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- PDB-6e8c: Crystal structure of the double homeodomain of DUX4 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8c
タイトルCrystal structure of the double homeodomain of DUX4 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
  • Double homeobox protein 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Transcription Factor / Double Homeodomain / TRANSCRIPTION-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation ...negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix motif / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Double homeobox protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Lee, J.K. / Bosnakovski, D. / Toso, E.A. / Dinh, T. / Banerjee, S. / Bohl, T.E. / Shi, K. / Kurahashi, K. / Kyba, M. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR055685 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Double Homeodomain of DUX4 in Complex with DNA.
著者: Lee, J.K. / Bosnakovski, D. / Toso, E.A. / Dinh, T. / Banerjee, S. / Bohl, T.E. / Shi, K. / Orellana, K. / Kyba, M. / Aihara, H.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double homeobox protein 4
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0333
ポリマ－27,0333
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Tetramer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.190, 73.140, 108.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Double homeobox protein 4 / Double homeobox protein 10


分子量: 16620.936 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox 1 and 2, residues 16-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4, DUX10 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBX2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5179.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5232.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350 0.1M Bis-TRIS pH 6.5 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9668 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9668 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→54.18 Å / Num. obs: 15112 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 49.43 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.37 / CC1/2: 0.851 / % possible all: 83

