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万見
- PDB-6e70: Structure of Wild Type Human Transthyretin in Complex with Diflunisal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+70
タイトルStructure of Wild Type Human Transthyretin in Complex with Diflunisal
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human transthyretin / amyloid / transthyretin / diflunisal
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-2-HYDROXY-BENZOIC ACID / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.992 Å
データ登録者Chung, K. / Saelices, L. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG048120 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Variants of Transthyretin
著者: Saelices, L. / Chung, K. / Esswein, S. / Chou, J. / Liang, W. / Li, J.H. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7936
ポリマ－25,2122
非ポリマー5814
水59433
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,58612
ポリマ－50,4244
非ポリマー1,1618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.090, 84.320, 65.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

1FL

21B-201-

1FL

31B-201-

1FL

41B-201-

1FL

51B-201-

1FL

61B-201-

1FL

71B-304-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 10 through 33 or resid 35...
21(chain B and (resid 10 through 33 or resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSPHEPHE(chain A and (resid 10 through 33 or resid 35...AA10 - 331 - 24
12LYSLYSVALVAL(chain A and (resid 10 through 33 or resid 35...AA35 - 7126 - 62
13ILEILETYRTYR(chain A and (resid 10 through 33 or resid 35...AA73 - 11464 - 105
14TYRTYRASNASN(chain A and (resid 10 through 33 or resid 35...AA116 - 124107 - 115
21CYSCYSPHEPHE(chain B and (resid 10 through 33 or resid 35...BB10 - 331 - 24
22LYSLYSVALVAL(chain B and (resid 10 through 33 or resid 35...BB35 - 7126 - 62
23ILEILETYRTYR(chain B and (resid 10 through 33 or resid 35...BB73 - 11464 - 105
24TYRTYRASNASN(chain B and (resid 10 through 33 or resid 35...BB116 - 124107 - 115

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12606.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-1FL / 5-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-2-HYDROXY-BENZOIC ACID / Diflunisal / ジフルニサル


分子量: 250.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8F2O3 / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (W/V) PEG-1000, 0.1M Imidazole, 0.2M Calcium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→65.05 Å / Num. obs: 16279 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.293 % / Biso Wilson estimate: 39.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.46 / Num. measured all: 102436
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.99-2.045.7950.6882.496143119810600.9090.75488.5
2.04-2.16.3140.5633.37356116811650.9590.61499.7
2.1-2.166.0190.4594.066699111611130.970.50399.7
2.16-2.236.0050.3435.266582109710960.9690.37699.9
2.23-2.36.6560.2766.77062106110610.9880.3100
2.3-2.386.6520.2576.986891103810360.9920.27999.8
2.38-2.476.6520.1978.616719101010100.9940.214100
2.47-2.576.5630.1610.1161369379350.9940.17499.8
2.57-2.696.3270.12712.0959419409390.9930.13999.9
2.69-2.825.8040.10313.7551958978950.9970.11399.8
2.82-2.976.5720.08517.4655478458440.9950.09299.9
2.97-3.156.7210.07120.4153908038020.9940.07799.9
3.15-3.376.6680.06223.3850747617610.9980.068100
3.37-3.646.3970.05725.1145237087070.9980.06299.9
3.64-3.996.040.0526.0939566556550.9980.055100
3.99-4.465.9450.04827.5235736016010.9980.053100
4.46-5.146.5460.04930.1435025355350.9980.054100
5.14-6.36.280.05629.2429394694680.9970.06199.8
6.3-8.915.3530.0626.8319703683680.9970.067100
8.91-65.055.430.0627.6512382282280.9970.067100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.992→65.05 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 1622 10 %
Rwork0.1855 14603 -
obs0.19 16225 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.26 Å2 / Biso mean: 50.1335 Å2 / Biso min: 27.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.992→65.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 38 33 1849
Biso mean--86.86 48.62 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8732588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9261102
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1007X-RAY DIFFRACTION9.409TORSIONAL
12B1007X-RAY DIFFRACTION9.409TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9925-2.05110.341180.2791073119189
2.0511-2.11730.2761330.2251191132499
2.1173-2.1930.27281330.21221193132699
2.193-2.28080.25721350.198512111346100
2.2808-2.38460.30191340.20771208134299
2.3846-2.51030.24661350.20212171352100
2.5103-2.66760.28031360.194512201356100
2.6676-2.87360.24521340.210712221356100
2.8736-3.16280.26211350.204612211356100
3.1628-3.62040.20641390.178212501389100
3.6204-4.56110.16051400.151712601400100
4.5611-65.08470.24031500.180813371487100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.1178 Å / Origin y: 29.3929 Å / Origin z: 81.2155 Å
111213212223313233
T0.2933 Å2-0.0141 Å2-0.0071 Å2-0.2369 Å2-0.0251 Å2--0.3376 Å2
L1.2155 °2-0.1725 °2-0.5941 °2-1.0681 °2-0.2131 °2--1.6062 °2
S-0.0654 Å °0.1214 Å °-0.2899 Å °-0.0592 Å °0.0057 Å °0.0112 Å °0.1441 Å °-0.0504 Å °0.0277 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 124
2X-RAY DIFFRACTION1allB10 - 124
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 13
5X-RAY DIFFRACTION1allD14 - 33
6X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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