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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e7x | |||||||||
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タイトル | Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 | |||||||||
![]() | (Glutamate receptor ionotropic, NMDA ...) x 2 | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / NMDA Receptor / Ion channel / Allosteric modulation / Extracellular domain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / sensory organ development / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / response to hydrogen sulfide ...neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / sensory organ development / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / response to hydrogen sulfide / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / regulation of protein kinase A signaling / dendritic branch / response to other organism / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / apical dendrite / regulation of ARF protein signal transduction / fear response / response to methylmercury / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cellular response to dsRNA / response to carbohydrate / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / interleukin-1 receptor binding / cellular response to lipid / NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of glutamate secretion / response to growth hormone / Synaptic adhesion-like molecules / NMDA selective glutamate receptor complex / RAF/MAP kinase cascade / parallel fiber to Purkinje cell synapse / response to manganese ion / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / protein heterotetramerization / glycine binding / response to zinc ion / heterocyclic compound binding / receptor clustering / suckling behavior / startle response / behavioral response to pain / response to amine / small molecule binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / action potential / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / associative learning / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of MAPK cascade / response to magnesium ion / cellular response to organic cyclic compound / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / behavioral fear response / neuron development / regulation of postsynaptic membrane potential / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / postsynaptic density, intracellular component / cellular response to manganese ion / glutamate receptor binding / multicellular organismal response to stress / D2 dopamine receptor binding / long-term memory / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / monoatomic cation channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / synaptic cleft / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / cellular response to forskolin / cell adhesion molecule binding / : / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / response to amphetamine / ionotropic glutamate receptor binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cellular response to amino acid stimulus / protein tyrosine kinase binding / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / learning / response to cocaine / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to cytokine / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / long-term synaptic potentiation / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / response to nicotine 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Regan, M.C. / Furukawa, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural elements of a pH-sensitive inhibitor binding site in NMDA receptors 著者: Regan, M.C. / Furukawa, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 578.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 474.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-Glutamate receptor ionotropic, NMDA ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 43162.270 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular residues 23-407 / 変異: N61Q, N371Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: grin1 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 41280.820 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular residues 32-394 / 変異: N348D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 7分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 254分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/T97.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/T97.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.72 % / 解説: Plates |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.58→35 Å / Num. obs: 63551 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 282558 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QEL 解像度: 2.58→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 20.509 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.608 / ESU R Free: 0.275 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.7 Å2 / Biso mean: 48.459 Å2 / Biso min: 18.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.58→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.575→2.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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