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- PDB-6e58: Crystal structure of Streptococcus pyogenes endo-beta-N-acetylglu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+58
タイトルCrystal structure of Streptococcus pyogenes endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS2)
要素Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / endo-beta-N-acetylglucosaminidase S2 / endoglycosidase S2 / EndoS2
機能・相同性: / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2, Ig-like domain / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Leucine-rich repeat domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes M49 591 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Trastoy, B. / Gunther, S. / Guerin, M.E. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Broad SpectrumN-Glycan Specificity and Processing of Therapeutic IgG Monoclonal Antibodies by Endoglycosidase S2.
著者: Klontz, E.H. / Trastoy, B. / Deredge, D. / Fields, J.K. / Li, C. / Orwenyo, J. / Marina, A. / Beadenkopf, R. / Gunther, S. / Flores, J. / Wintrode, P.L. / Wang, L.X. / Guerin, M.E. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)
B: Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,8454
ポリマ－181,7652
非ポリマー802
水5,044280
1
A: Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9222
ポリマ－90,8821
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9222
ポリマ－90,8821
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.169, 105.829, 259.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 46:47 or resseq 49:142 or (resid...
21(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRASPASP(chain A and (resseq 46:47 or resseq 49:142 or (resid...AA46 - 474 - 5
12GLNGLNASNASN(chain A and (resseq 46:47 or resseq 49:142 or (resid...AA49 - 1427 - 100
13GLUGLUGLUGLU(chain A and (resseq 46:47 or resseq 49:142 or (resid...AA143101
21THRTHRASPASP(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB46 - 474 - 5
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB49 - 567 - 14
23GLUGLUGLUGLU(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB5715
24THRTHRARGARG(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB46 - 8324 - 790
25THRTHRARGARG(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB46 - 8324 - 790
26THRTHRARGARG(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB46 - 8324 - 790
27THRTHRARGARG(chain B and (resseq 46:47 or resseq 49:56 or (resid...BB46 - 8324 - 790

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要素

#1: タンパク質 Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS)


分子量: 90882.273 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-843 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes M49 591 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: endoS, Spy49_1414c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3C1U3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 250 nL 7 mg/mL wild-type EndoS2 + 250 nL mother liquor (0.2 M sodium citrate tribasic, 0.1 M sodium citrate, pH 4, 20% w/v PEG3350) in sitting drops, followed by streak seeding into hanging ...詳細: 250 nL 7 mg/mL wild-type EndoS2 + 250 nL mother liquor (0.2 M sodium citrate tribasic, 0.1 M sodium citrate, pH 4, 20% w/v PEG3350) in sitting drops, followed by streak seeding into hanging drops (1 mL 6.6 mg/mL protein + 1 mL mother liquor, single plate-like crystals after three days)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→38.89 Å / Num. obs: 60381 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 193715 / Scaling rejects: 183
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.75-2.8230.85343020.3630.5691.03395.7
12.6-38.893.20.0576740.9930.0350.06889.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4NUY

4nuy


解像度: 2.75→38.887 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 3042 5.05 %
Rwork0.2093 --
obs0.2121 60280 93.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.46 Å2 / Biso mean: 38.1406 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→38.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12349 0 2 280 12631
Biso mean--72 34.41 -
残基数----1573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10417038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8797518
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7151X-RAY DIFFRACTION8.467TORSIONAL
12B7151X-RAY DIFFRACTION8.467TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7501-2.7930.35131350.30972672280795
2.793-2.83880.39451370.30432545268294
2.8388-2.88770.33221410.29632707284897
2.8877-2.94020.33111520.29032687283998
2.9402-2.99680.32271300.2652667279798
2.9968-3.05790.3691370.26042694283197
3.0579-3.12440.32331560.26042653280997
3.1244-3.1970.29391530.25982661281497
3.197-3.27690.34731380.25792635277395
3.2769-3.36550.26421440.23552542268693
3.3655-3.46450.28781370.24532558269592
3.4645-3.57620.33051290.22052509263890
3.5762-3.70390.28771210.21982347246884
3.7039-3.85210.26391230.20532484260789
3.8521-4.02730.27671320.20522521265390
4.0273-4.23930.24231190.17432590270992
4.2393-4.50460.2221250.16142658278395
4.5046-4.85180.22071440.15272591273593
4.8518-5.33890.20971390.16272538267789
5.3389-6.10890.19141310.17222557268890
6.1089-7.68680.20921670.17842697286494
7.6868-38.89070.18941520.16582725287791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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