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万見
- PDB-6e73: Structure of Human Transthyretin Val30Met Mutant in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+73
タイトルStructure of Human Transthyretin Val30Met Mutant in Complex with Diflunisal
要素Transthyretin
キーワードPROTEIN BINDING / human transthyretin / amyloid / transthyretin / diflunisal
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-2-HYDROXY-BENZOIC ACID / ACETATE ION / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.797 Å
データ登録者Chung, K. / Saelices, L. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG048120 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural Variants of Transthyretin
著者: Saelices, L. / Chung, K. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8365
ポリマ－25,2762
非ポリマー5593
水81145
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,67210
ポリマ－50,5534
非ポリマー1,1196
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.080, 84.800, 64.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

1FL

21A-201-

1FL

31B-201-

1FL

41B-201-

1FL

51B-201-

1FL

61B-201-

1FL

71B-201-

1FL

81B-201-

1FL

91B-313-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 10 through 12 or resid 14...
21(chain B and (resid 10 through 12 or resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSLEULEU(chain A and (resid 10 through 12 or resid 14...AA10 - 121 - 3
12VALVALPHEPHE(chain A and (resid 10 through 12 or resid 14...AA14 - 335 - 24
13LYSLYSVALVAL(chain A and (resid 10 through 12 or resid 14...AA35 - 7126 - 62
14ILEILETYRTYR(chain A and (resid 10 through 12 or resid 14...AA73 - 11464 - 105
15TYRTYRASNASN(chain A and (resid 10 through 12 or resid 14...AA116 - 124107 - 115
21CYSCYSLEULEU(chain B and (resid 10 through 12 or resid 14...BB10 - 121 - 3
22VALVALPHEPHE(chain B and (resid 10 through 12 or resid 14...BB14 - 335 - 24
23LYSLYSVALVAL(chain B and (resid 10 through 12 or resid 14...BB35 - 7126 - 62
24ILEILETYRTYR(chain B and (resid 10 through 12 or resid 14...BB73 - 11464 - 105
25TYRTYRASNASN(chain B and (resid 10 through 12 or resid 14...BB116 - 124107 - 115

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12638.168 Da / 分子数: 2 / 変異: V30M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-1FL / 5-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-2-HYDROXY-BENZOIC ACID / Diflunisal / ジフルニサル


分子量: 250.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8F2O3 / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (W/V) PEG-1000, 0.1M Imidazole, 0.2M Calcium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→64.24 Å / Num. obs: 22422 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.443 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.105 / Net I/σ(I): 21.24 / Num. measured all: 144471
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.845.760.4942.9315220.9540.54293.8
1.84-1.896.8010.3384.8215950.9830.36599.7
1.89-1.956.7880.2546.6815690.9850.27599.8
1.95-2.016.7170.1948.7115030.9870.21199.8
2.01-2.086.640.14910.8814650.9940.16299.7
2.08-2.156.5810.11913.4814360.9950.12999.7
2.15-2.236.3770.08817.0413510.9960.09699.8
2.23-2.325.8460.07917.8313220.9960.08799.5
2.32-2.426.7390.07220.4412840.9970.07899.9
2.42-2.546.8770.06124.6312180.9980.06699.8
2.54-2.686.7270.05327.7611660.9980.05899.7
2.68-2.846.6070.0530.8710850.9980.05499.5
2.84-3.046.4580.04534.2310520.9970.04999.7
3.04-3.285.8760.0435.349750.9980.04499.5
3.28-3.596.1770.03540.538950.9990.03998.9
3.59-4.026.5520.03643.548170.9980.03999.5
4.02-4.646.4260.03245.047320.9990.03599.7
4.64-5.686.1190.03344.356290.9990.03699.8
5.68-8.045.5470.03440.495050.9980.03799
8.04-64.245.9470.03142.643010.9990.03499.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.797→64.24 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 2240 10 %
Rwork0.1868 20153 -
obs0.1902 22393 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.93 Å2 / Biso mean: 45.2874 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.797→64.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1780 0 40 45 1865
Biso mean--77.33 46.57 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8462617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.631120
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1002X-RAY DIFFRACTION6.325TORSIONAL
12B1002X-RAY DIFFRACTION6.325TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.797-1.83610.33311270.2971132125992
1.8361-1.87880.25081410.23631265140699
1.8788-1.92580.24061350.212412171352100
1.9258-1.97780.2351390.197712551394100
1.9778-2.0360.2381380.196612381376100
2.036-2.10180.26221380.187312441382100
2.1018-2.17690.22841400.187412561396100
2.1769-2.2640.21721400.176412651405100
2.264-2.36710.27311390.199512491388100
2.3671-2.49190.21321410.196812661407100
2.4919-2.6480.25461390.183312521391100
2.648-2.85250.22061420.197112801422100
2.8525-3.13950.24931410.204312701411100
3.1395-3.59380.21311430.16971285142899
3.5938-4.52760.17271450.159113011446100
4.5276-64.28110.2231520.19711378153099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.9851 Å / Origin y: 29.6449 Å / Origin z: 80.249 Å
111213212223313233
T0.2758 Å20.0017 Å2-0.0136 Å2-0.2049 Å2-0.0171 Å2--0.2726 Å2
L1.2909 °2-0.0424 °2-0.5858 °2-1.1495 °2-0.1614 °2--1.6029 °2
S-0.026 Å °0.0746 Å °-0.2148 Å °-0.0159 Å °-0.0184 Å °0.0071 Å °0.1058 Å °-0.0335 Å °0.0359 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 124
2X-RAY DIFFRACTION1allB10 - 124
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 36
5X-RAY DIFFRACTION1allD37 - 45
6X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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