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- PDB-6e5f: Crystal structure of LpqN involved in cell envelope biogenesis of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5f
タイトルCrystal structure of LpqN involved in cell envelope biogenesis of Mycobacterium tuberculosis
要素Lipid binding protein LpqN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / (6DDTre)Lauryl-6-Trehaloside
機能・相同性Lipoprotein LpqN/LpqT-like / Probable lipoprotein LpqN / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / extracellular region / plasma membrane / Chem-L6T / Lipoprotein LpqN
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Rajavel, M. / Su, C.C. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional evidence that lipoprotein LpqN supports cell envelope biogenesis inMycobacterium tuberculosis.
著者: Melly, G.C. / Stokas, H. / Dunaj, J.L. / Hsu, F.F. / Rajavel, M. / Su, C.C. / Yu, E.W. / Purdy, G.E.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid binding protein LpqN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2092
ポリマ－23,6981
非ポリマー5111
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.004, 80.004, 59.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

21A-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipid binding protein LpqN


分子量: 23698.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpqN, Rv0583c / プラスミド: pET-mod / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O53780
#2: 糖 ChemComp-L6T / alpha-D-glucopyranosyl 6-O-dodecyl-alpha-D-glucopyranoside / α-D-グルコピラノシル6-O-ドデシル-α-D-グルコピラノシド


タイプ: saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C24H46O11
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.56 % / 解説: Needle-like crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 6.5, 1.9 M ammonium sulfate
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→56.571 Å / Num. obs: 40174 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 20.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.264 / Rpim(I) all: 0.806 / Rrim(I) all: 1.51 / % possible all: 70.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc1_3177精密化
PHENIX1.14rc1_3177精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6E5D

6e5d


解像度: 1.37→56.57 Å / SU ML: 0.1682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.0121
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 1812 4.62 %
Rwork0.1768 --
obs0.178 39223 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→56.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1291 0 35 107 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00441408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76381946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0659232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3082575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.410.31481130.33462860X-RAY DIFFRACTION98.02
1.41-1.450.33921260.2682874X-RAY DIFFRACTION99.47
1.45-1.50.2641190.2352856X-RAY DIFFRACTION99.87
1.5-1.550.24551630.21292870X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.610.22671640.1992843X-RAY DIFFRACTION99.9
1.61-1.680.24041310.20272896X-RAY DIFFRACTION99.97
1.68-1.770.24841320.20592881X-RAY DIFFRACTION99.97
1.77-1.880.22331490.19892867X-RAY DIFFRACTION99.97
1.88-2.030.1951280.17822876X-RAY DIFFRACTION99.87
2.03-2.230.18621680.17522852X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.560.20151400.17732900X-RAY DIFFRACTION99.97
2.56-3.220.19251630.17642863X-RAY DIFFRACTION99.97
3.22-56.620.19021160.15322973X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.781414109610.712899812013-0.05613007769634.838938840741.067550193223.68547026187-0.189673408409-0.108427313185-0.02127627318560.1500721877880.364945989781-0.09292376912270.1301515668030.409714447726-0.1135023079230.1343347044910.071565352045-0.002354925827280.308556835938-0.02613399607640.196326505491-26.1869611173-4.8075317856920.2729971172
25.08375606585.00404663614.391458126676.979332594684.717727413624.018936729860.0580901917947-0.203552611166-0.2831739338930.2178204546160.227433679112-0.3937974212940.4216862435580.742658914419-0.1546336032080.3694842337660.2243073308660.02534160220440.2309603022460.07315706409720.189053388937-25.1077284612-19.76099411620.3214885263
31.5981397605-1.18396864082-0.4881284163236.700583871922.358957014253.215852678220.0470987149357-0.146237737742-0.175698330507-0.03374676506340.0467493100108-0.1471159376180.6703426827980.419745196894-0.09807913700270.3279708718320.131442810098-0.02343111240520.2116819171180.02215918572910.172850868966-25.4924455794-15.329763507615.140840706
46.92058456923-2.56285977507-2.468586329685.321282395713.324899004357.052587619070.145187514657-0.1488703516950.0123877733136-0.7501657490480.162496371733-0.319651527363-0.7651288865371.36977699869-0.1972981832360.238697689956-0.03283002306330.01257425515290.2782445678330.02335098971340.199073857096-24.3001418968-1.747109882855.95694864518
52.45560453689-0.834823632861-0.9137378499392.12105349512.027945732971.89881375087-0.168459551066-0.347158083699-0.383399306265-0.05374963456860.177067765590.1893826418490.3982202169240.5396286961530.07245941466710.2198024485030.0987967925089-0.01891988798410.1843193252160.008724424862430.199149397423-28.8767018378-7.987783294387.26005193219
62.41207442943-1.85076905559-1.897309097253.340984679512.650509202514.739977928670.02399274506960.0818895575787-0.1477652207570.0358862628781-0.0115681378620.08997170041860.5020631061090.02091261464790.01362065513920.2239458270830.057340154649-0.02447278052760.1411532868460.02211409812320.147862143254-31.0568552476-12.504094479211.5109682876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 56 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 133 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 134 through 157 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 178 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 179 through 228 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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