PDB-6e6n: Pheromone from Euplotes raikovi, Er-13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e6n

タイトル

Pheromone from Euplotes raikovi, Er-13

要素

Pheromone from Euplotes raikovi Er-13

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PHEROMONE

機能・相同性

Pheromone, protozoan / Euplotes raikovi mating pheromone / Er-13 prepro-pheromone

機能・相同性情報

生物種

Euplotes raikovi (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.363 Å

データ登録者

Finke, A.D. / Marsh, M.E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ab initio crystal structure determination of Euplotes raikovi pheromones from high-resolution data
著者: Finke, A.D. / Pedrini, B. / Alimenti, C. / Vallesi, A. / Luporini, P. / Marsh, M.

履歴

登録	2018年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e6n.cif.gz	27 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e6n.ent.gz	17.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e6n_validation.pdf.gz	395.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e6n_full_validation.pdf.gz	395.1 KB	表示
XML形式データ	6e6n_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	6e6n_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e6oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lgl-d 1p9g-d 2ddl-d 5ylg-3 1sxm-d 4mpi-1 5tlr-d 5yp7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pheromone from Euplotes raikovi Er-13

4.06 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.116, 39.116, 19.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質・ペプチド	Pheromone from Euplotes raikovi Er-13 分子量: 4056.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euplotes raikovi (真核生物) / 参照: UniProt: A0A482LMF4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M to 0.2 M (NH4)2SO4, 0.05 M Na Citrate pH 3.5 and 6% (v/v) ethanol, using 5-ul protein drops and 5 ul of reservoir solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.6198 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6198 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→39.12 Å / Num. obs: 85988 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0524 / Net I/σ(I): 9.41
反射シェル	解像度: 1.363→1.411 Å / R_merge(I) obs: 0.8927 / CC_1/2: 0.9315

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.363→39.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.256 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1803	648	10 %	RANDOM
R_work	0.15218	-	-	-
obs	0.15506	5829	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.363→39.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	276	0	0	23	299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.935	409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.085	3	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.516	5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	55.951	28.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.215	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.076	1.012	158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.948	1.003	157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.498	1.511	198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.536	1.518	199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.295	1.197	140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.288	1.189	139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.137	1.738	210
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.867	9.357	380
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.832	9.011	374
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.363→1.398 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	46	-
R_work	0.263	418	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6155	0.0425	-1.5045	4.5832	-2.3703	11.8081	0.0202	0.0634	-0.0498	-0.3948	0.0861	0.1967	0.4109	-0.0614	-0.1063	0.0723	-0.0036	0.0009	0.0989	-0.0185	0.0651	11.924	1.647	-3.4
2	8.7273	-0.8733	-7.5835	4.3197	0.5404	10.3562	0.2598	0.5005	0.1134	-0.0592	-0.2205	0.0991	-0.9303	-0.2598	-0.0394	0.1436	-0.0161	-0.0003	0.1115	-0.0109	0.0384	13.671	8.944	0.417
3	8.8185	3.8502	3.7372	7.49	2.3802	5.4081	0.011	-0.2246	-0.0294	0.5796	-0.068	0.4423	-0.1944	-0.3342	0.0569	0.1637	0.0097	0.0658	0.1268	-0.008	0.1012	8.807	4.627	7.687
4	3.1535	0.0739	2.3072	5.0586	-2.7804	6.3844	0.171	-0.0382	-0.2178	-0.1237	-0.0742	0.0707	0.141	0.197	-0.0969	0.0212	-0.0132	-0.0003	0.0863	-0.011	0.0497	14.089	-2.335	6.004
5	3.3725	-1.6456	-1.271	5.7447	-2.6388	5.0623	0.1079	-0.142	0.2396	0.333	-0.1941	-0.2937	-0.6244	0.4196	0.0862	0.1506	-0.1176	-0.0099	0.1755	-0.0199	0.1014	20.03	8.05	5.918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	13 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	19 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	33 - 38

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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