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LNQ

3lnq


解像度: 2.12→45.024 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 757 5.02 %
Rwork0.1981 --
obs0.201 15076 97.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→45.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1121 691 0 48 1860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1162736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7081045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1202-2.28390.40881610.32542604X-RAY DIFFRACTION90
2.2839-2.51370.2931320.25782893X-RAY DIFFRACTION99
2.5137-2.87740.30021500.26582912X-RAY DIFFRACTION99
2.8774-3.6250.26821610.2242863X-RAY DIFFRACTION98
3.625-45.03440.20341530.15323047X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.82556.1832-1.9348.6056-4.386.30590.044-0.61263.36320.837-0.22610.2826-2.81232.65050.5171.346-0.5005-0.15031.5762-0.18020.920189.400130.434521.0039
26.38865.3201-7.01119.6934-7.75088.57650.61950.04580.096-0.3563-0.34090.4314-0.19890.410.03090.8331-0.0329-0.03430.6667-0.07530.60880.26720.654625.2393
39.7576-6.9465-3.46237.28554.5153.1526-0.5794-0.40350.23170.01610.71040.1881.0858-0.5747-0.21070.52880.06710.05710.61160.03890.445173.07958.225528.3567
47.27691.8934-7.26413.98050.61059.0775-0.7168-2.1002-1.16661.35440.8798-0.38881.91211.58970.26190.93110.15930.16950.84350.1090.295875.2862.818923.977
53.7784-2.07193.6652.134-2.09683.79780.5991-0.1944-0.476-0.19660.06670.97970.3733-1.5244-1.16271.12360.01230.20330.63170.06420.645775.6871-0.630118.3286
69.1788-2.9007-0.92033.78680.89415.47410.06790.3238-0.8459-0.6562-0.31180.25050.8048-0.27380.31350.7455-0.05650.07490.5407-0.00220.501577.29883.70911.5387
79.81321.0431.78452.5862-2.07152.7319-0.34080.97060.2772-0.82650.44610.39890.7726-0.9857-0.03080.5965-0.15510.02620.69790.04890.529169.28278.869215.8195
85.0514.2591-5.60637.519-3.11926.90250.5789-1.07360.58080.22520.88490.87420.0810.3689-1.10070.49060.06680.06820.66270.00210.550271.843414.422917.9415
98.6254-4.1094-0.36249.9303-0.09146.98680.6160.23780.1219-0.2692-0.9084-0.44821.17980.49340.34220.59380.02450.05810.59580.0390.409582.51148.908418.9226
106.74051.65571.03924.72283.72272.9480.21640.4431-0.23541.1106-0.2255-0.04871.73210.99970.09380.9530.50780.12860.94430.2710.902291.94630.525822.4709
118.0717-0.10083.0093.48482.93943.72010.5717-1.39380.08740.21-0.1192-1.53042.99321.7497-0.30691.41290.51070.23261.18120.18740.998395.7107-2.501124.075
124.8006-4.26421.90414.60230.899.01130.0430.2332-0.6842-1.04940.2082-0.31130.50080.8734-0.24811.28960.14690.08740.88670.04320.69388.5104-4.380115.3808
138.5096-1.92911.891.12180.71462.37980.78650.5653-1.5673-2.7347-0.4674-1.2041.80571.3699-0.33641.67320.24980.12630.6863-0.09350.876478.88530.72746.4025
147.4862-0.9166-0.7927.9001-5.76784.7173-0.71360.6012-0.00260.27670.3776-0.09030.1771-1.63860.34450.6525-0.0783-0.11960.6495-0.06990.456376.455919.02920.5505
152.85452.48953.04862.79761.25247.0934-0.194-0.46190.28880.19450.03440.7329-1.7791-0.32860.20990.70750.0648-0.00790.58340.10970.545382.20433.02562.5962
163.09411.574-2.95134.4597-4.41985.2841-0.04641.11141.85680.9511.542-1.2371-1.81920.6687-1.48621.2245-0.2052-0.09570.7571-0.0660.875290.148834.79119.0867
175.14864.1508-5.59793.6703-3.98256.93420.2584-1.36411.20541.75620.49290.0055-2.07540.7689-0.53241.01070.1285-0.03180.6085-0.06210.682183.623129.397815.6063
185.07772.56235.17292.41943.28766.2061-1.0535-1.82822.330.9853-0.1868-0.1128-3.5637-1.54631.05321.36830.33410.09470.77290.00020.785875.013632.464711.6566
195.8291-2.49371.53015.8369-5.62415.6709-0.6744-0.9912-0.58621.69791.24660.6318-0.4739-0.681-0.54190.58710.07770.10570.49610.08230.611175.550325.40098.6863
205.77650.1773.14356.9070.39844.07130.4196-0.09350.61850.1892-0.3035-0.88850.12930.61890.03790.56290.06520.00050.51950.04190.465387.715124.08736.156
218.51627.15965.61089.1946.03444.23092.0167-1.1135-0.84081.6883-0.3968-1.04541.73020.4959-1.53520.83650.0355-0.17280.8728-0.01030.63787.921614.364532.3947
224.2903-4.5441-4.76867.07244.35695.41790.50310.2280.5259-0.0995-0.5193-1.0445-0.670.73620.01570.47490.00260.00960.65030.1130.544688.988819.512917.0492
238.0895-1.86654.59155.4056-0.59898.2450.32570.1693-0.581-1.0417-0.1355-0.56820.6961.0204-0.31470.6640.12380.16770.81770.09770.601993.702412.08373.9179
246.1435.8667-0.08016.8665-3.65379.906-0.22350.4994-0.1752-0.97180.4589-0.2251.5874-0.0882-0.32560.7083-0.00710.01520.6577-0.06020.512380.960514.0992-6.85
257.58381.99642.32447.98815.85437.596-0.06480.86560.418-0.01620.9488-0.7620.57691.525-0.8070.68930.00930.02460.80470.02560.573188.377718.4494-8.6928
264.7976-0.10341.80397.0871-2.7576.13640.0841-0.374-0.3288-0.3636-0.4498-0.4361.32210.8750.47970.61730.13510.10820.55380.03270.465584.316713.74975.2286
275.1206-1.0105-0.34526.85274.58533.06780.2246-0.5227-0.1385-0.1830.0295-1.13740.53221.1363-0.23510.61450.0442-0.02180.99030.18110.634494.225913.164718.779
286.8417-2.1636-0.50464.8130.43632.1137-0.6970.03030.42720.70130.567-0.1878-0.50360.1584-0.07140.9487-0.07940.0670.8803-0.03860.631884.803721.577231.7807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 16:19)
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21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 1:5)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 6:9)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 10:13)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 14:17)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 1:4)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 5:8)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 9:13)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 14:17)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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