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- PDB-6e8e: Crystal structure of the Escherichia coli sliding clamp-MutL complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8e
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli sliding clamp-MutL complex.
要素(Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / mismatched DNA binding / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis ...mismatch repair complex / Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / mismatched DNA binding / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site ...DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MutL / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Guarne, A. / Almawi, A.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Binding of the regulatory domain of MutL to the sliding beta-clamp is species specific.
著者: Almawi, A.W. / Scotland, M.K. / Randall, J.R. / Liu, L. / Martin, H.K. / Sacre, L. / Shen, Y. / Pillon, M.C. / Simmons, L.A. / Sutton, M.D. / Guarne, A.
履歴
登録2018年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年10月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL
B: Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,21513
ポリマ－114,1822
非ポリマー1,03311
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.390, 103.210, 141.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit


分子量: 57098.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: K12, E24377A / ETEC / 遺伝子: dnaN, b3701, JW3678, mutL, EcE24377A_4728 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A988, UniProt: A7ZV39
#2: タンパク質 Beta sliding clamp,DNA mismatch repair protein MutL / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit


分子量: 57082.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: K12, E24377A / ETEC / 遺伝子: dnaN, b3701, JW3678, mutL, EcE24377A_4728 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A988, UniProt: A7ZV39
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→46.83 Å / Num. obs: 53370 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / Num. unique all: 4976 / CC1/2: 0.356

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X9Z, 1PLQ

1x9z

1plq


解像度: 2.25→46.83 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1586 2.97 %
Rwork0.19 --
obs0.191 53370 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6939 0 61 191 7191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9599669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8322610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.32260.42391100.38013600X-RAY DIFFRACTION75
2.3226-2.40560.28321480.24434798X-RAY DIFFRACTION100
2.4056-2.50190.25831460.22444785X-RAY DIFFRACTION100
2.5019-2.61580.26421470.21784805X-RAY DIFFRACTION99
2.6158-2.75370.26761470.22074781X-RAY DIFFRACTION99
2.7537-2.92620.23111460.21094799X-RAY DIFFRACTION99
2.9262-3.15210.28111480.20594818X-RAY DIFFRACTION99
3.1521-3.46920.22361470.19574796X-RAY DIFFRACTION99
3.4692-3.9710.21731460.18044798X-RAY DIFFRACTION98
3.971-5.00210.16681490.14424846X-RAY DIFFRACTION98
5.0021-46.83970.21051520.17684958X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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