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万見
- PDB-6e6r: 1.50 A resolution structure of the C-terminally truncated [2Fe-2S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e6r
タイトル1.50 A resolution structure of the C-terminally truncated [2Fe-2S] ferredoxin (Bfd) R26E mutant from Pseudomonas aeruginosa
要素Bacterioferritin-associated ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON MOBILIZATION / [2Fe-2S] ferredoxin / Bfd / anion binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / BFD-like [2Fe-2S] binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Bacterioferritin-associated ferredoxin / Bacterioferritin-associated ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lovell, S. / Wijerathne, H. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Wang, Y. / Rivera, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125529 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110761 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Bfd, a New Class of [2Fe-2S] Protein That Functions in Bacterial Iron Homeostasis, Requires a Structural Anion Binding Site.
著者: Wijerathne, H. / Yao, H. / Wang, Y. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Rivera, M.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin-associated ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3172
ポリマ－6,1411
非ポリマー1761
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.444, 43.173, 44.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bacterioferritin-associated ferredoxin / BFD-like [2Fe-2S] binding domain protein / Bacterioferritin-associated ferredoxin


分子量: 6140.955 Da / 分子数: 1 / 断片: M1-L56 / 変異: R26E, C43S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: bfd, AO896_12000, AO964_01120, AOY09_04877, C8257_08100, CAZ03_03910, CAZ10_19915
プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: A0A069Q647, UniProt: Q9HY80*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.65 % / Mosaicity: 0.48 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.17 Å / Num. obs: 7316 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 43227
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.536.20.9933460.67199.8
8.22-43.174.40.028641199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.45 Å30.92 Å
Translation1.45 Å30.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIXdev_2838精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E6K

4e6k


解像度: 1.5→30.926 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1775 374 5.14 %
Rwork0.1576 6907 -
obs0.1587 7281 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.44 Å2 / Biso mean: 26.1693 Å2 / Biso min: 15.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→30.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数412 0 4 36 452
Biso mean--19.48 33.53 -
残基数----56
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.069580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.706266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5001-1.71720.22531170.155522552372100
1.7172-2.16340.20241400.172622512391100
2.1634-30.93240.16061170.15342401251899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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