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万見
- PDB-6e6h: NRAS G13D bound to GppNHp (N13GNP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e6h
タイトルNRAS G13D bound to GppNHp (N13GNP)
要素GTPase NRas
キーワードSIGNALING PROTEIN / Oncogene / RAS / p21
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS ...Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of endothelial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / MAPK cascade / DAP12 signaling / G protein activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase NRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Johnson, C.W. / Mattos, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1517295 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Isoform-Specific Destabilization of the Active Site Reveals a Molecular Mechanism of Intrinsic Activation of KRas G13D.
著者: Johnson, C.W. / Lin, Y.J. / Reid, D. / Parker, J. / Pavlopoulos, S. / Dischinger, P. / Graveel, C. / Aguirre, A.J. / Steensma, M. / Haigis, K.M. / Mattos, C.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_database_related / refine / reflns
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.percent_possible_obs
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase NRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4023
ポリマ－18,8551
非ポリマー5472
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.553, 39.565, 65.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GTPase NRas / Transforming protein N-Ras


分子量: 18855.256 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-166 / 変異: G13D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRAS, HRAS1 / プラスミド: pET21 / 詳細 (発現宿主): Ampicillin resistant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01111
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9% 2-propanol, 72 mM HEPES, 20% PEG 4000, 15% stabilization buffer (20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2, at pH 7.5), Crystals were grown in 1uL by 1uL drops of mother liquor to protein (12.2 ...詳細: 9% 2-propanol, 72 mM HEPES, 20% PEG 4000, 15% stabilization buffer (20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2, at pH 7.5), Crystals were grown in 1uL by 1uL drops of mother liquor to protein (12.2 mg/mL) No cryoprotectant used for diffraction

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データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 42385 / Num. obs: 9752 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.204 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 42385
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.40.5674110.5450.3430.6680.69386.3
2.03-2.073.60.5094710.8180.2950.5920.62291.1
2.07-2.1140.4264780.8280.2370.4910.63196.6
2.11-2.1540.3594590.8660.2010.4140.57796.4
2.15-2.24.10.3344910.9090.1850.3840.63595.9
2.2-2.254.40.2964760.9810.1580.3370.63799.8
2.25-2.314.30.2674900.9340.1440.3050.66998
2.31-2.374.30.2494980.9490.1350.2850.69698.6
2.37-2.444.40.2264730.9560.120.2570.70599.4
2.44-2.524.60.1874960.9660.0970.2120.71298
2.52-2.614.40.1614930.9780.0850.1830.71299.6
2.61-2.714.60.1434990.9810.0750.1620.82398.6
2.71-2.844.40.1314900.9840.070.150.87999.2
2.84-2.994.60.1025010.990.0530.1151.026100
2.99-3.174.60.0874940.9920.0440.0981.291100
3.17-3.424.70.0784910.9950.0390.0871.54599.6
3.42-3.764.60.0734950.9920.0370.0832.25899.4
3.76-4.314.50.0595140.9960.030.0672.30399.4
4.31-5.434.70.0595100.9940.030.0662.66699.8
5.43-504.60.0585240.9960.0290.0662.79298.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→32.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 976 -
Rwork0.179 --
obs-9745 97.35 %
原子変位パラメータBiso max: 66.98 Å2 / Biso mean: 26.5736 Å2 / Biso min: 10.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→32.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1201 0 33 80 1314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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