1.99	0.2864	157	0.2375	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.99-2.07	0.2287	159	0.212	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.07-2.16	0.2619	142	0.2129	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.16-2.27	0.2593	114	0.2054	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.27-2.42	0.2893	113	0.22	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.42-2.6	0.2738	170	0.23	2652	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.6-2.86	0.2653	169	0.2243	2647	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.86-3.28	0.2774	146	0.2105	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.28-4.12	0.1772	149	0.1935	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.12-19.63	0.2535	98	0.1901	2687	X-RAY DIFFRACTION	97.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.76407907338	0.787829058648	-0.0720238565474	4.11766332284	-2.35564767004	5.01898856637	0.329008321499	-0.268737053343	0.0815722886626	-0.0951466737278	-0.30573151849	0.0279735116813	0.189047641057	0.203228089777	0.0297479345071	0.267569793646	-0.0254178663298	0.0159088928271	0.159464505543	-0.0232317683491	0.103935582155	26.4649093986	36.8452625944	17.7774383612
2	2.9027819114	1.84694350994	-2.25148611032	2.02844382171	-1.04565119461	3.993062738	-0.0476676240012	-0.0750348976111	-0.158275747872	-0.0283146774216	-0.0451085739102	-0.13532355483	0.014632850191	0.171756930301	0.0224157676195	0.214739802639	0.0333263870832	0.00686879915397	0.122283387842	-0.00356260860872	0.15356447601	26.5917767954	27.0333084798	10.6991309506
3	0.509602959202	-1.0054183168	1.16348213189	7.21886262932	-3.43486076383	3.34101315149	-0.0380727536096	-0.289523083373	-0.11943751863	0.873320586211	0.273803692757	0.225409282125	-0.268854260083	-0.107599545594	-0.188237731135	0.304850303347	0.0252847364425	0.0555473430214	0.349302474957	-0.0274392088777	0.314033935821	39.3546176875	15.4936435392	8.59875810363
4	2.00862725018	-0.664702032087	-0.20029616265	2.47588102083	0.791958316466	3.12795196052	0.0862658335049	0.166963003981	0.136743311731	-0.328093508387	0.0524534637347	-0.08248760304	-0.288467172918	0.193581504639	-0.113377009525	0.308638981226	0.00401489843425	0.0163942975143	0.155025700506	0.0150884328371	0.141865527879	28.902165672	37.9282493383	4.31627180639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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